brlens error

[David Lohman]

Greetings, 

I'm having trouble running a partitioned analysis.  My dataset has 19 partitions as determined by PartitionFinder.  When I include the following command in the config file:

 brlens    = (0-18)

the run terminates with error: 

You provided an alignment file in phylip format. Trying to parse it...

Assertion failed: (_partitions.size() > 0), function AbstractParameter, file .././src/parameters/AbstractParameter.cpp, line 16.

Abort trap: 6

If I exclude the brlens command and leave everything else the same, the analysis proceeds.  If I modify the brlens command to:

brlens    = (0-17)

the analysis proceeds (even though there are 19 partitions), but with the following warning repeated about 100 times:

Warning: had to modify branch length 0.1 to 0.0247023 because it violated the maximum range of branch lengths allowed.

Is this a bug or am I doing something wrong?

I'm running version 1.4.1 (precompiled) on a 2019 MacBook Pro running OS 10.14.6. 

In case this helps, I'll paste in my partition file at the end.

Thank you!

Best wishes,

David Lohman

__________________

DNA, Subset1 = 24757-24955\3, 117351-117585\3, 4328-5072\3, 87401-87605\3, 145171-145624\3, 25881-26040\3, 100627-101953\3, 148952-149372\3, 124760-124946\3, 113143-113377\3, 89381-89624\3, 26201-26837\3, 74258-74576\3, 102427-102922\3, 54161-54401\3, 131988-132189\3, 97952-98189\3, 137909-138209\3, 129713-130115\3, 5074-5785\3, 24957-25197\3, 15926-16739\3, 44903-45341\3, 59356-59713\3, 68382-68859\3, 124391-124562\3, 93027-93519\3, 10111-10342\3, 113379-113871\3, 55852-56503\3, 62922-63201\3, 122524-122812\3, 94139-94643\3, 115323-115854\3, 148258-148951\3, 51104-51320\3, 7381-7852\3, 140610-140859\3, 153915-154167\3, 39924-40392\3, 126968-127193\3, 1-1474\3, 76739-76931\3, 159536-160082\3, 55854-56505\3, 97648-97948\3, 13159-13345\3, 143117-144368\3, 41322-41955\3, 35230-36151\3, 145172-145625\3, 41060-41318\3, 113141-113375\3, 4327-5071\3, 29679-30744\3, 56507-56726\3, 17751-18336\3, 31623-32094\3, 122266-122521\3, 118341-119295\3, 26202-26838\3, 11141-11483\3, 41059-41317\3, 85922-87152\3, 70670-70847\3, 59717-60608\3, 117352-117586\3, 15701-15923\3, 2437-2596\3, 2599-2782\3, 99263-100625\3, 89858-90236\3, 26042-26198\3, 32096-32816\3, 114264-114588\3, 74933-75338\3, 124182-124386\3, 36775-37297\3, 110590-110827\3, 137555-137906\3, 151018-151219\3, 85923-87153\3, 26842-27112\3, 130785-131178\3, 105096-105372\3, 114072-114261\3, 40394-40706\3, 26840-27110\3, 57017-57467\3, 114071-114260\3, 33623-33821\3, 154170-154620\3, 102241-102424\3, 51322-51535\3, 71285-71954\3, 101957-102239\3, 79481-79733\3, 135856-136141\3, 119297-120164\3, 48759-49776\3, 107865-108282\3, 66457-66913\3, 48165-48324\3, 96847-97378\3, 69577-69793\3, 77901-78111\3, 161137-161722\3, 108285-108501\3, 27872-28094\3, 125485-126301\3, 90439-90721\3, 151016-151217\3, 25618-25879\3, 7135-7378\3, 15702-15924\3, 145629-145947\3, 105856-106096\3, 159325-159535\3, 94645-94801\3, 31302-31620\3, 68381-68858\3, 140471-140606\3, 36774-37296\3, 63204-63636\3, 38069-38564\3, 69575-69791\3, 79231-79480\3, 10737-11139\3, 120165-121038\3, 63638-63860\3, 77900-78110\3, 150746-151013\3, 74259-74577\3, 136419-136629\3, 72732-73758\3, 134878-135442\3, 140472-140607\3, 50900-51101\3, 141600-141942\3, 97951-98188\3, 96308-96845\3, 108950-109691\3, 155704-155956\3, 87843-89211\3, 89215-89380\3, 73970-74255\3, 124758-124944\3, 142152-142443\3, 90239-90434\3, 59357-59714\3, 149992-150499\3, 46073-46391\3, 34646-35225\3, 69107-69329\3, 112298-112511\3, 103383-103644\3, 104773-105091\3, 31096-31300\3, 135855-136140\3, 79229-79478\3, 33825-34017\3, 20711-21365\3, 46682-47045\3, 156567-157074\3, 103381-103642\3, 106927-107074\3, 51540-51963\3, 7134-7377\3, 64900-65545\3, 103819-104278\3, 129487-129709\3, 49779-50046\3, 60994-61339\3, 68862-69105\3, 105857-106097\3, 158241-158775\3, 158779-159322\3, 35228-36149\3, 38568-38910\3, 7136-7379\3, 71957-72284\3, 83372-84245\3, 104283-104496\3, 103119-103380\3, 68861-69104\3, 129488-129710\3, 23310-24093\3, 115322-115853\3, 38913-39192\3, 80109-80460\3, 145948-146158\3, 51323-51536\3, 40393-40705\3, 33826-34018\3, 85525-85921\3, 105858-106098\3, 27114-27579\3, 51103-51319\3, 48757-49774\3, 122815-123586\3, 147288-147519\3, 51538-51961\3, 44692-44899\3, 64226-64898\3, 115856-116678\3, 29223-29457\3, 69796-69991\3, 28765-28984\3, 30746-31091\3

