Re: Basic question

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Santiago Catalano

unread,
Nov 21, 2012, 1:28:22 PM11/21/12
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com
Hi María,

have you visited the wiki tnt? Here I send you the link to the input
format page.

I you still have troubles, let us know,
bye

S.



On 11/21/12, María José Rodríguez <mjrodr...@gmail.com> wrote:
> Hi!!
> My problem is very simple: i have few sequences (9 species) of a single
> gene, but I can´t put them in a correct file that TNT can read. I have te
> files in FASTA format. I have the programs MEGA, NEXUS, TNT, WINCLADA...
> Thanks!!
>
> --
> Has recibido este mensaje porque estás suscrito al grupo "TNT-Tree Analysis
> using New Technology" de Grupos de Google.
> Para ver este debate en la Web, visita
> https://groups.google.com/d/msg/tnt-tree-analysis-using-new-technology/-/O9SAtHB5hv0J.
> Para publicar una entrada en este grupo, envía un correo electrónico a
> tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com.
> Para anular tu suscripción a este grupo, envía un correo electrónico a
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> Para tener acceso a más opciones, visita el grupo en
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>
>


--
Dr. Santiago A. Catalano
INSUE - UNT
CONICET
SM Tucumán - Tucumán
Argentina

hiwa faizi

unread,
Nov 16, 2016, 5:54:06 AM11/16/16
to TNT-Tree Analysis using New Technology

Dear Dr. Santiago Catalano

I have a very simple and basic problem in changing my fasta files to a readable format for TNT (.tnt).

Would you please help me to convert the primary fasta, nexus,… files to .tnt files?

Here is my fasta file attached to this email.

Or, if you can convert this one to a .tnt file, I can do the remaining accordingly manually.

Best Regards
Hiva


On Wednesday, November 21, 2012 at 9:58:22 PM UTC+3:30, santiago wrote:
Hi  María,

have you visited the wiki tnt? Here  I send you the link to the input
format page.

I you still have troubles, let us know,
bye

S.



On 11/21/12, María José Rodríguez <mjrodr...@gmail.com> wrote:
> Hi!!
> My problem is very simple: i have few sequences (9 species) of a single
> gene, but I can´t put them in a correct file that TNT can read. I have te
> files in FASTA format. I have the programs MEGA, NEXUS, TNT, WINCLADA...
> Thanks!!
>
> --
> Has recibido este mensaje porque estás suscrito al grupo "TNT-Tree Analysis
> using New Technology" de Grupos de Google.
> Para ver este debate en la Web, visita
> https://groups.google.com/d/msg/tnt-tree-analysis-using-new-technology/-/O9SAtHB5hv0J.
> Para publicar una entrada en este grupo, envía un correo electrónico a
> Para anular tu suscripción a este grupo, envía un correo electrónico a
ND4.fas

Santiago Catalano

unread,
Nov 16, 2016, 6:25:18 AM11/16/16
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com
Hi Hiva, to read fasta files from menues go to File/MergeImportData/ReadaFastaFile. In the  command line to read fasta files use proc & ND4.fas. 
bests

santiago


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Dr. Santiago A. Catalano
INSUE - UNT
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SM Tucumán - Tucumán
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Dr. Santiago A. Catalano
Investigador Adjunto CONICET
Unidad Ejecutora Lillo (UEL FML-CONICET)
FCNeIML-UNT

Amelia Chemisquy

unread,
Nov 16, 2016, 6:25:22 AM11/16/16
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com

Hi Hiva!
The software mesquite exports your fasta or nexus files into tnt files.

Cheers!
Amelia       


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Dr. Santiago A. Catalano
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SM Tucumán - Tucumán
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Jonathan Liria

unread,
Nov 16, 2016, 8:47:29 AM11/16/16
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com
Hola Ma José

Yo hago los siguientes pasos...

1) Realizo el alineamiento... por ejemplo (Clustal, Muscle, etc)

2) La matriz alineada la exporto como FASTA, y como GDE. Por lo
general uso Clustal para exportar...

3) Abro la matriz GDE en Winclada (es preferible abrirla en este formato)

4) Exporto como archivo de NONA (*.ss)

5) Abro la matriz en TNT, y le adiciono los comandos particulares de
TNT (y que no tiene el formato nativo de NONA/WINCLADA).

Espero te ayude

JL

El 21/11/12, María José Rodríguez <mjrodr...@gmail.com> escribió:
> Hi!!
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> Thanks!!
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PhD. Jonathan Liria Salazar
Investigador
Universidad Regional Amazónica IKIAM
Napo, Ecuador.
Web: http://www.researchgate.net/profile/Jonathan_Liria/
Ecuador Ranking scientists: http://www.webometrics.info/en/node/105
Blog: http://www.cladisticaybiogeografia.blogspot.com
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