dimdesc: Error in cov.wt

[Rémi Vezy]

Bonjour,

J'obtiens une erreur lors de l'utilisation de la fonction dimdesc.

J'utilise un tableau avec 24 variables, dont les 2 premières sont qualitatives (N°clone et N° répétition). J'ai aussi quatre variables (17 à 20) invariantes selon les répétitions, je ne les utilise donc pas dans la construction de mes axes, mais les projette tout de même.

Mon ACP fonctionne, ainsi que mes graphiques. Je vous met les deux lignes de codes et l'erreur en sortie:

> res2 <- PCA(Table2test[,1:24], quali.sup= 1:2, quanti.sup= c(17:20))

> dimdesc(res2)

Error in cov.wt(Z, wt = w, method = "ML", cor = TRUE) : 

  'x' must contain finite values only

J'ai essayé de voir à quoi ça pouvait être du, mais n'ai rien trouvé. Il 'y a pas de NA, j'ai essayé de réduire le poids des valeurs en les arrondissant, mais rien n'y fait.

Merci d'avance!

[François Husson]

Bonjour,

Si certaines variables ne sont pas variables mais sont des constantes (celle que vous avez mis en supplémentaires), il faut les enlever du jeu de données car lorsqu'il est nécessaire de calculer la variance de cette variable, le programme ne pourra que retourner une erreur. Et c'est ce qui se passe dans dimdesc au moment où le coefficient de corrélation est calculé.

Ces variables, qui n'en sont pas, ne seront jamais utiles et vous devriez les supprimer de l'analyse.

FH

[Rémi Vezy]

Bonjour,

merci pour votre réponse.

Je voulais absolument présenter ces variables. 

J'ai les écarts-types de chaque clone pour ces quatre variables. Je les ai donc fait varier aléatoirement dans chaque répétition selon une loi normale. J'ai fais ça 200 fois, avec une ACP à chaque itération, avec les 4 variables précédentes en variables supplémentaires.

J'ai récupéré les sorties de chaque ACP et en ai déduis une ACP moyenne.

Je suppose que ça à un sens, puisque les axes de mes ACP ne changent pas (ils sont construits uniquement sur des variables invariantes à chaque itération), seule la projection de mes variables supplémentaire change. 

Je suppose donc que mon résultat est une ACP tout à fait normale, sauf que l'on projette sur ces axes la moyenne des projections de mes 4 variables supplémentaires. 

Je m'écarte un peu du sujet, mais pensez-vous que ça ai du sens?

En vous remerciant,

respectueusement,

Rémi V. 

--
Vezy Rémi

PhD CIRAD-INRA
UMR Eco&Sols - UMR ISPA

--
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