Matematikai optimalizáció

285 views
Skip to first unread message

csoka...@gmail.com

unread,
Mar 31, 2020, 6:20:51 AM3/31/20
to suppress-covid19
A feladat megkeresni azt a tesztelési algoritmust, amivel adott számú tesztből a leghasznosabb információt nyerhetjük ki. Ehhez bizonyára nem kell majd új matematikát kidolgozni, a kritikus kérdés egy a valóságot jól leíró matematikai modell felállítása. Ehhez a legfontosabb kérdések az alábbiak:

1. Mi a csoportos tesztelés megbízhatósága a csoport méretétől és a csoportban a fertőzöttek számától függően?
2. Mi az ismételt teszteléskor a hiba korrelációja? Tehát ha például egy teszt 10% eséllyel ad fals negatív eredményt, akkor kétszer megismételve a tesztet mekkora eséllyel kapunk két fals negatívot? Ez kérdés akkor is, ha ugyanazt a mintát teszteljük kétszer, vagy ha két különböző időpontban veszünk mintát, esetleg két különböző típusú tesztet végzünk el ugyanazon a mintán.

Ha többféle teszt is rendelkezésre áll, akkor minden tesztre szükség lenne ilyen adatokra. Ha nincs, akkor valami legjobb szakértői becslésre.
Az is hasznos, ha előzetes becsléseink vannak, mert az is segíthet megmondani, hogy például érdemes-e megpróbálni két különböző típusú tesztet is beszerezni.
Mit tudunk ezekről?

csoka...@gmail.com

unread,
Mar 31, 2020, 6:25:42 AM3/31/20
to suppress-covid19
(Bocsánat, csak most tanulom a rendszert. Úgy értem, hogy üdvözlök mindenkit, és nyitottam egy új topikot ennek a kérdéskörnek.)

csoka...@gmail.com

unread,
Mar 31, 2020, 6:41:32 AM3/31/20
to suppress-covid19
Kicsit konkretizálva, olyan lehetőségekre is gondolok, hogy mindenki mintáját 2 darab 60-as csoportban is teszteljük. Az eredmény hasznosabb lehet, mintha egyszerűen 30-as csoportokban tesztelnénk.

István Bartók

unread,
Mar 31, 2020, 7:56:09 AM3/31/20
to suppress-covid19
Igen, ha okosan keverjük el a csoportokat, akkor a azonnal látszhat az is, hogy konkrétan ki a fertőzött:

Pl. 100 embertől, 10-es csoportokban - ha "A" és "B" csoportban is van fertőzött minta (a többiben meg nincs) akkor az 1-es minta a fertőzött:

 1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 -> "A" csoport
11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
21 22 ...
31 ...
41 ...
51 ...
61 ...
71 ...
81 ...
91 ...
|
"B" csoport

Ákos Török

unread,
Apr 1, 2020, 9:03:31 AM4/1/20
to suppress-covid19
Szia Endre,


hívlak telefonon!

Üdv,

Ákos

Csóka Endre

unread,
Apr 1, 2020, 9:05:17 AM4/1/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Számom: 20 281 3235.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/209a0e89-5040-4a40-a6c2-9030b1f7e7bd%40googlegroups.com.

Csóka Endre

unread,
Apr 1, 2020, 9:12:18 AM4/1/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Viszont úgy látom, hogy ez egy viszonylag naiv javaslat, esetünkben nem releváns.

Virus-free. www.avast.com

Endre Csóka

unread,
Apr 1, 2020, 9:47:00 AM4/1/20
to suppress-covid19
Kedves mindenki!

Perjés Pétertől közben megtudtam, hogy vannak kész tesztelő gépek, amikről azt állítják, hogy ,,Fully programmable for all commonly used pooling sequences'', tehát kiválaszthatjuk, hogy a tesztelés milyen algoritmussal történjen.
http://www.htz.biz/guardian_application_plasma_pooling.htm
Nagy csodát ezzel nem lehet tenni, de az szerintem simán előfordulhat, hogy a jelenlegi helyzethez legjobban igazodó algoritmussal még kb. 10%-kal csökkenteni lehet a szükséges tesztek számát (a leggyakoribb beállításhoz képest, azonos minőségű eredmény mellett).
Ha ilyen gépeket fogunk használni, és közeleg a bevetés, akkor majd gyorsan össze fogok tudni szedni egy nagyon profi csapatot, és a szükséges információk megszerzése után akár pár óra alatt készen leszünk a legjobb algoritmussal. (Amit bármelyikünk meg tudna csinálni, de együtt biztosabb, hogy nem hibázunk.) Addig viszont, amíg a teszt paramétereit sem ismerjük, a gép sincs kiválasztva, és minden más téren is későbbre várunk részletesebb információt, addig most nem tudok többet hozzátenni a dologhoz, de készenlétben leszek és a felmerülő kérdésekre válaszolok.

Most az üzenet csak annyi, hogy ha gépvásárlásra kerül sor, akkor a nyilvánvaló paraméterek mellett fontos kérdés lehet, hogy pontosan mennyire szabadon programozható. Illetve ha több száz mintát is tud egyszerre kezelni, az akkor is hasznos lehet, ha 50-esnél nagyobb poolokat sohasem használunk.
Meg persze ha például kiderül, hogy bármilyen engedélyeztetési eljáráson át kell esnie a dolognak, és van az algoritmusoknak olyan családja, ami mellett gyorsabb az engedélyeztetés, akkor szóljatok!

Üdv:
Endre

Endre Csóka

unread,
Apr 2, 2020, 6:25:06 AM4/2/20
to suppress-covid19
Még az Index cikkre reagálok, ami szuper lett, és gratulálok hozzá, de az ott leírt 2-hatványos algoritmus egyáltalán nem optimális. (Cserébe szemléletes, és az Index cikkben ez a fő cél.) 
Ha például a 64-es pool pozitív lett, majd az első 32 negatív, akkor a második 32-t felesleges lefuttatni, úgyis tudjuk, hogy pozitívnak kell lennie. Lehet inkább azt a 32-t rögtön felezni. (Ezt meg lehet csinálni úgy, hogy lényegében semmit se lassuljon a kiértékelési folyamat.)
Ha a fertőzöttségi arány nagyon alacsony, kb. 0,01% alatti, akkor 64-ből indulva még valóban felezgetni érdemes, de N ember és X fertőzött esetén (X szerint 0 körül első rendben) N/64 + 11*X helyett N/64 + 6,5 * X teszt is elegendő a megfelelő algoritmussal.
Ha pedig a fertőzöttségi arány 0,01% fölött van, ami esetünkben már most fennáll, akkor 64-ből indulva már nem is a felezés az optimális.