DNA, Subset2 = 69576-69792\3, 87156-87399\3, 67884-68379\3, 131349-131985\3, 57719-58316\3, 65857-66454\3, 159323-159533\3, 33824-34016\3, 116681-117347\3, 59065-59353\3, 50548-50896\3, 96309-96846\3, 146391-146853\3, 106099-106282\3, 47047-48160\3, 85042-85231\3, 25882-26041\3, 149375-149633\3, 151562-152006\3, 104282-104495\3, 127195-128050\3, 99056-99260\3, 54833-55052\3, 29224-29458\3, 79022-79226\3, 79483-79735\3, 50048-50546\3, 140862-141597\3, 125245-125482\3, 111335-111929\3, 69993-70494\3, 11487-11754\3, 40708-40897\3, 46072-46390\3, 27113-27578\3, 96307-96844\3, 75872-76130\3, 51324-51537\3, 79737-80106\3, 102926-103115\3, 69992-70493\3, 124563-124755\3, 151563-152007\3, 73760-73967\3, 45645-45885\3, 14100-15021\3, 81271-81505\3, 102925-103114\3, 28763-28982\3, 9593-9797\3, 2208-2433\3, 105661-105853\3, 97382-97646\3, 129219-129483\3, 158777-159320\3, 100628-101954\3, 19649-20327\3, 40900-41056\3, 56506-56725\3, 12070-12700\3, 158043-158238\3, 58320-58569\3, 142714-143116\3, 123589-123790\3, 161135-161720\3, 129486-129708\3, 107350-107860\3, 37300-37816\3, 141601-141943\3, 16742-17081\3, 151222-151561\3, 76392-76737\3, 57720-58317\3, 93026-93518\3, 41956-42433\3, 109694-110048\3, 63202-63634\3, 157077-157785\3, 18338-18932\3, 56508-56727\3, 75343-75871\3, 53434-54157\3, 42438-43107\3, 52339-52960\3, 108949-109690\3, 85233-85521\3, 124183-124387\3, 70496-70667\3, 2785-3055\3, 17083-17536\3, 31094-31298\3, 67532-67880\3, 150500-150743\3, 32820-33414\3, 24755-24953\3, 140861-141596\3, 17750-18335\3, 25199-25613\3, 41320-41953\3, 129711-130113\3, 128994-129216\3, 76134-76389\3, 18936-19647\3, 108503-108698\3, 80463-81003\3, 158042-158237\3, 124389-124560\3, 115857-116679\3, 74260-74578\3, 124390-124561\3, 87155-87398\3, 135444-135852\3, 7854-8121\3, 12068-12701\3, 1477-2206\3, 10109-10340\3, 90991-93022\3, 80108-80459\3, 46394-46679\3, 46681-47044\3, 66458-66911\3, 14099-15020\3, 157787-158039\3, 24506-24752\3, 76934-77186\3, 77541-77898\3, 64227-64899\3, 43108-43810\3, 104775-105093\3, 64225-64897\3, 48163-48322\3, 15023-15200\3, 134491-134875\3, 50899-51100\3, 19650-20328\3, 103646-103817\3, 130446-130782\3, 90725-90989\3, 34383-34644\3, 162296-162539\3, 133198-134488\3, 28986-29220\3, 141599-141941\3, 103117-103378\3, 17537-17747\3, 11486-11753\3, 67883-68378\3, 123792-123963\3, 2784-3054\3, 106101-106284\3, 138923-140051\3, 104498-104771\3, 22842-23061\3, 82040-82259\3, 82041-82260\3, 90992-93023\3, 115041-115320\3, 136145-136418\3, 81507-81717\3, 136421-136631\3, 82263-83070\3, 155254-155479\3, 110052-110589\3, 34019-34379\3, 137553-137904\3, 10110-10341\3, 43814-44690\3, 70851-71283\3, 2-1472\3, 102927-103116\3, 150747-151014\3, 80464-81004\3, 14098-15019\3, 124947-125241\3, 45886-46069\3, 21370-22840\3, 106928-107075\3, 117588-118338\3, 77540-77897\3, 149377-149635\3, 5787-7131\3, 78311-79019\3, 85040-85229\3, 