cytoscape-discuss-j

はじめまして、mikotoです。蛋白ー蛋白相互作用のデータベースを用いて、Cytoscapeでグラフ化しようとしています。 そこでお尋ねしたいのですが、Edge lengthをEdgeごとに設定すること

詳細は多少異なりますが、基本的なアルゴリズムはここに書いてある通りです。 http://en.wikipedia.org/wiki/Force-based_algorithms_(

すっかりご無沙汰しております、管理人の大野です。 最近、ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）の方々によって、ライフサイエンスQAというサイトが立ち上がりました： http://qa.

皆様： Cytoscapeの最新版である2.7がリリースされました。 詳細は下記を御覧下さい。追って新しい機能の紹介などをさせていただきます。 Cytoscape開発チーム 大野 ----------

皆様： Cytoscape開発チームの大野です。 現在、月末のリリースを目指して、Cytoscapeの新バージョン2.7.0のテストを行っております。主な変更点としましては、 1. 階層構造の表現 (

古川さん： 初めまして。 東京大学等でも、一部の先生方がCytoscapeを授業で取り入れてくださっている様でうれしい限りです。 恐らく、Cytoscapeで解析を行うときに問題になるのは、コア以外の

返信が遅れてしまい，真に申し訳ありません． 奈良先端大の西田です． ご助言ありがとうございます． > > 1. 2.6.3上で作成しているデータのcysファイル情報をバージョン3系でも

奈良先端大の西田と申します． CytoscapeをLeft-click+dragでAdobe Readerの手のひらツールの動作， Right-click+dragでselectの動作をするように変更

返信が送れ真に申し訳ありません奈良先端大の西田です． > 後方互換性は１００％確保するつもりです。一般的なオフィスアプリケーションのように、以前のバージョンで作成されたファイルは読み込む事が出来、

UCSDの大野です。 日本でアクティブにバイオインフォマティクス関連の開発を行っている方が集まりますので、興味のある方は是非参加してみてください。 ---------- 転送メッセージ --------

Cytoscape開発チームの大野です。 来月東京にて行われるBioHackathin 2010に私も参加しますので、暫く東京に滞在します。直接ディスカッション等も可能ですので、必要な方は、是非

大野です。 今の所まだ構想でしかないのですが、いずれはSourceforgeかGoogle Code辺りで、Cytoscape Commonsと言ったサイトを作り、そこに公開されているプラグインのコード

初めまして。Cytoscape開発チームの大野です。 意外と遺伝子やタンパク質等のネットワーク以外のデータをCytoscape上で扱っている方が多い様なので、そういった分野での応用についてアイデア等あれ

先ほどは途中でメールを送ってしまい申し訳ありません。 25日に予定されていましたミーティングは都合により中止となりましたのでご了承ください。 ただし、もしご希望でしたら２５日の同じような時間帯に都内の

ただし、もしご希望でしたら２５日の同じような時間帯に都内のカフェ等で小規模なミーティング等を持つ事は可能ですので、ご希望の方は直接メール(konoアットマークucsd.edu)いただくかTwitterで

管理人の大野です。 すっかりこのリストの管理を怠っていたおかげでスパムのターゲットにされてしまいましたので、大幅な掃除を行いました。今後は、はじめの投稿だけスパムかどうかチェックするようにします。 さて

Agilent literature searchで構築したネットワークのノードattributeに、 GeneOntology（特にBiological process）をインポートしたいのですが、

奈良先端科学技術大学院大学の西田というものです。 複数のcysファイルを同一セッション内でまとめて見たいのですが可能でしょうか？ よろしくお願いいたします。

初めまして、kikugawaと申します。 Cytoscapeについて質問させてください。 以前にもあった質問 (2008/9/25) ですが、VisMapperの設定を保存することができません。

質問者です。 奈良先端大 西田先生ご返答ありがとうございます！ ・GPMLプラグインでKEGGパスウェイをインポートですが、Wiki pathwaysからインポートしました。 操作的には大野先生から教え

はじめまして。私は大腸菌の解糖系パスウェイについて研究している大学院生です。 代替パスウェイをパソコン上で表現するためにこのソフトを使おうとしています。 そこで、いくつか気になる点があるので質問させて

大野さん: ご親切な回答ありがとうございました。 これから解読しようと試みてみます。 -- Kozo Nishida koz...@is.naist.jp

皆様： ご無沙汰しております、Cytoscape開発チームの大野です。 さて、遅れていたCytoscape2.6.0の方をリリースしましたので、お知らせいたします。今回のリリースでは、主にネットワークや

すっかりご無沙汰しております、管理人の大野です。 現在、Google Summer of Code 2008の応募を受けつけております。学生の方で、夏の間何かプロジェクトに参加してみたい方は、是非御応募

皆様はじめまして。浅沼と申します（ニックネームは、dragon です）。 実は当グループに加入させて頂いたのは今年の２月頃で今更ながらなのですが自己紹介させて頂きます。 現在は、バイオ系ITベンチャー（

管理人の大野です。 銀座アップルストアでのオープンバイオ研究会の日程が正式に決まりましたので、一応転送しておきます。 複数受け取った方は申し訳ないです。 時間の都合のつく方は、ぜひご参加下さい。 懇親会

初めまして。管理人の大野です。 メーリングリストに加わって頂きありがとうございます。 チュートリアルの加筆も滞っていて申し訳ないです。 実は、まだ執筆中なのですが、Cytoscapeの使用法も載った

初めまして。大野と申します。 もしこのような感じのものをお探しならば、前バージョンでは使用できます： http://genepro.ccb.sickkids.ca/screenshots.html

Cytoscape開発チームの大野です。 遅くなりましたが、2.5をリリースしました。 こちらの方で紹介してあります： http://cytoscape.seesaa.net/article/

開発チームの大野です。 予定よりリリースが遅れていて申し訳ないですが、とりあえず最終ベータ版を出しました。 http://chianti.ucsd.edu/Cyto-2_5-beta/ バグ等は私に直接