Üdv:
Endre

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 2, 2020, 7:48:42 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com
Szia Gergő, cc Endre,
(ez egy publikus levél, interneten kereshető levlistára megy - elnézést, sürget az idő)

Azért írok neked, mert lehet, hogy tudunk közösen dolgozni, főleg Endrével. Én itt be is fejezem :)

Üdv,

Ákos

Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 7:55:18 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com
Kedves Gergő!

Matematikus vagyok, abban próbálok segíteni, hogy hogyan lehet költséghatékonyan szervezni a tesztelést, annak is elsősorban azt a részét, hogy a begyűjtött minták csoportos tesztelése milyen algoritmus szerint történjen, hogy a legkevesebb teszttel megtaláljuk a fertőzötteket. Ákos mondta, hogy veled érdemes egyeztetnem, beszélhetnénk telefonon?
Az én számom: 20 281 3235.

Üdv:
Endre

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 2, 2020, 8:08:56 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder, ros...@gmail.com
Sziasztok,

még egy embert bevontam (Tamás, cc-n), aki a logisztikai részben tud gyakorlati oldalról beszállni

üdv,

Ákos


You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAOaxNa770jE85nXitRV_EUJgb3Mmm6sWYHySJ6PCF6Nzd8G2vQ%40mail.gmail.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 2, 2020, 8:42:41 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder, katona....@renyi.hu, ros...@gmail.com
Gyula, behozom ide a levelezéseteket, nagyon elnézést, ha bármi nem lenne publikus - mert ez egy publikus levlista

----- Továbbított levél Gyula OH Katona <katona....@renyi.hu
címről -----
   Dátum: Thu, 2 Apr 2020 13:46:10 +0200
  Feladó: Gyula OH Katona <katona....@renyi.hu>
   Tárgy: virus teszt
Címzett: vilmos...@brc.hu

Kedves Péter!

Gondolom tudjátok, hogy van egy matematikai elmélet: Group testing, 
amit mi magyarul

kombinatorikus keresésnek hívunk. A Rényi Intézetben van egy 
szemináriumunk a témából, ahol kb 8 résztvevő

van, többségük tehetséges fiatal. Szívesen gondolkozunk a matematikai 
részén, hogy hogyan lehet az együttes

tesztelést jól használni. Például az ismert, hogy ha az emberek több 
mint (kb.) 38%-a fertőzött

(és mindenkit meg akarunk találni!) akkor az egyenkénti teszt a 
leghatékonyabb.

Üdv. Katona Gyula

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 2, 2020, 8:54:55 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder, katona....@renyi.hu, ros...@gmail.com
kérem, hogy egyeztessetek egymással, írjatok, stb. - mert nekem fogalmam sincs erről a szakterületről.

a célokat sem tudom megfogalmazni, legfejlebb két dolgot látok:
- ha valamiért nem tudunk teljes lakosságra szűrni, mert valahol szűk keresztmetszen van (mintagyűjtő pálcika hiánya is lehet gond, mert kell belőle kb. 9-10 millió), akkor mi legyen a stratégia
- magát a folyamatot logisztika és a szűken értelmezett PCR samlple pooling folyamat tekintetében különféle átfertőzöttségi szinteken kellene optimalizálni pool méretekre is, és minták összekeverésének folyamatbeli pontjára (azaz minél korábban keverjük össze, annál többet spórolunk, de annál kevésbé esélyes utána szűkíteni a fals pozitívot)

lehet, hogy van más cél is, nekem ennyi jutott az eszembe!

üdv,

Ákos

Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 9:16:53 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder, ros...@gmail.com
Teszek egy javaslatot.
Előbb mi Röst Gergővel és Glattfelder Tamással hárman egyeztessünk, hogy mik a kérdéseink, és utána érdemes Vilmos Pétert és Lázár Viktóriát együtt kikérdeznünk a gyakorlati részletekről.

Mit gondoltok?

Endre

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 2, 2020, 10:15:58 AM4/2/20
to Gyula OH Katona, suppress-cov...@googlegroups.com

Szia Gyula,

szerintem simán csatlakozzanak ők is: ha reply-to-all-ba felveszed őket, akkor ezzel csatlakoztak.
fontos: az a téma weben is látható, itt zajlik:


On Thu, 2 Apr 2020 at 15:40, Gyula OH Katona <katona....@renyi.hu> wrote:
Adjam meg a szemináriumunk tagjainak e-címét is, hogy őket is
csatlakoztasd, vagy én tartsam velük a kapcsolatot?  Gyula

Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 10:53:30 AM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder, ros...@gmail.com
Most beszéltem telefonon Lázár Viktóriával, leírom a tapasztalatokat. Lehet, hogy nem lesz szükség matematikai optimalizációra, úgyhogy egyelőre halasszuk el a beszélgetést, egyelőre elég, ha írásban folytatjuk.

Endre 

ros...@gmail.com

unread,
Apr 2, 2020, 11:39:09 AM4/2/20
to Csóka Endre, suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder
Szervusztok!

Én erről írtam 9 évvel ezelőtti ifjú koromban egy blogbejegyzést:

Amire felhívnám a figyelmet, hogy az optimális pool méret függ az aktuális prevalenciától,
vagyis a járványdinamikától.

Üdvözlettel,
Röst Gergő



Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 11:51:36 AM4/2/20
to ros...@gmail.com, suppress-cov...@googlegroups.com, Tamas Glattfelder
Nemrég telefonon beszéltem Lázár Viktóriával, igyekszem összefoglalni, hogy mik a számomra releváns konklúziók.

Kétféle módszer jöhetne szóba: vagy a swab mintákat tároljuk, vagy az RNS-eket. Viktória szerint az előbbi a járhatóbb út, és Németországban is ezt alkalmazzák. A RNS-alapú ugyanis nagyon kényes, ami miatt hamis negatív eredmények születhetnek - ami pont a nagyobbik probléma - és nehezen tudnánk ilyen tömegesen megvalósítani. Viszont azt lehetett volna igazán jól pool-ozni.