34647-35226\3, 46393-46678\3, 58318-58567\3, 2438-2597\3, 25880-26039\3, 82262-83069\3, 154879-155251\3, 146389-146851\3, 107077-107347\3, 24507-24753\3, 93934-94135\3, 46074-46392\3, 3628-4324\3, 74579-74930\3, 31303-31621\3, 55056-55266\3, 77542-77899\3, 48326-48542\3, 40901-41057\3, 144371-145169\3, 151221-151560\3, 41321-41954\3, 31622-32093\3, 63862-64222\3, 24756-24954\3, 2436-2595\3, 108284-108500\3, 142151-142442\3, 41061-41319\3, 75341-75869\3, 49777-50044\3, 5073-5784\3, 141945-142149\3, 33418-33622\3, 39195-39438\3, 134877-135441\3, 108702-108948\3, 62921-63200\3, 45344-45641\3, 145949-146159\3, 157788-158040\3, 123793-123964\3, 55268-55442\3, 28764-28983\3, 11142-11484\3, 39746-39920\3, 60827-60992\3, 158044-158239\3, 136632-137226\3, 121042-121777\3, 112296-112512\3, 89382-89625\3, 20331-20709\3, 155481-155700\3, 54160-54400\3, 32097-32817\3, 115324-115855\3, 93935-94136\3, 35229-36150\3, 94805-95333\3, 148954-149374\3, 147776-148256\3, 124565-124757\3, 75342-75870\3, 33416-33620\3, 39923-40391\3, 110050-110587\3, 79023-79227\3, 81269-81503\3, 148260-148950\3, 90437-90722\3, 126966-127191\3, 47048-48161\3, 141946-142150\3, 61342-62539\3, 122525-122813\3, 36152-36770\3, 3058-3625\3, 52964-53165\3, 61343-62540\3, 81720-82038\3, 104499-104772\3, 13161-13347\3, 121781-122264\3, 45643-45883\3, 59716-60607\3, 136144-136417\3, 124949-125243\3, 54162-54402\3, 95336-95804\3, 78114-78309\3, 8124-9591\3, 15203-15449\3, 84249-84861\3, 29678-30743\3, 108701-108947\3, 55853-56504\3, 138211-138922\3, 25617-25878\3, 67153-67531\3, 113873-114068\3, 104281-104494\3, 138210-138921\3, 89628-89856\3, 111932-112295\3, 137908-138208\3, 63637-63859\3, 60826-60991\3, 137229-137550\3, 98825-99053\3, 17084-17534\3, 13349-14096\3, 105095-105371\3, 2209-2434\3, 64901-65546\3, 102428-102923\3, 149991-150498\3, 106286-106925\3, 110591-110828\3, 26841-27111\3, 87608-87839\3, 81506-81716\3, 142153-142444\3, 128052-128991\3, 131351-131987\3, 39747-39921\3, 114780-115038\3, 103820-104279\3, 50549-50897\3, 107864-108281\3, 57470-57716\3, 50047-50545\3, 72731-73757\3, 126967-127192\3, 13160-13346\3, 60610-60823\3, 70497-70668\3, 71958-72285\3, 27583-27871\3, 131350-131986\3, 134492-134876\3, 9800-10106\3, 123590-123791\3, 3627-4323\3, 12703-13156\3, 66456-66912\3, 17538-17748\3, 55054-55264\3, 154625-154877\3, 154623-154875\3, 43813-44689\3, 138924-140052\3, 81005-81266\3, 152009-153278\3, 69109-69331\3, 21369-22839\3, 162297-162540\3, 122267-122522\3, 32819-33413\3, 1476-2205\3, 89214-89379\3, 111931-112294\3, 38912-39191\3, 130447-130783\3, 130116-130443\3, 78115-78310\3, 25200-25614\3, 106929-107076\3, 39442-39742\3, 65548-65854\3, 130118-130445\3, 36773-37295\3, 66916-67150\3, 15925-16738\3, 136633-137227\3, 54404-54620\3, 155960-156218\3, 157079-157784\3, 116682-117348\3, 162298-162541\3, 124184-124388\3, 87842-89210\3, 159537-160083\3, 28464-28761\3

