Como crear una Matriz de datos mixta

[AMP]

Hola quisiera saber como se hace una matriz de con datos continuos y
discretos?

y en que formato se pueden guardas los arboles en TNT para editarlos
en WinClada?

Muchas gracias

[Jonathan Liria]

Este es un formato "Ejemplo" de como correr una matriz con dos tipos
de caracteres.

ñuego los arboles en notacion parentetica puedes verlos en winclada.
solo que debes tener una matriz de solo discretos... porq WinClada no
lee matrices continuas y menos con combinacion de discreto y
continuos...

otra cosa.... tambien puedes tener los datos de landmarks....

nstates cont ;
xread
'
This is an example of a data matrix with continuous characters.
The & followed by the data type in square brackets indicates
the type of data for the block. Possible data types are
continuous, numeric, dna, or proteins.
'
38 11

&[continuous]
A 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
B 0.020 0.000 1.000 1.000 1.031 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
C 0.002 0.000 1.000 1.000 0.987 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
D 1.010 0.999 0.100 0.100 0.000 1.000 1.000 1.000
1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
E 1.020 0.983 0.100 0.100 0.300 1.000 1.000 1.000
1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000
F 1.010 1.230 0.100 0.100 0.300 1.000 1.000 1.000
1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
G 1.100 1.054 0.000 0.200 0.300 1.000 1.000 1.000
1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
H 1.100 1.100 0.050 0.210 0.400 1.000 1.000 1.000
1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
I 1.010 1.030 0.050 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
J 1.015 1.020 0.050 0.220 0.450 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 2.000 2.000 0.000
K 1.030 1.020 0.000 0.003 0.000 0.000 0.000 0.000
0.000 0.000 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

&[numeric]
A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
B 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
C 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
D 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0
E 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0
F 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0
G 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
H 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0
I 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
J 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 2 2 0
K 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
;
cc-.;
proc/;



El 20/05/12, AMP <ampa...@gmail.com> escribió:

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> Has recibido este mensaje porque estás suscrito al grupo "TNT-Tree Analysis
> using New Technology" de Grupos de Google.
> Para publicar una entrada en este grupo, envía un correo electrónico a
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> Para tener acceso a más opciones, visita el grupo en
> http://groups.google.com/group/tnt-tree-analysis-using-new-technology?hl=es.
>
>


--
Dr. Jonathan Liria Salazar
Profesor-Investigador (Asociado)
Departamento de Biología
Facultad de Ciencias y Tecnología
Universidad de Carabobo
Email: jli...@uc.edu.ve
Email2: jonatha...@gmail.com
Web: http://filogenetica-org-directorio.blogspot.com/2011/01/liria.html
http://www.facyt.uc.edu.ve/biologia/
Blog: http://www.cladisticaybiogeografia.blogspot.com
MSN: jli...@hotmail.com

[AMP]

Estimado Dr. Liria,

Muchas gracias me funcionó muy bien con ejemplo que me proporcionó.

Ya corriendo mis análisis me parece que me serian mas informativos
discretizandolos ya que los caracteres continuos los probé primero
como intervalos pero no mejoro mucho ahora probare en crudo (como
sugiere el artículo de Goloboff, 2006) pero me queda la duda que
hipótesis tomarían mis caracteres con este tipo de codificación.

Saludos,

Abdiel Martin Park

> El 20/05/12, AMP <ampar...@gmail.com> escribió:

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> > Hola quisiera saber como se hace una matriz de con datos continuos y
> > discretos?
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> > y en que formato se pueden guardas los arboles en TNT para editarlos
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> MSN: jlir...@hotmail.com

[Jonathan Liria]

Hola,

Disculpa que no te respondi.

Si. cuando yo inicie esto de incluir caracteres continuos... tambien
realizaba los metodos de discretizacion (por cierto TNT tiene un
script que lo hace.. con GapW). Sin embarg se pierde informacion...
Por ello lo ideal es tratarlos tal cual.. como propone P. Goloboff en
su articulo.

Te recomiendo que no uses promedios! es preferible colocar media +/-
desviacion estandar, o como yo hago.. colocar intervalos de confianza
95%. Un rango da mejor idea de como es la variacion de tus grupos...

Ya J. Farris en los 70's, habia indicado como se optimizan estos
caracteres continuos. Tambien P. Goloboff en un articulo mas reciente
retoma esto.

Saludos

JL

[Fabio Hepp]

Hola,

Posso perguntar em português? Estou tentando incluir os caracteres continuos, mas não consigo usar o símbolo para inaplicável ("-") para alguns taxa. O TNT entende como símbolo de link entre o min e máx da variação. Vocês sabem como colocar como estado "inaplicável" nos caracteres contínuos?

Gracias

> tnt-tree-analysis-using-new-techn...@googlegroups.com.

> Para anular tu suscripción a este grupo, envía un correo electrónico a

> tnt-tree-analysis-using-new-technology+unsubscribe@googlegroups.com

[Emanuel Tschopp]

Dear Fabio,

TNT treats inapplicables in the same way as question marks, so I suppose you can just use "?" instead of "-" for your continuous characters and will get the same result as if there was a possibility to score (and analyse!) them as inapplicables.

Hope this helps!

Best,

Emanuel