More OTU counts than number of starting/merged reads in a sample

[Love Singh]

Hi,

Is it normal to have a higher number of read counts in a sample where initially the raw reads were much lower – for example in one of the samples the total number of read counts come up as 1,500,000 but the number of reads in the merged fastq file show as ~200,000.

Below here are vsearch commands used after primmer trimming, filtering of low quality and length filtering and merging samples:

./vsearch -derep_fulllength fastq_filter_filtered.fa -output derep.fasta -sizeout --minuniquesize 2 --notrunclabels --log log/derep_fulllength.log
 
./vsearch --uchime_denovo derep.fasta --chimeras chimeras.fasta --nonchimeras non_chimeras.fasta --log log/chimera.log
 
./vsearch --cluster_size non_chimeras.fasta --id 0.99 --sizein --uc all.clusterd.uc --relabel OTU_ --centroids otus.fa --otutabout all.otutab.txt --log log/cluster_size.log
Or
./vsearch -usearch_global non_chimeras.fasta -db otus.fa -strand plus -id 0.99 -uc test.all.clusterd.uc --otutabout all.otutab.txt

A snippet of .uc file below:

H       1       377     100.0   +       0       0       =       11B.100479;size=155080        OTU_2
H       12      378     99.7    +       0       0       378M    10B.34;size=194528        OTU_13
H       0       378     100.0   +       0       0       =       10B.2;size=477709        OTU_1
H       2       378     100.0   +       0       0       =       11B.100424;size=60847        OTU_3
H       379     378     99.5    +       0       0       85M2D291M        11B.100550;size=51372   OTU_380
H       0       378     99.7    +       0       0       378M    10B.19;size=86736        OTU_1
H       0       377     100.0   +       0       0       I377M   10B.155;size=24716        OTU_1
H       2437    378     99.2    +       0       0       261M3D114M      10B.1;size=77516        OTU_2438
H       39      378     99.7    +       0       0       378M    10B.4954;size=20665        OTU_40
H       70      378     99.7    +       0       0       378M    11B.101186;size=17240        OTU_71
H       3034    378     99.5    +       0       0       378M    11B.100453;size=18128        OTU_3035
H       3       379     100.0   +       0       0       =       Mo1-B.2805042;size=13045        OTU_4
H       3034    378     99.7    +       0       0       378M    11B.100944;size=21620        OTU_3035
H       1366    378     99.5    +       0       0       56M2D320M        10B.1876;size=15308     OTU_1367
H       1       376     100.0   +       0       0       I376M   11B.147553;size=10823        OTU_2
H       4       376     100.0   +       0       0       =       21B.1696614;size=10735        OTU_5
H       6       379     100.0   +       0       0       =       10B.122;size=8673        OTU_7
H       5       377     100.0   +       0       0       =       Mo1-B.2805101;size=8937        OTU_6
H       7       377     100.0   +       0       0       =       Mo1-B.2805055;size=7573        OTU_8
H       12      377     99.7    +       0       0       I377M   10B.132;size=10329        OTU_13
N       *       *       *       .       *       *       *       11B.100797;size=9393        *
H       39      378     99.5    +       0       0       378M    11B.101991;size=7131        OTU_40
N       *       *       *       .       *       *       *       11B.100554;size=8073        *
H       8       378     100.0   +       0       0       =       10B.171;size=5889        OTU_9
H       0       378     99.7    +       0       0       378M    10B.2613;size=5719        OTU_1
H       0       378     99.7    +       0       0       378M    10B.2234;size=5437        OTU_1
H       9       378     100.0   +       0       0       =       10B.111;size=5398        OTU_10
N       *       *       *       .       *       *       *       11B.100730;size=5648        *
H       9       378     99.7    +       0       0       378M    10B.6169;size=4949        OTU_10
H       0       377     99.7    +       0       0       I377M   10B.393;size=4736        OTU_1
H       0       378     99.7    +       0       0       378M    10B.900;size=4310        OTU_1
H       2437    377     99.2    +       0       0       I260M3D114M        10B.605;size=4092       OTU_2438

Your expert advice would be much appreciated.

Kind regards