DNA, Subset3 = 76393-76738\3, 87157-87400\3, 40902-41058\3, 142713-143115\3, 62544-62919\3, 101958-102240\3, 52341-52962\3, 40709-40898\3, 93936-94137\3, 3-1473\3, 62542-62917\3, 121780-122263\3, 28985-29219\3, 10343-10733\3, 2598-2781\3, 31624-32095\3, 108700-108946\3, 151564-152008\3, 123588-123789\3, 100629-101955\3, 158242-158776\3, 16743-17082\3, 155255-155480\3, 46395-46680\3, 73762-73969\3, 2600-2783\3, 102429-102924\3, 105663-105855\3, 55269-55443\3, 115858-116680\3, 108951-109692\3, 94804-95332\3, 125486-126302\3, 11756-12065\3, 74581-74932\3, 105094-105370\3

DNA, Subset4 = 1475-2207\3, 95808-96102\3, 77189-77537\3, 114779-115037\3, 78312-79020\3

DNA, Subset5 = 110592-110829\3, 118340-119294\3, 53436-54159\3, 131181-131346\3, 73761-73968\3, 112516-113140\3, 138925-140053\3, 48325-48541\3, 42437-43106\3, 161136-161721\3, 153917-154169\3, 4326-5070\3, 89629-89857\3, 140611-140860\3, 77190-77538\3, 26044-26200\3, 59067-59355\3, 124564-124756\3, 81508-81718\3, 97650-97950\3, 17085-17535\3, 114781-115039\3, 59358-59715\3, 45343-45640\3, 34021-34381\3, 85234-85522\3, 28465-28762\3, 29222-29456\3, 106285-106924\3, 106287-106926\3, 15453-15699\3, 134490-134874\3, 130787-131180\3, 29680-30745\3, 25201-25615\3, 99055-99259\3, 145627-145945\3, 27115-27580\3, 140609-140858\3, 153282-153912\3, 39745-39919\3, 79736-80105\3, 149990-150497\3, 151220-151559\3, 7855-8122\3, 15024-15201\3, 155705-155957\3, 54834-55053\3, 2210-2435\3, 23063-23306\3, 22843-23062\3, 81270-81504\3, 118342-119296\3, 130786-131179\3, 160085-161132\3, 39196-39439\3, 84864-85038\3, 65859-66453\3, 114073-114262\3, 10738-11140\3, 85523-85919\3, 115042-115321\3, 33625-33823\3, 137554-137905\3, 85041-85230\3, 29461-29677\3, 85232-85520\3, 98191-98821\3, 119299-120163\3, 110830-111112\3, 79024-79228\3, 73971-74256\3, 82264-83071\3, 155703-155955\3, 135445-135853\3, 37818-38067\3, 27873-28095\3, 26043-26199\3, 136420-136630\3, 57018-57468\3, 15452-15698\3, 126304-126964\3, 105375-105660\3, 67885-68380\3, 24958-25198\3, 67152-67530\3, 73972-74257\3, 33417-33621\3, 129712-130114\3, 29459-29675\3, 83072-83369\3, 87403-87607\3, 39194-39437\3, 57469-57715\3, 98192-98822\3, 76936-77188\3, 7382-7850\3, 27581-27869\3, 133197-134487\3, 126303-126963\3, 20330-20708\3, 80462-81002\3, 72733-73759\3, 113378-113870\3, 15451-15697\3, 135857-136142\3, 98826-99054\3, 111117-111333\3, 84250-84862\3, 143119-144367\3, 32098-32818\3, 38569-38911\3, 48546-48756\3, 111116-111332\3, 75874-76132\3, 23065-23308\3, 142447-142711\3, 27582-27870\3, 48164-48323\3, 81007-81268\3, 60612-60825\3, 140055-140469\3, 122523-122811\3, 111115-111331\3, 69332-69572\3, 5789-7133\3, 84863-85037\3, 48327-48543\3, 53169-53433\3, 90241-90436\3, 93724-93931\3, 59066-59354\3, 127196-128051\3, 156220-156565\3, 137230-137551\3, 98824-99052\3, 99262-100624\3, 122816-123587\3, 104497-104770\3, 158778-159321\3, 137907-138207\3, 96849-97380\3, 90726-90990\3, 23064-23307\3, 49778-50045\3, 60995-61340\3, 38914-39193\3, 124948-125242\3, 57016-57466\3, 142712-143114\3, 23309-24092\3, 160087-161134\3

