Prezada Susana, boa tarde!
O programa não reconhece as referências para fazer marcação automática pois os labels (1, 2, 3) ou estão marcados como uma lista ordenada (o que não conta como "label"), ou estão sem label no início da referência. Para as normas Vancouver a numeração de referências faz parte da estrutura da normalização; portanto, para que o software de marcação automática consiga reconhecer a referência como tal deve-se seguir a estrutura.
Peço, por gentileza, que revise esses pontos e nos informe se o problema foi solucionado.
Fico à disposição.
Atenciosamente,
Cinthia Vieira
SciELO Brasil
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