ermod ver.1 のmac(M1)での実行
Yusaku Inaba
開発者の皆様
お世話になっております。クレハの稲葉と申します。
プログラム公開していただき、ありがとうございます。
Ermodのver1がupされていたのでGromacsのQuick Start Guideをやってみたのですが、
refsディレクトリでerdstを実行するところで、
Error: # of atoms in trajectory does not match with # of atoms in configurations. Perhaps you mistook the trajectory?というエラーが出力されました。solnまでは動いているようです。
vmdfio_read_traj_stepにprintfを追加してnatoms, natoms_auxを出力させた所、
>Opening: "/Users/yusaku/calculate/ERmod/ermod_GROMACS_example/solvent_run.xtc"...
> Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
> Starting erdst calculation with seed = 1715058945195653631
>natoms=3000, natoms_aux=3000
>Opening: "/Users/yusaku/calculate/ERmod/ermod_GROMACS_example/solute_run_pbc.xtc"...
> Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
>natoms=9, natoms_aux=9
>natoms=1345136345, natoms_aux=9
>Error: # of atoms in trajectory does not match with # of atoms in configurations. Perhaps you mistook the trajectory?
となって、*handleが参照している所が書き換わっている(?よくわかりません)ようでした。
実行環境はMac(M1)です。
コンパイルコマンドは、
>cd vmdplugin
>make CC='/usr/bin/clang' CXX='/usr/bin/clang++' SHLD='/usr/bin/clang++ -shared' CCFLAGS=' -O -g -fPIC -I/opt/homebrew/Cellar/netcdf/4.9.2_1/include' NETCDFLDFLAGS='-L//opt/homebrew/Cellar/netcdf/4.9.2_1/lib'
>cp compile/*.so libexec
ERmodのコンパイル
>./configure FCFLAGS="-Wa,-q -fdefault-real-8" --with-fftw=/opt/homebrew/Cellar/fftw/3.3.10_1 --prefix=/usr/local/
Makefileの-L/opt/homebrew/Cellar/fftw/3.3.10_1/lib64が「無い」とエラーになるのでコメントアウト。
>make
でコンパイルしました。
ちなみにcygwinでは—disable-mpiを付けてコンパイルし、最後まで計算実行できました。
もし分かればご回答いただけると幸いです。
よろしくお願いいたします。
Yusaku Inaba
追伸：
FOCUSでもやってみましたが、refsの所で
gromacsplugin) Error reading timestep, unknown file format
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
とエラーになり、エラー箇所はvmdpluginioの所のようでした。
Cygwinで動いたgromacsはのバージョンは5.0.7でしたが、mac、FOCUSのgromacsは最近のバージョン(2024、2023)です。
何か影響ありそうでしょうか？
お手数お掛けして申し訳ありません。
よろしくお願いいたします。
Shun Sakuraba
ERmodのバグのように見受けられますが、C/Fortran境界で起きているようなのでもうすこし調査が必要です。
ERmodのコンパイルに使われたCコンパイラとFortranコンパイラ名(MacOSXはclangに"gcc"という名前が付いているので、できれば--versionを付けて実行したときの出力も)は分かりますでしょうか。
また、FOCUSのシステム名(AとかCとかXとか)は分かりますでしょうか。
よろしくお願いします。
> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "ermod-users" group.
> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to ermod-users...@googlegroups.com.
> To view this discussion on the web visit https://groups.google.com/d/msgid/ermod-users/6f7abcac-0bfc-4b7f-b3c0-9c48539640a0n%40googlegroups.com.
--
Shun Sakuraba
Yusaku Inaba
桜庭様
返信ありがとうございます。
>ERmodのコンパイルに使われたCコンパイラとFortranコンパイラ名(MacOSXはclangに"gcc"という名前が付いているので、できれば--versionを付けて実行したときの出力も)は分かりますでしょうか。
> /usr/bin/clang -v
Apple clang version 15.0.0 (clang-1500.3.9.4)
Target: arm64-apple-darwin23.4.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin
FOCUSはSシステムで、(lapackが読み込めず困って)コンパイル方法をヘルプデスクに伺ったら教えていただけました。
>source /home1/share/x86_64/el8/intel/oneapi-2024.1.0/setvars.sh
vmdpluginioのコンパイル
>make CCFLAGS=' -O -g -fPIC -I/home1/gnbr/unbr0002/local/netcdf/include' NETCDFLDFLAGS='-L/home1/gnbr/unbr0002/local/netcdf/lib'
>cp compile/*.so libexec/
ERmodのコンパイル
>./configure —prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2
>make
>make install
Gromacsの出力が変わったのかと思い、LAMMPSのサンプルで試したらgromacsの時と同様、
MacではError: # of atoms in trajectory does not match with # of atoms in configurations. Perhaps you mistook the trajectory?
