¿Como puedo ver las sinapomorfías de TODOS los nodos del árbol de consenso?

[Taciana]

Hola todos!

Estoy corriendo un análisis de una matriz con 1688 columnas y 1536
filas, con una búsqueda tradicional (New Tecnology Search - Select.
search, Drifting y Tree fusing). El análisis produjo cinco árboles más
parsimoniosos (0-4), y le preguntéal árbol de consenso estricto (5).
Tengo la urgente necessidad de identificar las sinapomorfías de los
nodos.

- Veo el número de los nodos en el árbol de consenso (nodos: 0-3070)
con los comandos...
Format show node > Show node numbers
Trees > View

- Pero, el programa también considera que el árbol tiene sólo 1141
nodos, cuando usamos el comando...
Trees > Describe > Numberof nodes > Select trees (5)
+0 +1 +2 +3 +4 +5
1533 1533 1533 1533 1533 1141

- Y sólo se describen las sinapomorfías de los mismos 1141 nodos
(1536-2680).
Optimize > Synapomorphies > List synapomorphies > Select trees (5) +
all taxa.

¿Alguien sabe cómo puedo ver las sinapomorfías de los otros nodos
(nodos: 0-1535 y 2681-3070)?


Con agradecimiento,
Taciana

[Santiago Catalano]

Hola Taciana,

Cuando tenes más de un árbol más parsimonioso lo correcto es definir las sinapomorfías que son comunes a todos los árboles más parsimoniosos y no las sinapomorfías del consenso. Es incorrecto definir las sinapomorfías a partir del consenso porque puede pasar que al optimizar el consenso aparezcan sinapos q no estan presentes en ninguno de los MPTs. TNT tiene un comando para determinar las sinapos comunes a los arboles en memoria. En la version de windows vas a Optimize/synapomorphies/Map common synapomorphies ó si queres List common synapomorphies.

saludos,

 

2012/1/30 Taciana <tacianaro...@gmail.com>

Taciana

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Dr. Santiago A. Catalano
Fundación Miguel Lillo - INSUE 

CONICET
SM Tucumán - Tucumán
Argentina