A minta alapúról azt kell tudni, hogy 10-es poolig még gyakorlatilag teljesen megbízható, a nagyobb poolokon viszont nem is tesztelték, és elméleti okokból gyanús, hogy hamar elkezd elromlani. Ezt persze ki lehet kísérletezni. Szerencsére a németek előttünk járnak, ők 10-es poolokat használnak.
A másik fontos tudnivaló, hogy ez a teszt 24 óráig tart, a minták 36 óra alatt tönkremennek, ezért egy mintával 2 körre van idő. Vagyis egyszerű az optimális megoldás, 10-es poolokat csinálunk, ha az egyik pool pozitív eredményt ad, akkor a 10 embert felhívjuk és karanténba küldjük, azalatt futtatunk egy második kört, és feloldjuk a karantént azokra, akik nem bizonyultak pozitívnak.

Ha viszont tényleg minden így van, akkor nem árt majd kísérletezni a 10-es számmal, mert ha csak néhánnyal nagyobb poolokat használhatunk, akkor azzal pár százezerrel csökkenthetjük a tesztek számát.

Teljesen másodlagos kérdés, de a második körrel is lehet még egy kicsit játszani, ha például minden gyanús mintát egyszerre két véletlen 4-es poolban tesztelünk. Ezzel megfelezhetjük a második körös tesztek számát, cserébe lesz egy kicsi esélye, hogy olyat is karanténba küldünk, aki egészséges, csak a mintája háromszor is ,,rossz társaságba keveredett''. Vagy nagyon alacsony fertőzöttségi arány esetén ennek egy alternatívája, hogy minden első körben pozitív eredményt mutató mintát 9 új mintával keverünk össze, és az kerül karanténba, aki kétszer pozitív eredményt ad. Ez igényel legkevesebb tesztet (N ember és X fertőzött esetén legfeljebb (N+X)/10-et), cserébe kapunk néhány hamis pozitív eredményt. Ha eljön az ideje, akkor ezekre a kérdésekre majd még visszatérünk.

Üdv:
Endre

BÁLINT Bekény

unread,
Apr 2, 2020, 12:32:06 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Radnóti Barnabás, ros...@gmail.com, Tamas Glattfelder
Nem a trollkodás miatt, hanem építő jelleggel küldeném az alábbi, index cikkhez facebookon tett hozzászólást, amivel kapcsolatban az lenne a kérdésem, hogy a felmerült aggályokra mik lehetnek a jó válaszok? Van esetleg olyan, ami jogos félelem? Vagy ez csak fikázódás?


idézet: "Péter Nyárádi Kurvajók vagytok, összepooloztatok 64 mintát :DDD akkor most poolozzatok össze egy 96-os platebe 94*64 mintát. Ja meg konvertáljátok meg azt a 6000 mintát izolálás előtt. Ja meg töltsétek be egy automatába. Ja meg a hegyeket se felejtsétek el berakosgatni, ha 94 mintához 771 hegy kell, akkor lehet számolgatni (72500 pipettahegy).:D arról nem is beszélve, hogy megromlik a reackióelegy, mire a gép összepipettáz 6000 izolált mintát 94 reakcióba.

eleve faszság és pazarlás amit írnak, mert ők leizolálnák az összes mintát, és abból csinálnának 64-es csoportokat (100 minta izolálása kb 2-3 óra. lehet matekozni megint). Ehelyett 64 mintát kellene 1 csőbe rakni, majd azt leizolálni. és akár 1 pcr reakcióba 6-8 db 64 mintát tartalmazót újra összepoolozni. pozitív pcr pool után lehetne esetleg a 6-8 (egyébként egyenként 64 ember mintáját tartalmazó) izolált poolt egyesével újramérni, hogy ne 384-512 ember kelljen bezárni, hanem csak 64-et.

és még naphosszat sorolhatnám ennek a gondolatmenetnek a buktatóit. mert ez így nagyon szép meg nagyon jó, de ennek is vannak korlátai. nem mellesleg erőforrás igénye is, mind gépi, mind humán vonatkozásban. ez kicsit olyan, mintha michelin csillagos kaját szeretnétek most főzni 250 literes kondérban. Bár elvileg tudjuk, hogy lehetséges, csak a gyakorlatban ez nem így működik.

nonplusultra: csak vérből lehet így csinálni, mert a nasopharyngealis mintavételnél, ha rossz volt a mintavétel akkor falshnegativ eredmény fog születni, mert a belső kontrol a 64 minta együttesébe fog kerülni. és nem egyedileg minden mintához.

tehát megint ott tartunk, hogy minden mintát le kellene izolálni külön, ami ekkora tételben nem megy csak úgy, egyik percről a másikra. lásd első bekezdés
"

--
Bekény


You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAOaxNa6H_6ypb-yOz6S8Wd8AefLdDK61m3RpX3fOzegoZ2RCAQ%40mail.gmail.com.

Endre Csóka

unread,
Apr 2, 2020, 12:50:30 PM4/2/20
to suppress-covid19
A kérdés szerintem nem ennek a fórumnak a témája. Én egyébként nem egészen értem, mit ír, de nem hiszem, hogy olyat tudna, amit ebben a csoportban senki, és azt ily módon adná tudtunkra.
Endre

To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

Radnóti Barnabás

unread,
Apr 2, 2020, 12:52:06 PM4/2/20
to bek...@balints.com, suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com, Tamas Glattfelder
Csak részben van igaza.
A minták poolozasa lehetséges, az extrakcio persze nem egy körben születik meg de az eredménye hüthető, osszemérésig.
Nem csak vérrel működik de nem 64 hanem 5 minta poolozasa.
A fals pozitivitassal számol a képlet és semmi köze a belső kontrollhoz.
Szóval ha gondoljátok reagálok neki de írásban hosszú, alapvetően nincs igaza. 
Abban igen hogy erőforrás igény van természetesen. De erre írtam eddig, hogy a választott reagenssel sokat lehet spórolni. Eleve kiszerelt, nem igényel fagyasztást és így nem romlik meg osszemeres közben, stb...

Barna


Sent fr

Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 12:56:08 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, bek...@balints.com, ros...@gmail.com, Tamas Glattfelder
Kedves Barna!

