APA problem: Loop list is empty or incorrect path provided.

[zhengdafangyuan zhong]

Hi, everyone

I want to perform  APA  on the Hi-C dataset with the loop regions from Rao et al. 2014.

The command is :

java -Xmx20g -jar ~/Juicebox/juicer_tools.jar apa -r 10000 -c chr2  /data/4DNFI1UEG1HD.hic  all_loops_filter.txt  Result_dir

And I got:

WARNING: sun.reflect.Reflection.getCallerClass is not supported. This will impact performance.
WARN [2022-01-11T21:02:43,339]  [Globals.java:138] [main]  Development mode is enabled
Reading file: /data/4DNFI1UEG1HD.hic
Using 1 CPU thread(s) for primary task
Processing APA for resolution 10000
Loop list is empty or incorrect path provided.

The head lines of my loop file:

chr1        153507524        153987524        chr1        153507524        153987524        loop2        100        +        +
chr1        184070866        184670866        chr1        184070866        184670866        loop3        100        +        +
chr1        184070866        184230866        chr1        184070866        184230866        loop4        100        +        +
chr1        204560872        204770872        chr1        204560872        204770872        loop5        100        +        +
chr1        147258346        147648198        chr1        147258346        147648198        loop6        100        +        +
chr1        147268341        147897870        chr1        147268341        147897870        loop7        100        +        +

And I have tried to use the sample bedpe from https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki :

#chr1  x1         x2            chr2   y1              y2          name        score  strand1  strand2        color
chr5   85000000  89000000   chr5   85000000   89000000    .     .      .        .       255,0,0

But the same error occurred!

Is there something wrong with my loop file or anything else?  Can anyone help or provide a standard bedpe file?

Best wish,

Thanks!

[Muhammad Shamim]

What happens if you try without the 'chr'?

e.g.

1        153507524        153987524        1        153507524        153987524        loop2        100        +        +

For this hic file, the chromosomes appear to be listed as 1, 2, 3, etc.

[zhengdafangyuan zhong]

Hi,

I tried to replace the "chr" and sorted the loop list "sorted -k1,1n -k2,2n -k3,3n", but got the same error.

head all_loops_filter2.txt
1        114347378        114567379        1        114347378        114567379        loop153        100        +        +
1        114977379        115117379        1        114977379        115117379        loop618        100        +        +
1        115127379        115707379        1        115127379        115707379        loop1209        100        +        +
1        115137379        115477379        1        115137379        115477379        loop454        100        +        +
1        115137379        115597379        1        115137379        115597379        loop455        100        +        +
1        115607379        115707379        1        115607379        115707379        loop549        100        +        +
1        115607379        115777379        1        115607379        115777379        loop550        100        +        +
1        115797379        115987379        1        115797379        115987379        loop418        100        +        +
1        116137379        116367378        1        116137379        116367378        loop786        100        +        +
1        116137379        116427378        1        116137379        116427378        loop1111        100        +        +

[Muhammad Saad Shamim]

What happens when you load the .hic file and loop list in juicebox? Does it load?

Have you tried using the latest jar under Github releases?

- Muhammad Saad Shamim

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "3D Genomics" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/3d-genomics/HgAutWVEHms/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to 3d-genomics...@googlegroups.com.
To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/3d-genomics/f54b2ed4-d310-4f7b-ae9d-9a97a8e85431n%40googlegroups.com.

[Shawn Bai]

I have the same problem. Has this been solved??