DNA, Subset6 = 117587-118337\3, 93025-93517\3, 112514-113138\3, 9594-9798\3, 87610-87841\3, 17752-18337\3, 93725-93932\3, 25616-25877\3, 38070-38565\3, 149638-149989\3, 43110-43812\3, 147522-147774\3, 96848-97379\3, 103645-103816\3, 111334-111928\3, 90438-90723\3, 108283-108499\3, 140056-140470\3, 89213-89378\3, 74935-75340\3, 90993-93024\3, 24956-25196\3, 57718-58315\3, 36153-36771\3, 48544-48754\3, 18339-18933\3, 43109-43811\3, 144370-145168\3, 7853-8120\3, 48758-49775\3, 95806-96100\3, 51964-52141\3, 44693-44900\3, 89383-89626\3, 121043-121778\3, 44904-45342\3, 3057-3624\3, 40395-40707\3, 67534-67882\3, 54405-54621\3, 142446-142710\3, 19651-20329\3, 37299-37815\3, 140054-140468\3, 76935-77187\3, 11143-11485\3, 69794-69989\3, 149376-149634\3, 79230-79479\3, 52965-53166\3, 45345-45642\3, 76740-76932\3, 125244-125481\3, 44694-44901\3, 34384-34645\3, 28097-28460\3, 2786-3056\3, 131182-131347\3, 69994-70495\3, 102242-102425\3, 81006-81267\3, 146856-147285\3, 131183-131348\3, 96105-96306\3, 150748-151015\3, 15204-15450\3, 94647-94803\3, 154878-155250\3, 145628-145946\3, 52145-52337\3, 146855-147284\3, 99057-99261\3, 101956-102238\3, 151017-151218\3, 46683-47046\3, 43815-44691\3, 54622-54829\3, 52146-52338\3, 54403-54619\3, 141944-142148\3

DNA, Subset7 = 125246-125483\3, 152011-153280\3, 83074-83371\3, 32821-33415\3, 33624-33822\3, 55446-55851\3, 51105-51321\3, 74580-74931\3, 89860-90238\3, 114592-114778\3, 113875-114070\3, 53167-53431\3, 137231-137552\3, 132192-133194\3, 76391-76736\3, 156221-156566\3, 155483-155702\3, 53168-53432\3, 77902-78112\3, 87402-87606\3, 13350-14097\3, 3059-3626\3, 97383-97647\3, 83374-84247\3, 145173-145626\3, 18937-19648\3, 37819-38068\3, 143118-144369\3, 93522-93723\3, 40710-40899\3, 142445-142709\3, 115040-115319\3, 138212-138920\3, 36154-36772\3, 128995-129217\3, 34020-34380\3, 105373-105658\3, 11757-12066\3, 110832-111114\3, 15022-15199\3, 18340-18934\3, 95807-96101\3, 156568-157075\3, 130117-130444\3, 105374-105659\3, 85524-85920\3, 66914-67148\3, 114263-114587\3, 153916-154168\3, 123967-124180\3, 64902-65547\3, 71287-71956\3, 76741-76933\3, 120167-121040\3, 47049-48162\3, 156219-156564\3, 55445-55850\3, 144372-145170\3, 52144-52336\3, 69333-69573\3, 67533-67881\3, 80110-80461\3, 15202-15448\3, 69334-69574\3, 123966-124179\3, 130448-130784\3, 26203-26839\3, 108502-108697\3, 96103-96304\3, 15927-16740\3, 111336-111927\3, 106100-106283\3, 87844-89212\3, 24097-24505\3, 113874-114069\3, 41957-42434\3, 28099-28462\3, 20713-21367\3, 90724-90988\3, 70850-71282\3, 126305-126965\3, 71959-72286\3, 109695-110049\3, 123794-123965\3, 156569-157076\3, 61344-62541\3, 50550-50898\3, 22841-23060\3, 45888-46071\3, 158240-158774\3, 103821-104280\3, 24508-24754\3

DNA, Subset8 = 96104-96305\3, 95335-95803\3, 59718-60609\3, 102243-102426\3, 34382-34643\3, 37298-37814\3, 128054-128993\3, 77191-77539\3, 72287-72728\3, 99264-100626\3, 147775-148255\3, 136634-137228\3, 107863-108280\3, 16741-17080\3, 55055-55265\3, 3629-4325\3, 39441-39744\3, 54624-54831\3, 51539-51962\3, 45644-45884\3, 65858-66455\3, 55267-55441\3, 11758-12067\3, 155959-156217\3, 107351-107861\3, 58570-59062\3, 110831-111113\3, 75873-76131\3, 12705-13158\3, 97381-97645\3, 147520-147772\3, 5075-5786\3, 34648-35227\3, 52963-53164\3, 71286-71955\3, 81719-82037\3, 131990-132191\3, 117350-117584\3, 17539-17749\3, 128996-129218\3, 146161-146386\3, 63639-63861\3, 109693-110047\3, 12069-12702\3, 128053-128992\3, 154172-154622\3, 161724-162294\3, 160086-161133\3, 129221-129485\3, 111930-112293\3, 48545-48755\3, 97649-97949\3, 146854-147283\3, 123968-124181\3, 42436-43105\3, 63864-64224\3, 145950-146160\3

DNA, Subset9 = 127194-128049\3, 24095-24503\3, 8123-9590\3, 90240-90435\3, 44902-45340\3, 10736-11138\3, 66915-67149\3, 63203-63635\3, 155482-155701\3, 84248-84860\3, 5788-7132\3, 28098-28461\3, 58319-58568\3, 60611-60824\3, 104774-105092\3, 89627-89855\3, 31301-31619\3, 51965-52142\3, 54623-54830\3, 31095-31299\3, 146162-146387\3, 83073-83370\3, 152010-153279\3, 147521-147773\3, 74934-75339\3, 58571-59063\3, 149636-149987\3, 70671-70848\3, 149637-149988\3, 54832-55051\3, 69108-69330\3

DNA, Subset10 = 78113-78308\3, 107079-107349\3, 27874-28096\3, 60996-61341\3, 121041-121776\3, 122265-122520\3, 95337-95805\3, 103647-103818\3, 76133-76388\3, 93520-93721\3, 65549-65855\3, 11488-11755\3, 122814-123585\3, 18935-19646\3, 161725-162295\3, 20332-20710\3, 7380-7851\3, 87609-87840\3, 159324-159534\3, 52340-52961\3, 119298-120162\3, 114591-114777\3, 79738-80107\3, 81721-82039\3, 13348-14095\3, 50901-51102\3, 153281-153914\3

