Hola Guido,
No he encontrado algo parecido para eso, pero creo que el modelamiento, si bien es cierto que con MongoDB es algo distinto, sería una representación abstracta de cómo tus datos van a ser almacenados; no teniendo necesariamente nada que ver con un ORM o con las clásicas entidades de negocio.
Pienso para realizar esa tarea, podrías usar cualquier herramienta de ese tipo, pero dando anotaciones peculiares para decir que aquella "tabla" es en realidad algo deberá estar embebido en otra "tabla".
Saludos.