Hola Ariel,
Como paso cero, te recomiendo leer esto:
http://es.wikipedia.org/wiki/Modelo_Vista_Controlador
La idea de MVC es separar las partes de tu aplicación según su
interés, o sea, no mezclar algo que es lógica de negocios con capa de
datos, o con presentación. La presentación es todo lo que se le
muestra al usuario, que al final termina en generación de HTML,
Javascript, hojas de estilo, imágenes, etc.
Las vistas en Yupp no son HTML, son scripts PHP que generan HTML (se
ejecutan en el servidor, y al cliente le llega el HTML que esperaba,
con todo el JS y CSS).
Acá tenés algunas aplicaciones de ejemplo, que si bien están
desactualizadas, te dan una idea general de cómo armar tu aplicación.
http://code.google.com/p/yupp-apps/
También hay un par de videos donde muestro como se crea una
aplicación:
http://www.livestream.com/yuppphpframework
Sobre las tags <? ?> en la vista, así es como funciona PHP, no hay
mucho que hacer. Igualmente, como programes depende solo de vos, podés
hacer todo con código PHP, tipo:
<?php
echo '<html><body>';
echo $persona->getNombre();
echo '</body></html>;
?>
Pero esto es mucho más legible y mantenible:
<html>
<body>
<?php echo $persona->getNombre(); ?>
</body>
</html>
saludos,
Pablo.