ubuntu12.04（仮想マシン）上での、1.6ext 版のコンパイル

[sgy-k]

　linux初心者の杉山といいます。

 今まで専らバイナリーだけをインストールしてきました。ところが、FSI、viscoelastic の機能を
試す必要に迫られて、1.6ext 版をコンパイルしてみたのですが、うまくゆきません。

 PENGUINITISさんのブログに掲載されている、”OpenFOAM Extend Project 版のインストール(2012/11/17)”  のページを
みて、Win-XP　上に VMwareplayer で作成した仮想マシン(Ubuntu12.0.4) に、1.6ext をインストールすることを試みました。
paraView はコンパイルできた（ようにみえる）のですが、本体の Allwmake が
　make: Target 'application' not remade because of errors
で止まってしまいます。Allwmakeには数時間かかり、膨大なリストが出力されるので、
どこをチェックすればよいのかわかりません。
　既に、OF2.1.1 をインストールしてある仮想マシンでも、まっさらの場合でも同じ結果になります。
なお、仮想マシンを使っている理由は、実マシンで失敗して既存の環境を壊さないためです。

　　0.この環境（linuxとＯＦのバージョンなど）でのインストールは難しいということですか。
　　1.何かありがちな、見落とし、手順の間違いが考えられますか。
　　2.Ubuntu10.4 の仮想マシンにインストールしたほうがよいでしょうか。
　　   また、DEXCS2010(OF1.7.1)に追加インストールするという手はありますか。
　　3.1.6ext の Linux向けバイナリーは公開されていないのでしょうか。

　以上、的外れな質問をしているかも知れませんが、1.6ext を導入している方々、
よろしくお願いします。

[ohbuchi]

こんにちは。

Allwmakeの中身を確認して、一行ずつ実行し、エラー発生箇所を確認すると良いでしょう。

まずは、ThirdPartyディレクトリのAllMake.stage0〜stage4を順番に実行し、Thirdpartyライブラリが

正しくビルドできてきることを確認することをおすすめします。大抵ここに問題があります。

その後、srcディレクトリでAllwmakeを実施してエラーの有無を確認し、最後にapplicationディレクトリで

Allwmakeを実行する手順です。もしエラーが出たら、エラーの出たライブラリやアプリケーションのみを

修正してwmakeで個別にビルドします。

2012年12月1日土曜日 11時03分46秒 UTC+9 sgy-k:

[sgy-k]

ohbuchi 様

 

　折角ご返事いただいたのに、返信が遅れて申し訳ありません。

まとまった時間ができたので、再度試してみました。

教えていただいた方法は、私にはいささか敷居が高すぎると思ったので、今回はサラの

Ubuntu ではなく、既に環境が整っている、DEXCS2011 for OpenFOAM 特別版（今年６月の

オープンCAE学会講習会にて配布）をインストールしておいて、そこに追加インストールしてみました。

　結果的には、paraView は不可、openFoam-1.6-ext は起動するところまで行きました。

　但し、この環境では paraView3.12 がインストールされていますので、paraFoam とすると、

こちらが起動しました。

　コンパイルを待っている間に、次のような資料を見つけました。

　　http://www.dicat.unige.it/guerrero/of2012/3.openfoaminstallation.pdf

この中に載っている　foamInstallationTest　というスクリプトの出力中に、

下記のようなメッセージが含まれています。

gcc のバージョンが適切でなかったということでしょうか。

 

　　　　                                                                               　　杉山(sgy-k)

Third party software
-------------------------------------------------------------------------------
Software Version   Location
-------------------------------------------------------------------------------
WARNING: gcc version does not match gcc supplied with this release of OpenFOAM
         Supplied version: 4.3.3
         User version    : 4.4.3
         Minimum required: 4.3.1

gcc      4.4.3   
WARNING:  Conflicting installations:
          OpenFOAM settings        : /bin/gcc
          current path             : /usr/bin/gcc
          CRITICAL ERROR   　　　　　　　　　　　　　　　　←　 （Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｅｒｒｏｒ はこれだけ）

gzip     1.3.12    /bin/gzip                                               
tar      1.22      /bin/tar                                                
icoFoam            ...penFOAM-1.6-ext/applications/bin/linuxGccDPOpt/icoFoam
-------------------------------------------------------------------------------

 

 

 

 

 

2012年12月3日月曜日 5時33分36秒 UTC+9 ohbuchi:

[大渕真志]

こんにちは。OpenFOAM Wikiの下記ページに対応表があります。

http://openfoamwiki.net/index.php/Installation/Compatibility_Matrix#OpenFOAM_Extend_Project

ここにある通り、1.6−extではgcc4.4には問題なく対応しています。スクリプトのエラーの意味

はわかりませんが、動作するのであれば問題ないだろうと思います。pyFoamコンパイルエラー

の原因は別です。Qtライブラリからコンパイルするとビルドできる様になりますが、大変時間

がかかります。環境変数の設定でOpenFOAM1.6-extにパスを通し、ParaviewのみDEXCS版が

起動する様にすれば実用上問題ないでしょう。

2012年12月8日 16:43 sgy-k <sugi...@rccm.co.jp>:

--
このメールは Google グループのグループ「OpenFOAM」の登録者に送られています。

このディスカッションをウェブ上で閲覧するには、https://groups.google.com/d/msg/openfoam/-/rw9aegAeXq0J にアクセスしてください。

