Olá Danilo,
Se você estiver usando uma versão atualizada, o comportamento padrão é procurar pelo slapd.conf, se esse arquivo não for encontrado, o slapindex procura o diretório slapd.d. Se você quiser forçar, por qualquer motivo, fica fácil. É só consultar a man page ou o help...
# slapindex -h
slapindex: invalid option -- h
usage: slapindex [-v] [-d debuglevel] [-f configfile] [-F configdir] [-c]
[-g] [-n databasenumber | -b suffix] [-q]
Conseguiu perceber?
# slapindex -F /etc/ldap/slapd.d ...
Divirta-se
[]s