Hagyjad, ne válaszolj neki, akkor már inkább meséld el nekem, hogy mit tudsz a technikai megvalósításról, vagy reagálj valamit arra, amit fentebb a Lázár Viktóriával való beszélgetés konklúziójáról írtam! :)

Endre

Viktória Lázár

unread,
Apr 2, 2020, 1:04:34 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Radnóti Barnabás, ros...@gmail.com, Tamas Glattfelder
Nem kell leizolalni minden mintat, mert valoszinu 10es minta poolokbol kell RNSt izolalni, hogy ha a false negativot olyan szinten akarjuk tartani mintha egyedi mintakat tesztelnenk. Esetleg meg novelheto is a csoport meret de akkor no a false negativok szama (ezt kiserletesen validalni kell). Automatizalt modszerekkel fel lehet skalazni az RNS izoalas minta szamat  (3 ora ~1000 minta). Az igaz, hogy sok vagyis rengeteg pipetta tip kell!



--

Viktoria Lazar (Ph.D.)

Lab of Kishony

Emerson Life Sciences Building

Department of Biology, Technion – Israel Institute of Technology

Haifa 32000, Israel

http://kishony.net.technion.ac.il/people-2/




Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 1:12:49 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Radnóti Barnabás, ros...@gmail.com, Tamas Glattfelder
(Helyesbítés egy korábbi összefoglalómhoz: ,,A másik fontos tudnivaló, hogy ez a teszt 24 óráig tart, a minták 36 72 óra alatt tönkremennek, ezért egy mintával 2 körre van idő.'')

BÁLINT Bekény

unread,
Apr 2, 2020, 1:37:56 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, Radnóti Barnabás, ros...@gmail.com, Tamas Glattfelder
Köszönöm a válaszokat, megnyugodtam, hogy nem néztünk be semmit és továbbra is megvalósíthatónak tűnik a projekt: :)
És nyilván dolgozni kell rajta, hisz ha olyan egyszerű lenne, akkor nem lenne világjárvány, elnyomnák azonnal, ott, ahol felüti a fejét...

(és valóban nem jó topikba küldtem, bocsi)

--
Bekény


peter....@gmail.com

unread,
Apr 2, 2020, 2:19:03 PM4/2/20
to suppress-covid19
Atomatizált poolozás napi gyakorlatban van, napi 15k+ minta kapacitással végeztünk vér plazma virologia vizsgálatát a vérplazma termékek gyártásánál, és ez kis kapacitásnak számított az iparban. A kérdés a fertözöttség mérete és jellege, mivel ami gyakorlatunk a kis gyakoriságú fertözöttségre (HIV/Hepatitis A, B / Nyugat Nyilusi láz/ Tetanusz) optimalizált, a mi alapunk a 10-es masterpool-ok, amelyeket kertünk 1000-es poolokká, majd vizsgáltunk analatikailag. És volt egy algoritmus amely alapján lementünk a master pool beazonosításig, sajnos nem emlékszem pontosan, hogyan zajlott, de lehet talán megké dezni pár embert az iparban.

araton...@gmail.com

unread,
Apr 2, 2020, 3:40:20 PM4/2/20
to suppress-covid19

araton...@gmail.com

unread,
Apr 2, 2020, 3:57:22 PM4/2/20
to suppress-covid19
Tisztelt Mindenki!
Török Ákos javaslatára ebbe a topikba teszem át a megjegyzésemet. Készítettem egy rövid számolást R-ben azt feltételezve, hogy a levett mintákat csak egyszer lehet felhasználni. Itt az anyag "Ha egy mintában már van 1 darab pozitív, akkor a másik 14-63 ember is azt a visszajelzést kapja, hogy karanténba kell vonulnia - feleslegesen. " mondatából indultam ki. Ekkor 15-ös, 30-as és 64-es csoportokra becsültem várható fals pozitív, fals negatív és szükséges mérésszám esetszámokat. Most azt látom, hogy a csoportszám lecsökken 10-re és a levett mintákat még többször meg lehet vizsgálni, de talán az eredmények így is érdekesek lehetnek. Letölthető a http://amiklos.web.elte.hu/Oktatas/2020tavasz/Tomegesszures.pdf címről.
Üdvözlettel:
Arató Miklós

Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 4:37:35 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Kedves Arató Miklós!

Nem egykörös tesztelésről beszélünk, alább bemásolom még egyszer a levelemet a Lázár Viktóriával való beszélgetésem tanulságairól, apró javításokkal.

Üdv:
Endre
---------------------
Kétféle módszer jöhetne szóba: vagy a swab mintákat tároljuk, vagy az RNS-eket. Viktória szerint az előbbi a járhatóbb út, és Németországban is ezt alkalmazzák. A RNS-alapú ugyanis nagyon kényes, ami miatt hamis negatív eredmények születhetnek - ami pont a nagyobbik probléma - és nehezen tudnánk ilyen tömegesen megvalósítani. Viszont azt lehetett volna igazán jól pool-ozni.

A minta alapúról azt kell tudni, hogy 10-es poolig még gyakorlatilag teljesen megbízható, a nagyobb poolokon viszont nem is tesztelték, és elméleti okokból gyanús, hogy hamar elkezd elromlani. Ezt persze ki lehet kísérletezni. Szerencsére a németek előttünk járnak, ők 10-es poolokkal már alkalmazzák a rendszert.
A másik fontos tudnivaló, hogy ez a teszt 24 óráig tart, a minták 72 óra alatt tönkremennek, ezért egy mintával 2 körre van idő. Vagyis egyszerű az optimális megoldás, 10-es poolokat csinálunk, ha az egyik pool pozitív eredményt ad, akkor a 10 embert felhívjuk és karanténba küldjük, azalatt futtatunk egy második kört, és feloldjuk a karantént azokra, akik nem bizonyultak pozitívnak.

Ha viszont tényleg minden így van, akkor nem árt majd kísérletezni a 10-es számmal, mert ha csak néhánnyal nagyobb poolokat használhatunk, akkor azzal pár százezerrel csökkenthetjük a tesztek számát.

