Está pergunta não é especificamente sobre Latex, mas sobre os editores para escrever latex.
Estou utilizando um teclado árabe e uso o comando CTRL+ALT+K para trocar do teclado comum para o árabe. O resultado é excelente em quase todo lugar que escrevo, com por exemplo: no libreoffice, no whatsapp instalado no computador, no facebook, aqui nesse grupo (pelo menos na minha tela os caractéres com vogais a seguir ficam perfeitos com as vogais curtas bem em cima da consoante: بَ بَا بُ بُو بِي ). Porém no editor que uso para Latex, que é o Kile (que é escrito sobre o Kate se não me engano) as vogais curtas árabes ficam meio fora do lugar. Quando processo com o Latex, o resultado é perfeito, mas no editor fica bem confuso: Fatha e Damma ficam bem mais à esquerda do que deveriam e Kasra fica bem mais à esquerda e quase não visível.
Imagino que o problema possa ser resolvido com alguma configuração do editor, mas não sei qual.