このグループに投稿するには、open...@googlegroups.com にメールを送信してください。
このグループから退会するには、openfoam+u...@googlegroups.com にメールを送信してください。
詳細については、http://groups.google.com/group/openfoam?hl=ja からこのグループにアクセスしてください。

[igarashi]

はじめまして、初心者の igarashi と申します。
私も、最近試行錯誤のうえ 1.6-extのインストールをしました。

非圧縮のサンプルを2、3試しただけで、完全かどうかは分かりませんが一応動いているようです。
参考として私のやった事と気になったことを示します。
（なお、試行錯誤の過程で環境が出来ていったのかもしれません。）

(0)環境
ubuntu 12.04 (バーチャルではありません、アップデートで最新)
　ｕｎａｍｅ -a → Linux igarashi-ThinkPad 3.2.0-34-generic-pae #53-Ubuntu SMP Thu Nov 15 11:11:12 UTC 2012 i686 i686 i386 GNU/Linux
　gcc -dumpversion → 4.6

インストール先　
~/OpenFOAM/OpenFOAM-1.6-ext/
　　（git 後に mv で openfoam-extend→OpenFOAM-1.6-ext）


（1）ソースの取得
　　git clone git://openfoam-extend.git.sourceforge.net/gitroot/openfoam-extend/openfoam-extend
　　 （ペンギンさんと同じところから）
　　mv openfoam-extend OpenFOAM-1.6-ext

　　注記：
　　wiki の Installation/Linux/OpenFOAM-1.6-ext/Ubuntu などでは下記からgitしています。
　　git clone git://openfoam-extend.git.sourceforge.net/gitroot/openfoam-extend/OpenFOAM-1.6-ext

　　詳細は分かりませんが、OpenFOAM-1.6-ext と openfoam-extend で、下記の４つのファイルでサイズが
　　異なっていました。上の3つは同等で影響は無いと思いますが、ｐａｃｋは結構違いますが理解できてません。
　　　/.git/config
　　　/.git/logs/HEAD
　　　/.git/logs/refs/heads/master
　　　/.git/objects/pack/pack-6a022dc4f223d39a5d50e2f9431ca3b2a37a2b11.pack

　　sourceforge で openfoam-extend の last commit が 2012-11-05 と比較的新しかったため、openfoam-extend
　　を使いました。ここだけが、（２）以降で参照した取説と大きく変わります。

（2）準備
　　インストールした中に下記の取説があったため、８０行くらいまで、その通りにやった。
　　/OpenFOAM-1.6-ext/doc/buildInstructions/Ubuntu/12.04/Compilation_Ubuntu_12.04_64-bit.txt

　　注記：
　　インストールした頭のディレクトリには２０１０年付けの古い情報しかなかったので、試作でドキュメントはあまり力が
　　入れられて無いと思い込んでいたが、Ubuntu 12.04用 のこんなに丁寧な説明がついていたとは・・・。
　　ｗｅｂにばかりに情報を求めていたが、灯台元暗し！

　　いろいろ試していたこともあり、 apt-get はほとんどが素通りでしたが、 １、２個インストールかバージョンUPが
　　あった。
　　Compilation_Ubuntu_12.04_32-bit.txt と言うのも入っていたので、環境によってはそちらを見てください。
　　あせらず、良く読んで、良く理解して、確認しながら丁寧にやった方が良いと思います。

（3）make
　　ここも、ほとんど取説どおりにやりました。
　　ThirdParty は ./AllMake.stage1 >& log.AllMake.stage1 とやると過程が見えないので本体と同じ様に tail
　　を使った方が良いとおもいます。
　　なお、ログには警告やエラーなどが見られますが、正常に終了したので、知らないふりをしています。

（4）動作確認
　　今のところ simpleFoam、icoFoam の簡単なモデルで動作確認をしただけです。
　　計算は問題無し。paraFoamは立ち上がりましたが問題をうまく読んでくれません(単なる設定の問題)。
　　対応として、計算後に環境を2.1.xに切替えてそちらのparaFoamで結果を見ています。
　　
　　2つもparaFoamを入れておくのはもったいないので、うまく環境を切替えて使える様にしたいと思います。
　　
以上、ご参考まで。
ベテランの方、補足や間違のご指摘お願いします。

[sgy-k]

igarashi 様どうもありがとうございます。

　実マシン（ubuntu12.04, OF2.1.1 バイナリーインストール済み）で教えていただいた

Compilation_Ubuntu_12.04_64-bit.txt　に従ってコンパイルした所、完全にクリアとは

言えないのですが、例題を実行する所まで到達しました。

　続いて、MacOSX(10.6) 上に virtualBox で、ubuntu 12.04 を新規作成して、1.6ext を

インストールした所、ほぼ実マシンと同じようにできたので、仮想かどうかは関係ないようです。

　なお、上記手順書の 110行目あたり、テストの実行の所で

  cd $FOAM_TUTORIAL/inc... で始まる行は、cd $FOAM_TUTORIALS/inc... と思われます。

paraFOAM が問題をうまく読んでくれないという問題は、こちらでも起こりました。

応急処置は、*.foam という空のファイルを作成しておくことですが、ご指摘の通り環境設定で

解決する筈です。

　確かに、先ず、openfoam-extend と OpenFOAM-1.6-ext　の違いは何か、

どちらを使うべきかで躓きました。 上級者からみれば、信じがたいようなことかも知れません。

　　杉山(sgy-k)

2012年12月9日日曜日 21時12分55秒 UTC+9 igarashi: