Nu aveți permisiunea de a șterge mesaje din acest grup
Copiați linkul
Raportați mesajul
Conectați-vă pentru a raporta mesajul
Afișați mesajul inițial
Adresele de e-mail sunt anonime pentru acest grup sau este necesară permisiunea de a vedea adresele de e-mail ale membrilor pentru a afișa mesajul inițial
– DendroPy Users
I have a largish newick file (~20,000 trees, 1500 tips on each tree), and it's taking a fair while to read all these trees into a TreeList. Is there any way I can output a status bar for how long this is going to take (I tend to use the python tqdm library to report this sort of thing, but even printing out to the console would be fine)?
Jeet Sukumaran
necitită,
20 oct. 2020, 15:03:4820.10.2020
Răspundeți autorului
Conectați-vă pentru a-i răspunde autorului
Redirecționați
Conectați-vă pentru a redirecționa
Șterge
Nu aveți permisiunea de a șterge mesaje din acest grup
Copiați linkul
Raportați mesajul
Conectați-vă pentru a raporta mesajul
Afișați mesajul inițial
Adresele de e-mail sunt anonime pentru acest grup sau este necesară permisiunea de a vedea adresele de e-mail ale membrilor pentru a afișa mesajul inițial
– dendrop...@googlegroups.com
Hi Yan Wong,
What I do in these cases is to use a tree iterator as opposed to a tree
collection. This returns one tree at a time, as opposed to reading all
the trees and then returning, allowing me to maintain a current count.
In cases where trees can be processed singly, it's also more memory
efficient as each tree can be discarded after being processed or
statistics collected.
Nu aveți permisiunea de a șterge mesaje din acest grup
Copiați linkul
Raportați mesajul
Conectați-vă pentru a raporta mesajul
Afișați mesajul inițial
Adresele de e-mail sunt anonime pentru acest grup sau este necesară permisiunea de a vedea adresele de e-mail ale membrilor pentru a afișa mesajul inițial
– dendrop...@googlegroups.com
Hi Yan Wong,
What I do in these cases is to use a tree iterator as opposed to a tree
collection. This returns one tree at a time, as opposed to reading all
the trees and then returning, allowing me to maintain a current count.
In cases where trees can be processed singly, it's also more memory
efficient as each tree can be discarded after being processed or
statistics collected.