No sé si te acabo de entender, pero por lo que parece, lo que te pasa es que después de imprimir unas capas, aparece un desfase. Nosotros tuvimos un problema parecido, y lo que nos ocurría es que la pieza del extrusor, al llegar a una de las esquinas de la cama, pegaba en la pinza que sujeta el cristal. La pinza hacía de tope y "movía" el punto donde la impresora supone que estaba. No sé si me explico bien. Intento ser más claro con un ejemplo:
La impresora está imprimiendo, y va soltando filamento moviéndose en el eje X, desde el final hacia el origen, y cerca del final de carrera debería girar 90 grados y hacer una línea en el eje Y. En nuestro caso, al acercarse al final de carrera del eje X, como se estaba imprimiendo cerca del borde de la cama, el extrusor pegaba en la pinza, y no llegaba hasta el origen, pero luego giraba los 90 grados y hacía la línea en dirección eje Y, pero desfasado. Y a partir de entonces, toda la impresión se "movía".
Comprueba que no sea eso (si has sido capaz de entenderme, jejejeje)
Un saludo.