FOCUSではgromacsplugin) Error reading timestep, unknown file format
とエラーが出ました。
(Cygwinではなんで動いたのか、もしかして以前のバージョンを動かしただけだったのか不安になってきたので明日確認します。)
よろしくお願いいたします。
Yusaku Inaba
追伸：
Cygwinでermod-1.0.1を使って計算できていました。
cygwinはクロスアビリティー社がwinmostarと一緒に配布しているcygwin_wm_20240201を使いました。
MARUYAMA Yutaka
すでに1.0.2が出ていますのでそちらをお試しください。
1.0.1にはバグがあり、ifort以外では問題が生じる事が
わかっています。
丸山
2024年4月24日(水) 9:35 Yusaku Inaba <kureha...@gmail.com>:
Yusaku Inaba
丸山様
ご指摘ありがとうございます。
1.0.2でもcygwinではermod_GROMACS_example実行できました。
上記のMac(M1)、FOCUSの状況は1.0.2での結果になります。
よろしくお願いいたします。
MARUYAMA Yutaka
今Mac(M1)とFOCUSのSシステムの話が混在していますが、Macよりも
FOCUSの方が簡単だと思います。
SシステムはAMDなのでvmdpluginのコンパイルは不要です。再度tar.gzを
展開して
source /home1/share/x86_64/el8/intel/oneapi-2024.1.0/setvars.sh
./configure —prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2
make
して試してみてください。
それでも失敗するようでしたら、solnとrefsのディレクトリをtarで固めて
添付していただけないでしょうか。また、その場合、各環境でのpython3の
バージョンをお教えください。
丸山
2024年4月24日(水) 14:27 Yusaku Inaba <kureha...@gmail.com>:
Shun Sakuraba
開発の桜庭です。
追加でお願いしたいのですが、ermodをビルドしたディレクトリから、config.logも送っていただくことは可能でしょうか。
ERmodはC/Fortran(MPIなし)/Fortran(MPI)を含むプログラムになっており、症状はC/Fortran境界部分で起きているので、
原因究明のためにすべてのコンパイラの情報が欲しいです。
よろしくお願いします。
Shun Sakuraba
Yusaku Inaba
桜庭様
丸山様
ご対応いただき、ありがとうございます。
Pythonについて、
FOCUSでsource /home1/share/x86_64/el8/intel/oneapi-2024.1.0/setvars.shだと3.6.8、Mac(M1)は3.8.12でした。
以下はFOCUSのrefs/でerdst実行した時のエラーメッセージです。
>source /home1/share/x86_64/el8/intel/oneapi-2024.1.0/setvars.sh
>./configure —prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2
>make
の場合。
-----------
ERmod 1.0.2, Copyright (C) 2000-2024 Nobuyuki Matubayasi
2010-2024 Shun Sakuraba
ERmod comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
This is free software, and you can redistribute it
and/or modify it under certain conditions.
See LICENSE file for details.
Opening: "/home1/gnbr/unbr0002/ermod/ermod_GROMACS_example/solvent_run.xtc"...
Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
Starting erdst calculation with seed = 10707660727490624
Abort(134811397) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in internal_Allreduce: Unknown error class, error stack:
internal_Allreduce(1398): MPI_Allreduce(sendbuf=0x7ffd2cff4f00, recvbuf=0x7ffd2cff4f08, count=1, dtype=0x4c000831, MPI_SUM, comm=0x58000003) failed
internal_Allreduce(1321): Invalid communicator
>source /home1/share/x86_64/el8/intel/oneapi-2024.1.0/setvars.sh
>./configure —prefix=$HOME/ermod/ermod-1.0.2--disable-mpi
>make
の場合
-----------
ERmod 1.0.2, Copyright (C) 2000-2024 Nobuyuki Matubayasi
2010-2024 Shun Sakuraba
ERmod comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
This is free software, and you can redistribute it
and/or modify it under certain conditions.
See LICENSE file for details.
Opening: "/home1/gnbr/unbr0002/ermod/ermod_GROMACS_example/solvent_run.xtc"...
Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
Starting erdst calculation with seed = 5416922558603585
Opening: "/home1/gnbr/unbr0002/ermod/ermod_GROMACS_example/solute_run_pbc.xtc"...
Trying plugin "Gromacs XTC Compressed Trajectory"...OK
gromacsplugin) Error reading timestep, unknown file format
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image PC Routine Line Source
libpthread-2.28.s 000014D91D194CF0 Unknown Unknown Unknown
libc-2.28.so 000014D91CE42E18 fclose Unknown Unknown
gromacsplugin.so 000014D91C896C41 Unknown Unknown Unknown
gromacsplugin.so 000014D91C89AAF8 Unknown Unknown Unknown
erdst 000000000044370E Unknown Unknown Unknown
erdst 0000000000432A8C Unknown Unknown Unknown
erdst 000000000041797B Unknown Unknown Unknown
erdst 00000000004140B8 Unknown Unknown Unknown
erdst 000000000041D101 Unknown Unknown Unknown
erdst 0000000000404AB4 Unknown Unknown Unknown
erdst 000000000040476D Unknown Unknown Unknown
libc-2.28.so 000014D91CDF7D85 __libc_start_main Unknown Unknown
erdst 000000000040468E Unknown Unknown Unknown
FOCUSで実行したconfig.logとrefs/、soln/を用意したのですが、ファイル添付ボタンが無い(添付の権限が無い?)です。添付方法ありますでしょうか？
よろしくお願いいたします。
MARUYAMA Yutaka
refsの中でgen_inputを実行した時にエラーメッセージ等出ていましたら
一緒にお願いいたします。
丸山
2024年4月24日(水) 17:37 Shun Sakuraba <shun.s...@gmail.com>:
MARUYAMA Yutaka
ermod...@googlegroups.comにメールで添付して送信してください。
まるやま
2024年4月24日(水) 21:14 Yusaku Inaba <kureha...@gmail.com>:
Yusaku Inaba
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