DNA, Subset11 = 146163-146388\3, 56729-57014\3, 39440-39743\3, 114590-114776\3, 72289-72730\3, 89859-90237\3, 9801-10107\3, 62920-63199\3, 140473-140608\3, 103118-103379\3, 82042-82261\3, 157078-157786\3, 93521-93722\3, 148953-149373\3, 120166-121039\3, 20712-21366\3, 154624-154876\3, 63863-64223\3, 147777-148257\3, 105662-105854\3, 67151-67529\3, 129220-129484\3, 8125-9592\3, 114265-114589\3, 56728-57013\3, 55444-55849\3, 28463-28760\3, 147286-147517\3, 37817-38066\3, 154171-154621\3, 113380-113872\3, 116683-117349\3, 12704-13157\3, 159538-160084\3, 10344-10734\3, 112297-112513\3, 132193-133195\3, 153283-153913\3, 29460-29676\3, 70852-71284\3, 83373-84246\3, 93726-93933\3, 62543-62918\3, 78313-79021\3, 53435-54158\3, 112515-113139\3, 136143-136416\3, 155958-156216\3, 148259-148949\3, 56730-57015\3, 108504-108699\3, 68383-68860\3, 135446-135854\3, 76135-76390\3, 38567-38909\3, 68863-69106\3, 125484-126300\3, 140863-141598\3, 21368-22838\3, 15700-15922\3, 121779-122262\3, 70672-70849\3, 45887-46070\3, 147287-147518\3, 155253-155478\3, 58572-59064\3, 94806-95334\3, 110051-110588\3, 79482-79734\3, 113142-113376\3, 161723-162293\3, 84865-85039\3, 107078-107348\3, 30747-31092\3, 24096-24504\3

DNA, Subset12 = 60828-60993\3, 9595-9799\3

DNA, Subset13 = 65550-65856\3, 9802-10108\3

DNA, Subset14 = 132194-133196\3, 28987-29221\3, 51966-52143\3, 50049-50547\3, 94646-94802\3, 10345-10735\3, 107352-107862\3, 39922-40390\3, 133199-134489\3, 154880-155252\3, 94140-94644\3, 72288-72729\3, 30748-31093\3, 70498-70669\3, 23311-24094\3, 150501-150744\3, 157789-158041\3, 117589-118339\3

DNA, Subset15 = 134879-135443\3, 57471-57717\3, 94138-94642\3, 41958-42435\3, 69795-69990\3, 38071-38566\3, 124759-124945\3, 98193-98823\3

DNA, Subset16 = 85924-87154\3, 150502-150745\3, 97953-98190\3

DNA, Subset17 = 103382-103643\3

DNA, Subset18 = 131989-132190\3

DNA, Subset19 = 146390-146852\3

[Alexandros Stamatakis]

Dear David,

Could you maybe please upgrade to version 1.5

https://github.com/aberer/exabayes/releases

It seems from the warnings that one partition has zero length, i.e.,
does not contain any sites, maybe something went wrong with
Partitionfinder.

The branch length warning you get could be associated with some prior.

Maybe Andre, who developed ExaBayes can elucidate this.

All the best,

Alexis

> --
> You received this message because you are subscribed to the Google
> Groups "ExaBayes" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send
> an email to exabayes+u...@googlegroups.com
> <mailto:exabayes+u...@googlegroups.com>.
> To view this discussion on the web visit
> https://groups.google.com/d/msgid/exabayes/a6e91f92-9e75-46f2-b76d-80373c3b2ff0%40googlegroups.com
> <https://groups.google.com/d/msgid/exabayes/a6e91f92-9e75-46f2-b76d-80373c3b2ff0%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>.

--
Alexandros (Alexis) Stamatakis

Research Group Leader, Heidelberg Institute for Theoretical Studies
Full Professor, Dept. of Informatics, Karlsruhe Institute of Technology

www.exelixis-lab.org

[David Lohman]

Dear Alexandros, 

I downloaded the version 1.5 source code, compiled it on my Mac, and now the partitioned analysis is running fine using the same files that were giving problems in version 1.4.  Thanks!

Best wishes,

David Lohman

[Alexandros Stamatakis]

great :-)

Alexis

> --
> You received this message because you are subscribed to the Google
> Groups "ExaBayes" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send
> an email to exabayes+u...@googlegroups.com
> <mailto:exabayes+u...@googlegroups.com>.
> To view this discussion on the web visit

> https://groups.google.com/d/msgid/exabayes/185f0f21-f075-4dda-b5bc-23053b0e4433%40googlegroups.com
> <https://groups.google.com/d/msgid/exabayes/185f0f21-f075-4dda-b5bc-23053b0e4433%40googlegroups.com?utm_medium=email&utm_source=footer>.