Hola bienvenido...
Bueno, si dices que no tienes problemas para tomar los datos de cada XML, agregar el dato del Municipio y regenerar el sello entonces no entiendo por que tu duda es:
como modificar, anexar, reemplazar el sello.Creo que no estas haciendo bien tu pregunta o no entiendo como dices que no tienes problemas pero si, =)... yo creo que más vas a esto...
En principio debo decirte que si el comprobante X está mal hecho y ya se lo diste a al cliente y este ya lo utilizo en sus declaraciones, tu (el emisor) ya utilizaste ese comprobante para tus declaraciones y ahora después de un tiempo te das cuenta de que está mal hecho, no puedes sólo entrar y 'arreglarlo', recuerda que los comprobantes no se deben de modificar, si aun no se lo diste al cliente y sólo tu lo tienes en tu computadora y estas 1000% seguro de que nadie más lo tiene, pudiera ser válido el 'arreglarlo' pero si no, cómo le vas a hacer para que tu cliente no reporte el folio del comprobante X hecho de una forma (mal) y que tu tengas otro comprobante X2 hecho de otra forma, cómo le vas a explicar al SAT que los cambiaste por una el motivo que explicas y cómo le vas a hacer para que no piense el SAT que estas 'falsificando' tus propios comprobantes o emitiendo folios duplicados o triplicados, vamos, eso aun que lo puedas hacer, no lo debes hacer.
Que es lo que si puedes hacer, tomas el comprobante X con su folio, lo cancelas, tomas su información, generas un XML nuevo (Y) con su correspondiente folio 'siguiente que sigue', le agregas el municipio y lo sellas; eso dices que si lo puedes hacer, si no pues fácilmente puedes adaptar un proceso con la clase del foro para hacer esto de todos los comprobantes que tengas en una carpeta y generar su correspondiente copia consecutiva... bueno esta es la parte técnica.
El problema que veo es la parte contable, fliscal, operativa, etc, etc... tendrás que reemplazar los comprobantes de cada cliente con su correspondiente equivalente bien hecho pero además tienes que indicarles que el comprobante X que tiene tu lo vas a cancelar y si ya hizo su declaración tendrá que hacer sus ajustes contables necesarios, vamos, no soy contador pero por lógica se me hace que esa es la chamba más gruesa... te recomendaría hacer un documento junto con cada comprobante donde el cliente te firme de que acepta el cambio del comprobante X por el Y y que esta de acuerdo en no utilizar el que se hizo mal, por cualquier cosa.
Como siempre, salvo la mejor opinión del foro.
Saludos.
Arturo Ramos
www.ircsasoftware.com.mxCancún, México