こんにちは
スナッピングツールで、線分の途中に点を打つのではなく、頂点に対して
スナップしているのであれば、原理的には精度指定の GeoJSON でも
Shapefile などの浮動小数点数でも、きちんと接したデータができるはずです。
もっとも、確認していませんが GeoJSON なども QGIS にレイヤとして読み込めば
浮動小数点数としてロードされる気がします。
一方で、作成したデータに対しディゾルブを行うと、処理の許容精度の問題なのか
小さな孔ができることがあります。
ディゾルブを行ったあとプロセシングツールの「孔 (hole) の削除」を行ったり、
あるいは事前に1 mm など許容できるレベルのわずかに大きさなバッファを作成し
確実に接する(重複する)ようなポリゴンを作成してディゾルブする。などの
回避策はあるかと思います。