Teljesen másodlagos kérdés, de a második körrel is lehet még egy kicsit játszani. Például vesszük azokat, amikre az első körben pozitív eredményt kaptunk, és mindegyiket két véletlen 4-es poolba keverve letesztelünk. Ezzel megfelezhetjük a második körös tesztek számát, cserébe lesz egy kicsi esélye, hogy olyat is karanténba küldünk, aki egészséges, csak a mintája háromszor is ,,rossz társaságba keveredett''. Vagy nagyon alacsony fertőzöttségi arány esetén ennek egy alternatívája, hogy minden első körben pozitív eredményt mutató mintát 9 új mintával keverünk össze, és az kerül karanténba, aki kétszer pozitív eredményt kap. Ez igényel legkevesebb tesztet (N ember és X fertőzött esetén legfeljebb (N+X)/10-et), cserébe kapunk néhány hamis pozitív eredményt. Ha eljön az ideje, akkor ezekre a kérdésekre majd még visszatérünk.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

Dániel Gerbner

unread,
Apr 2, 2020, 6:07:02 PM4/2/20
to suppress-covid19
Sok minden között kicsit elveszett az eredeti kérdés. Visszatérve ehhez, ami szerintem kéne: egy szám, hogy mekkora csoportot érdemes tesztelni - ez úgy tűnik talán 10 lesz. 
Egy másik szám, hogy ebben az esetben mennyire megbízható a teszt, remélhetőleg olyasmi hogy már egy beteget is kimutat legalább 98% eséllyel (ahol ez ugyanúgy igaz a 2 hete és az 1 órája megfertőződött betegekre). Amit még Endre írt a 2-es pontban az ismételt teszteléskor, az talán nem olyan fontos, illetve ha nagy a korrelációja a hibának, akkor muszáj lesz másféle tesztet is bevetni szerintem.

A számoláshoz hasznos egy becslés hogy hány fertőzött van, nyilván ha szinte mindenki beteg lenne, akkor nem lenne értelme csoportokba rakni az embereket. Minél kevesebben vannak, annál nagyobb csoportokat lenne érdemes használni De jelenleg valószínűleg nem kell egy igazi becslés, mert olyan kevesen vannak hogy 10-esnél nagyobb csoportokat is megérné használni, ha lehetne.

További kérdés: ne vizsgáljuk máshogy azokat akiknek tüneteik vannak? 3-féle ember van: 1. aki ápolásra szorul 2. akinek tünetei vannak (vagy kontaktja) 3. akinek nincsenek tünetei. Jelenleg az első típust tesztelik, a másodikat nem nagyon, és a harmadikat nem. A szokványos terv az hogy szerezzünk több tesztet hogy a második típusúakat is tesztelhessük. Az itteni terv az hogy mindenkit teszteljünk, csoportokban. De persze az első típust továbbra is egyénenként tesztelnénk, egyszerűen mert az sürgős. De mit tegyünk azzal, akinek koronavírusra utaló tünetei vannak, de nem súlyosak? Ha beteszünk egy ilyet 9 tünetmentessel egy csoportba és kijön hogy ő fertőzött, a többiek meg nem, akkor hülyének fogjuk érezni magunkat, tehát jobb lenne a gyanús eseteket külön csoportokba rakni. De akkor lehet hogy a 10-es csoport már túl nagy. Ehhez persze azt kéne megbecsülni, hogy hány ember "gyanús", és nekik hányadrészük fertőzött.

Itt nem kérdezte Endre, de azóta az is körvonalazódni látszik hogy két körben lehet tesztelni a mintákat, ez is fontos. Azt még el kéne dönteni, hogy mennyi hamis pozitív tolerálható. Ha azt mondjuk valakinek hogy a 10-es csoportjából valaki fertőzött, úgyhogy maradjon otthon (eredeti terv), az otthon marad? Ha azt mondjuk neki hogy 24 órán belül hívjuk hogy az ő tesztje lett-e pozitív (újabb terv), akkor valószínűleg otthon marad. De Endre is fejtegetett egy olyan fejlettebb algoritmust lejjebb, ami néhány hamis pozitív eredményt hoz. Mennyi az ami még belefér?

Csóka Endre

unread,
Apr 2, 2020, 7:03:53 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Ami a gyanúsabbak különválasztását illeti, igen, van ebben potenciál, de azt is látni kell, hogy extra logisztikát igényelne, és még nem látjuk, hogy ez mekkora probléma.
Szerintem nem az a jó kérdés, hogy mennyi hamis pozitív fér bele, hanem hogy hány teszt megspórolása ér meg egy hamis pozitív eredményt. A válasz egyébként 10-es nagyságrendű, és nincs jelentősége annak, hogy ezt pontosabban meghatározzuk.
Viszont az a gyanúm, hogy még nagyon sok új információt fogunk kapni, túl korán van még a módszer finomhangolásához. Például ma hajnalban is érkezett olyan új hír, ami lehet, hogy mindent borít.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 2, 2020, 9:46:21 PM4/2/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Szia Endre,

Az index cikkről: köszi az index cikkért az elismerést! de igazából totál az a srác írta, akinek a neve oda van írva, a kettes hatványairól szóló részt is. Nem is csekkoltam, gondoltam, hogy az ő cikke :)

Tőlem két mondat származik a cikkben: "Az elképzelés célja az, hogy társadalmi léptékben alacsony költségű intézkedésekkel a járványt egészen minimális szinten tartsuk, és beindulhasson az óvatos, de stabil működés az országban.  Amint pedig más megoldás (gyógyszer, vakcina vagy gyors teszt) elérhetővé válik, akkor azokra térhessünk át".

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/66de8ce2-ef13-46ae-8451-8342115f4505%40googlegroups.com.

janos.t...@gmail.com

unread,
Apr 3, 2020, 3:04:09 AM4/3/20
to suppress-covid19
Sziasztok,

az elmúlt 10 évben sokat foglalkoztam csoportteszteléssel és azok mérnöki alkalmazásaival. A témaindító 1943-as Dorfman cikkben például 32 fős csoportokat javasoltak 1 ezrelékes fertőzöttség mellett. 

Szerintem a jó irány a következő:
 
(1) minden mintaadónál meg kell becsülni a betegség valószínűsége. Például egy kérdőív alapján: kikkel találkozott, hányszor, stb.
(2) egyszerű szabályt adni az összeöntendő minták számára: például a valószínűségek összege várhatóan kb 1/3 legyen.
(3) módszert adni, a pozitív tesztekben szereplő minták újracsoportosítására.

