How to open a fasta file inTNT

[Sergio]

Hi

I would like to know:

To open a FASTA file, the wiki says: procedure &XXX; this means that XXX its the full path? or just de file name?
Is there a way to set the file so the TNT recognise it with a doble click only(i.e. adding procedure at the beggining of the file)

thanks a lot

Sergio

[Santiago Catalano]

Hi Sergio,

It is only the file name. You have to be already in the correct folder. You can change the current directory in the command line by using the "cd" Windows command. Alternatively, you can go to File/Open file and then navigate until you reach the desired folder. Then leaving the window open type  proc &XXX.

 in the command line. 

best

santiago

   

Sergio

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Dr. Santiago A. Catalano
Fundación Miguel Lillo - INSUE 

CONICET
SM Tucumán - Tucumán
Argentina

[Sergio]

GRACIAS!!

[Sergio]

Hola Santiago

Otra pregunta: estoy trabajando en ubuntu 11.04, con TNT por linea de comandos. una vez termianda la busqueda y que tengo un arbol consenso con sus valores de jaknife lo intento salvar segun vi en la wiki con tsave arbol.tre; y despues save; pero no logro abrir el archivo .tre despues.
El treeview solo me dice error y el figtree me dice que falta un ')' en el arbol, abri el archivo para verlo en txt y no parece faltarle nada.

Alguna sugerencia?

Muchas gracias

Sergio

On Wednesday, May 2, 2012 4:14:09 PM UTC-3, Sergio wrote:

GRACIAS!!

[Santiago Catalano]

Hola sergio,

si lo guardaste como 

tsave arbol.tre ; 

lo guardaste en formato compacto que no puede ser leido por figtree. Si queres guardarlo en formato parentetico escribí:

tsave * arbol.tre ;

por otra parte te falto cerrar el archivo de arboles con:

tsave/ ; 

saludos

santiago

2012/5/9 Sergio <ses...@gmail.com>

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[Sergio]

Gracias nuevamente

Sergio

[Sergio]

Hola Santiago

probe como dijiste

tras tener el arbol con los soportes

tsave *arbol.tre;
save;
tsave;

pero al abrir con figtree obtengo: "Missing closing ')' in tree"

esto es lo que contiene el archivo:

tread 'tree(s) from TNT, for data in /home/sergio/Tesis/Filogenias/Datos_moleculares/Chloroplast/PIIA/Jaravas_Nassella_PIIA_procesado_alineado.fasta'
(0 (1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 17 (11 12 )(13 14 15 16 )(18 (19 20 ))));
proc-;

Alguna idea de que puede estar pasando o que mas me estaré olvidando?

muchas gracias

Sergio

PD: El curso de TNT esta programado para este año? hay lista para anotarse?

On Wednesday, May 9, 2012 10:39:25 AM UTC-3, santiago wrote:

Hola sergio,

si lo guardaste como 

tsave arbol.tre ; 

lo guardaste en formato compacto que no puede ser leido por figtree. Si queres guardarlo en formato parentetico escribí:

tsave * arbol.tre ;

por otra parte te falto cerrar el archivo de arboles con:

tsave/ ; 

saludos

santiago

2012/5/9 Sergio <ses...@gmail.com>

Hola Santiago

Otra pregunta: estoy trabajando en ubuntu 11.04, con TNT por linea de comandos. una vez termianda la busqueda y que tengo un arbol consenso con sus valores de jaknife lo intento salvar segun vi en la wiki con tsave arbol.tre; y despues save; pero no logro abrir el archivo .tre despues.
El treeview solo me dice error y el figtree me dice que falta un ')' en el arbol, abri el archivo para verlo en txt y no parece faltarle nada.

Alguna sugerencia?

Muchas gracias

Sergio

On Wednesday, May 2, 2012 4:14:09 PM UTC-3, Sergio wrote:

GRACIAS!!

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[J. Salvador Arias]

Hola Sergio,

El árbol que muestras es correcto, el problema es entonces en
figTree... puede ser que figTree solo lea árboles dicotómicos? que
espere comas como separadores?

Por otro lado, si quieres ver los valores de apoyo, estos no quedaron
en el árbol que guardaste (que solo guarda la topología), si quieres
preservar esos valores, tienes que usar el comando ttags, pero si
Figtree no leyo el árbol, menos aún creo que vaya a leer los ttags...

La mejor solución, creo, es guardar los árboles directamente en svg:

ttag = ; [ activas los ttags ]
[aquí hacer el jackknife/bremer, etc.]
ttag &miarbol.svg ;

el archivo "miarbol.svg" tiene el dibujo del árbol con sus tags (los
apoyos en este caso), y lo puedes ver en casi cualquier programa de
dibujo, bien sean comerciales o gratuitos (como inkscape)

saludos!
salva

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J. Salvador Arias
Becario CONICET
INSUE, Instituto Miguel Lillo, Miguel Lillo 205
4000 San Miguel de Tucumán, Argentina

[Sergio]

Muchas gracias salvador

el svg funciono, que raro lo de el .tre, de hecho tampoco en el treview lo pude abrir.

nuevamente gracias

Sergio

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