Hola Damián,
Te comento que la administración de Windows Server 2008 en modo Server Core no es algo por lo cuál deberías alarmarte, lo esencial es adentrarte en las funciones que podrías realizar y los comandos apropiados para llevar a cabo dichas acciones.
Paso a contarte que en el blog de Xnortech http://xnortech.blogspot.com estaremos publicando un articulo sobre este tema con más detalles, pero ya que iniciaste el tema te pasaré a contar algunos de ellos como para que puedas ir poniéndolos en marcha.
Estos son algunos de los comandos más básicos para administrar una nueva instancia de servidor Windows Server 2008 Server Core, y te recomiendo que te le des un vistazo al siguiente link, donde explican en detalle los comandos referentes a la creación de un Active Directory y sus niveles funcionales.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc732887.aspx
Espero te sea de utilidad, saludos.
XnorTech – Leandro Latorre