Ezt az egyszerű modellt, már biztos megoldották, de tartok tőle egyszerűbb újra kidolgozni mint megkeresni. Neki kezdjek?

Üdv.
Tapolcai János

Csóka Endre

unread,
Apr 3, 2020, 3:38:01 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Kedves János!

A matematikai optimalizálást könnyedén megoldjuk, amint kiderülnek a probléma paraméterei. Rajta vagyunk. Például kérdőívre kétséges, hogy lesz-e kapacitás, mert a logisztikai erőforrás tűnik most a legkritikusabb pontnak. A matematikai részhez köszönjük, nem kell segítség, az nekünk egyszerű.

Üdv:
Endre

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

torok...@torokcsalad.hu

unread,
Apr 3, 2020, 3:38:56 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com
Szia János, cc Gergő

Ha jól tudom, akkor Röst Gergő ezzel a témával foglalkozik per pillanat is - bár ez nem biztos. Például van egy ilyen cikke 9 évvel ezelőttről: https://nemlinearis.blog.hu/2011/08/23/hogyan_teszteljunk_szifiliszt
Endre is ezeken a témákon van, aki ennek a topiknak az indítója.
Szerintem (mint járvány miatt leendő elhunytak aránylag fiatal rokonaként) az lenne a jó, ha együtt tudnátok dolgozni ezeken a problémákon.

Üdv,

Ákos

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/08a0e4a1-f148-424b-91a1-301057a5fdf4%40googlegroups.com.

Csóka Endre

unread,
Apr 3, 2020, 3:52:42 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com
Igen, Röst Gergővel én is nagyon szeretném felvenni a kapcsolatot, várom a válaszát.

(Ami azt a 9 évvel ezelőtti posztot illeti, abban nem az optimális megoldás szerepel, az csak egy ismeretterjesztő első megközelítés.)

You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAKDdW8AGKx%2BHs0wiMEFT11PFtaeJcgooOS%2BkTS3kD2WnrXpaVw%40mail.gmail.com.

Gyula OH Katona

unread,
Apr 3, 2020, 4:22:42 AM4/3/20
to torok...@torokcsalad.hu, Gyula OH Katona, suppress-cov...@googlegroups.com, Dániel Gerbner, Balazs Patkos, Mate Vizer, Dániel Nagy, Dániel Lenger, Wiener Gabor

Csak az új csatlakozások miatt küldöm ezt az üzenetet. Gyula

araton...@gmail.com

unread,
Apr 3, 2020, 4:41:57 AM4/3/20
to suppress-covid19
Kedves Endre!
Megnéztem Lázár Viktória ma éjszakai levelét. Ebben ezt írja:
"Újra tesztelésre valószínű nem vagy maximum csak mégegyszer lenne alkalom."
Eszerint inkább egykörös tesztelésről beszélhetünk.
10-es csoportnál 20000 fertőzött esetén ekkor egyenletes szétterülés esetén 160 ezer fals pozitív lenne. Ez persze erős túlbecslés, de elég erős tömörödésnél is ez a szám 62 ezer lenne.
Nem tudom, hogy összességében több mint 1 millió tesztelés lehetséges lenne-e egyáltalán.
Üdv.
Miklós
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

Bekény BÁLINT

unread,
Apr 3, 2020, 5:05:28 AM4/3/20
to suppress-covid19
Kedves Miklós,

Szerintem jelenleg egyre komolyabb korlátozásokkal (kvázi karanténnal) él együtt közel 10 millió ember, akinek a nagy része tulajdonképpen "fals pozitívan", ráadásul nem lehet tudni, hogy meddig. Ehhez képest ha pl 160 ezer embert 2 hétre ettől picivel szigorúbb karanténba kell zárni (szintén fals pozitívan), azt nem érzem problémának.

Üdv:
Bekény

Csóka Endre

unread,
Apr 3, 2020, 5:13:20 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
Kedves Miklós!

Nem tartom valószínűnek, hogy egykörös tesztelést fogunk csinálni, de ha mégis, akkor az szerintem az lesz a trükk lényege, hogy mindenki mintáját legalább 2 különböző pool-ba keverjük bele, és akkor nyilvánítunk valakit fertőzésgyanúsnak, ha minden pool-ban pozitív lett a tesztje.

Üdv:
Endre

To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/66b391ef-3215-4f18-833d-36429961b1ba%40googlegroups.com.

Janos Tapolcai

unread,
Apr 3, 2020, 5:34:35 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com
Sziasztok,

ha sikerül a matematikai feladatot definiálni, akkor szerintem is hamar meg lesz rá az algoritmus. Lehet, hogy „triviális” lesz a probléma, de ha nem akkor érdemes majd felvenni a Rényi keresés szemináriumával a kapcsolatot, Katona O.H. Gyulán keresztül. Elég nagy irodalma van a csoport tesztelésnek. Például sokat nézték azt is ha a teszteknek van méretkorlátja, ha valamilyen valószínűséggel lehet false pozitív vagy negatív eredmény, stb.

A 10-es tesztméret nem ad sok mozgásteret, a 32-es lényegesen jobb lenne. Meggondolandó még, hogy 100-as tesztekből mit lehetne kihozni, ha a false pozitív vagy negatív válasznak ismert a valószínűsége.

Lényegesen kevesebb teszt kellene, ha legalább nagyságrendileg tudnánk becsülni a betegség valószínűségét az egyes mintákra nézve (ha a kérdőív bonyolult, akkor esteleg gépi tanulással a lakhelyből, életkorból, munkahelyből becsülve).

Üdv.
János
> A feladat megkeresni azt a tesztelési algoritmust, amivel adott számú tesztből a leghasznosabb információt nyerhetjük ki. Ehhez bizonyára nem kell majd új matematikát kidolgozni, a kritikus kérdés egy a valóságot jól leírómatematikai modell felállítása. Ehhez a legfontosabb kérdések az alábbiak:
>
> 1. Mi a csoportos tesztelés megbízhatósága a csoport méretétől és a csoportban a fertőzöttek számától függően?
> 2. Mi az ismételt teszteléskor a hiba korrelációja? Tehát ha például egy teszt 10% eséllyel ad fals negatív eredményt, akkor kétszer megismételve a tesztet mekkora eséllyel kapunk két fals negatívot? Ez kérdés akkor is, ha ugyanazt a mintát teszteljük kétszer, vagy ha két különböző időpontban veszünk mintát, esetleg két különböző típusú tesztet végzünk el ugyanazon a mintán.
>
> Ha többféle teszt is rendelkezésre áll, akkor minden tesztre szükség lenne ilyen adatokra. Ha nincs, akkor valami legjobb szakértői becslésre.
> Az is hasznos, ha előzetes becsléseink vannak, mert az is segíthet megmondani, hogy például érdemes-e megpróbálni két különböző típusú tesztet is beszerezni.
> Mit tudunk ezekről?
>
>
>
> --
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/08a0e4a1-f148-424b-91a1-301057a5fdf4%40googlegroups.com.
>
> --
> You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
> To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
> To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAKDdW8AGKx%2BHs0wiMEFT11PFtaeJcgooOS%2BkTS3kD2WnrXpaVw%40mail.gmail.com.

Csóka Endre

unread,
Apr 3, 2020, 5:50:49 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com, ros...@gmail.com
Szia!

Én is a Rényiből vagyok, és igen, könnyen lehet, hogy a megoldandó probléma triviális lesz, de az is lehet, hogy nem. Katona Gyuláék csoportja be lesz avatva, ha szükség lesz rá, ezeket a kérdéseket már fentebb megtárgyaltuk.
Igen, van a dolognak irodalma, de csak a szép, matematikailag idealizált problémáknak van irodalma, mert már abból is rengetegféle van. Amik nagyon hasznos szemléletet és ötleteket adnak ahhoz, hogy egy ilyen gyakorlati problémát megoldjunk, de szinte biztos nem az lesz a megoldás, hogy leemelünk a polcról egy matematikai cikket, és egy az egyben alkalmazzuk.

Üdv:
Endre

Dániel Gerbner

unread,
Apr 3, 2020, 6:38:33 AM4/3/20
to suppress-covid19
Egyrészt, szerintem Endre nagyon optimista a matek kapcsán, azért lehet hogy jól jön majd a segítség, ártani meg biztos nem árthat. De valóban előbb ki kéne találni mit is akarunk számolgatni. Az hihető, hogy nem lesz mód kérdőív-kiértékelésre, bár elvileg könnyen lehetne automatizálni.

A valószínűségek összege nem jó megoldás a csoport kiválasztásához, mert ahhoz vezetne hogy egy gyanús ember 9 tünetmentessel lenne együtt. Ennél az is jobb lenne, ha a gyanúsat külön tesztelnénk és a 9 másikat külön. Az első esetben több mint 1/3 eséllyel 11 teszt kéne, majdnem 2/3 eséllyel 1 teszt, a másik esetben mindig legalább 2, és kis eséllyel 11.

Ami a gyanúsak különválasztását illeti, nem az lenne a nagy nyereség hogy (mondjuk) százezerrel kevesebb tesztet végezünk el, hanem hogy százezerrel kevesebb emberre ijesztünk rá feleslegesen.

2 dolgot kell meghatározni, mielőtt matekozni akarunk.
1. Az eszközök: mekkora teszteket tudunk végezni, milyen hibahatárral, egy mintát hányszor tudunk tesztelni (úgy tűnik, 2-szer egymás után, de pl. párhuzamosan hányszor, hány részre tudjuk szétszedni), tudunk-e kérdőívezni. A kérdőívekhez kellenének becslések hogy valószínűség legyen a válaszokból. Jó lenne valahogy máshogy kezelni az egy háztartásban élőket, ehhez is kéne becslés hogy mennyire biztos hogy megfertőzték egymást.

2. A célok. Úgy tűnik, akarunk mindenki tesztelni. Meg akarjuk találni az összes fertőzöttet (szemben egyéb tervekkel, amik a pozitív 10-es csoport minden tagját karanténba tennék). Tehát a matematikai részben nem akarunk újabb (kevés) hibát elkövetni, hogy spóroljunk? Mennyire fontos hogy ne ijesszünk rá senkire? Egy napos karantén még oké, de hosszabb is belefér? Például a pozitív csoportokban lévők egyéni tesztelése helyett további csoport-teszteléssel tudunk nyerni még keveset, de az valószínűleg már nem éri meg. 

2020. április 3., péntek 11:50:49 UTC+2 időpontban Csóka Endre a következőt írta:
Szia!

Én is a Rényiből vagyok, és igen, könnyen lehet, hogy a megoldandó probléma triviális lesz, de az is lehet, hogy nem. Katona Gyuláék csoportja be lesz avatva, ha szükség lesz rá, ezeket a kérdéseket már fentebb megtárgyaltuk.
Igen, van a dolognak irodalma, de csak a szép, matematikailag idealizált problémáknak van irodalma, mert már abból is rengetegféle van. Amik nagyon hasznos szemléletet és ötleteket adnak ahhoz, hogy egy ilyen gyakorlati problémát megoldjunk, de szinte biztos nem az lesz a megoldás, hogy leemelünk a polcról egy matematikai cikket, és egy az egyben alkalmazzuk.

Üdv:
Endre

On Fri, 3 Apr 2020 at 11:34, Janos Tapolcai <janos....@gmail.com> wrote:
Sziasztok,

ha sikerül a matematikai feladatot definiálni, akkor szerintem is hamar meg lesz rá az algoritmus. Lehet, hogy „triviális” lesz a probléma, de ha nem akkor érdemes majd felvenni a Rényi keresés szemináriumával a kapcsolatot, Katona O.H. Gyulán keresztül. Elég nagy irodalma van a csoport tesztelésnek. Például sokat nézték azt is ha a teszteknek van méretkorlátja, ha valamilyen valószínűséggel lehet false pozitív vagy negatív eredmény, stb.

A 10-es tesztméret nem ad sok mozgásteret, a 32-es lényegesen jobb lenne. Meggondolandó még, hogy 100-as tesztekből mit lehetne kihozni, ha a false pozitív vagy negatív válasznak ismert a valószínűsége.

Lényegesen kevesebb teszt kellene, ha legalább nagyságrendileg tudnánk becsülni a betegség valószínűségét az egyes mintákra nézve (ha a kérdőív bonyolult, akkor esteleg gépi tanulással a lakhelyből, életkorból, munkahelyből becsülve).

Üdv.
János

> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/08a0e4a1-f148-424b-91a1-301057a5fdf4%40googlegroups.com.
>
> --
> You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
> To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
> To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAKDdW8AGKx%2BHs0wiMEFT11PFtaeJcgooOS%2BkTS3kD2WnrXpaVw%40mail.gmail.com.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-pandemic+unsub...@googlegroups.com.

araton...@gmail.com

unread,
Apr 3, 2020, 7:20:28 AM4/3/20
to suppress-covid19
Kedves Bálint!
10-es csoportoknál valóban nem a fals pozitívak száma a vészesen sok, hanem a mérések száma. 1 millió mérés nekem iszonyúan soknak tűnik.
Ebben az esetben valamiféle más megoldásokban is gondolkodni kell (egymást kiegészítve). Nem tudom, hogy mennyire valósak a szennyvízből történő kimutatásokról szóló cikkek, de ha igen, akkor nagyon
jók lehetnének ezek a módszerek mind folyamatos monitorozásra, mind kiválasztásra:
Üdv.
Miklós

BÁLINT Bekény

unread,
Apr 3, 2020, 7:24:30 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
"Mennyire fontos hogy ne ijesszünk rá senkire? Egy napos karantén még oké, de hosszabb is belefér?"

Szerintem a válaszok: nem nagyon és a hosszabb is belefér.
Azért gondolom, mert:
- Lehet ezt jól kommunikálni. Nem azt kell mondanunk, hogy "ön valószínűleg koronavírusos", hanem, hogy "önnek a nagyon szűk környezetében biztosan van koronavírusos beteg". Persze ehhez az kell, hogy a potenciálisan érintkezők mintája legyen keverve (ami szerintem előnyös lenne, és az első terv ez is volt).
- Olyan országokban, ahol van telefonos app, ott egy halom emberre ráijesztenek, hiszen ha pozitív eset van, akkor az összes embernek, akivel az app szerint találkozhatott az elmúlt két hétben, annak elküldik, hogy maradjon otthon két hétig, vagy azonnal teszteltesse magát. Nem hallottam olyat, hogy ebből gond lett volna.
- Jelenleg az országba bárhonnan beérkezőket úgy tudom 2 hét otthoni karanténra küldik egy piros matricával, mindenféle teszt nélkül. Ehhez képest az, hogy bekerült egy közvetlenül a közelében lakóval egy 10-es poolba és ez a pool pozitív lett -> maradjon 2 hét karanténban, az szerintem sokkal enyhébb és indokoltabb.

--
Bekény


> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/08a0e4a1-f148-424b-91a1-301057a5fdf4%40googlegroups.com.
>
> --
> You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
> To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
> To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAKDdW8AGKx%2BHs0wiMEFT11PFtaeJcgooOS%2BkTS3kD2WnrXpaVw%40mail.gmail.com.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/e9de1eed-02a2-4931-abac-4d94c4418e01%40googlegroups.com.

Csóka Endre

unread,
Apr 3, 2020, 7:28:04 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com
1 csoportos teszt megspórolása 5-10 ezer Ft. Egy felesleges karantén okozta kár nagyságrendileg 100 000 Ft. Szerintem ennél többet nem kell tudnunk a fals pozitív problémáról. Ami fontosabb, hogy a fals negatív eredmény mekkora kárt okoz, és ez ügyben mit tehetünk.

> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/08a0e4a1-f148-424b-91a1-301057a5fdf4%40googlegroups.com.
>
> --
> You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
> To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
> To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/CAKDdW8AGKx%2BHs0wiMEFT11PFtaeJcgooOS%2BkTS3kD2WnrXpaVw%40mail.gmail.com.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "suppress-covid19" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/suppress-covid19-pandemic/QkzuIe-GjJE/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to suppress-covid19-p...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/suppress-covid19-pandemic/e9de1eed-02a2-4931-abac-4d94c4418e01%40googlegroups.com.

Janos Tapolcai

unread,
Apr 3, 2020, 10:23:46 AM4/3/20
to suppress-cov...@googlegroups.com


On 2020. Apr 3., at 12:38, Dániel Gerbner <gerb...@gmail.com> wrote:

A valószínűségek összege nem jó megoldás a csoport kiválasztásához, mert ahhoz vezetne hogy egy gyanús ember 9 tünetmentessel lenne együtt. Ennél az is jobb lenne, ha a gyanúsat külön tesztelnénk és a 9 másikat külön. Az első esetben több mint 1/3 eséllyel 11 teszt kéne, majdnem 2/3 eséllyel 1 teszt, a másik esetben mindig legalább 2, és kis eséllyel 11.

Sok más megoldást is el tudok képzelni … nem tudom, le kell vezetni, ebben tudnak segíteni a matematikusok:) Én is úgy sejtem, hogy az jön ki ami a Te intuíciód is, hogy nem érdemes tünetmentesek közé gyanúsat keverni. Emellett egy tünetmentes mintát valószínűleg érdemes több pool-ba is belekeverni.  

Megpróbálom szabadosan leírni a mögötte lévő információelméleti gondolatot, amit egy csoporttesztelési cikkből merítettem (előre elnézést a pongyola megfogalmazásért és durva egyszerűsítésekért). Egy csoporttesztre úgy is lehet tekinteni, hogy mennyi “információt" jelent nekünk a betegekről. Mintha minden ember egy véletlen információ forrás lenne (beteg/nem beteg). Ha ismerjük minden konkrét ember betegségének valószínűségét, akkor ennek Shannon entrópiája leírja az információ tartalmat, amit tudni szeretnénk a tesztelési folyamat végén.
A csoport tesz egy képzeletbeli “kommunikációs csatorna” lesz ebben a modellben, aminek ugyancsak két kimenetele van. Ha nagyon kicsi a valószínűsége, hogy a teszt pozitív legyen, akkor nagyon kevés információt jut át egy “csatornán”, lásd Shannon entrópia görbe széle:
azaz nagyon sok csatornára (tesztre) lesz szükségünk, hogy minden beteget felderítsünk. 

Az 1/3-ot nem gondoltam mélyen át, annyi volt a megfontolás, hogy elég nagy az “információ tartalma” a tesztnek, és azt szeretnénk, hogy a legtöbb teszt negatív legyen. Igazatok lesz, hogy ennél kisebb célérték lesz az optimális, viszont túl kicsi célérték esetén biztos rengeteg tesztre lesz szükség.