[VBMEG-users:00153] .eeg.mat出力の際のエラーについて

[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山と申します。
今回初めて利用をさせて頂きます。

私はいま、biosemi社製の脳波計で計測したEEGデータ（.bdf）の皮質電流推定を行おうと考えております。
そこでまずは[VBMEG-users:00014]に記載されている方法で、
EEGデータをトライアル毎に切り出した.eeg.matファイルを作成しようとしました。

しかし、
[eeg, ch_info] = vb_load_meg_data(org_file, loadspec, './trial.eeg.mat');
における引数 org_file
に.bdfファイルのパスを直接与えたところ（例えば、org_file = 'session1.bdf';
などとしたところ）、
「有効な MAT ファイルとして session1.bdf
を開けません。」といったエラーが発生しました。

これは org_file は.matファイルを入力として受け付けるものだと判断し、次に
EEG = pop_biosig('session1');
save('org_file.mat', 'EEG');
のように一度.bdfファイルを読み込んでから、それを.matファイルとして出力し、
org_file = 'org_file.mat'; として実行を試みました。

しかしやはり次のようなエラーが発生しました。

=================================
関数または変数 'MEGinfo' が未定義です。

エラー: vb_load_device (line 51)
Device = inner_get_device_meg(MEGinfo);

エラー: vb_load_meg_data (line 140)
[measurement, device] = vb_load_device(megfile);

エラー: vbmeg_createEEGmat (line 59)
[eeg, ch_info] = vb_load_meg_data( 'org_file.mat', loadspec,
'./trial.eeg.mat' );
=================================

こちらのエラーに関しましては、
vb_load_device.m 内にて、変数 Measurement の値が empty であり、
その後の処理をMEGデータとして行なっているために発生しているものと思われます。

以上の内容につきまして、関数 vb_load_meg_data における引数 org_file
の与え方に誤りがあるのでしょうか。
または、エラーの対処法等がありましたら、ご教示いただけたら幸いです。

突然のご連絡で大変恐縮ですが、何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
e-mail：sugi...@nsc.cs.tut.ac.jp
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[Ryosuke Hayashi]

杉山様

お問い合わせありがとうございます。

> そこでまずは[VBMEG-users:00014]に記載されている方法で、
> EEGデータをトライアル毎に切り出した.eeg.matファイルを作成しようとしました。

> [eeg, ch_info] = vb_load_meg_data(org_file, loadspec, './trial.eeg.mat');

> における引数 org_file
> に.bdfファイルのパスを直接与えたところ（例えば、org_file = 'session1.bdf';
> などとしたところ）、
> 「有効な MAT ファイルとして session1.bdf
> を開けません。」といったエラーが発生しました。

BiosemiのファイルをVBMEGで利用するためには、EEG-MAT(.eeg.mat)の形式になっている
必要があります。そのためには、vb_load_meg_dataではなく、
vb_job_meg.mを使い、BDF→EEG-MATへの変換を行います。

変換方法ですが、バッチで行う場合は、
VBMEG/functions/template/vb_set_meg_parm_biosemi.mを修正していただき、
==
line47～
meg_parm.measurement_file = '/path/session1.bdf';
meg_parm.pos_file = '/path/position.pos.mat';
meg_parm.output_file = 'session1.eeg.mat';
meg_parm.bin_data_dir = '';
===
proj_root = '/path/output'
parm = vb_set_meg_parm_biosemi;
vb_job_meg(proj_root, parm);
を実行して下さい。
※パスはご自身の環境に合わせて適当なものに変更して下さい。
　出力先のディレクトリは予め作成をお願い致します。
この例では、/path/output/session1.eeg.matが作成されます。

GUIでも行えます。
http://vbmeg.atr.jp/docs/manual/manual_e.html#toc18

出来上がった、EEG-MATのデータをロードするための関数が、
vb_load_meg_dataです。vb_load_meg_data(EEG-MAT)の形式で使用します。
ご不明な点がありましたら、またご連絡下さい。

以上、よろしくお願い致します。

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ATR脳情報解析研究所 計算脳イメージング研究室
Ryosuke Hayashi(mailto:rhay...@atr.jp)
TEL:0774-95-1217(直通) 内線:1217

[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山です。

ご多忙のところ、素早いご回答をいただき心から感謝致します。

ご教示いただいた方法を試し、
下記における position.pos.mat をMEGデータでのチュートリアルで用いた
marker1.pos.mat のファイルとしたところ、
nameフィールドが存在しない旨のエラーが発生しました。

このことからMEGでの.pos.matファイルとEEGでの.pos.matファイルでは、
フォーマットが異なるのだと判断を致しました。

そこで、[VBMEG-users:00151]に記載されているような方法で位置あわせソフトを使用し、
.pos.matファイルを出力することを考えました。

出力方法に関しましては doc/EEG_positioning_manual_fastscan2_0.doc
を参考にし、
「4-5. ラベルファイルを指定する」まで進めたのですが、
「4-6. Stylusマーカーの位置を確認する」で Comfirm dataボタンを押下すると、
「label file is
invalid.」とのエラーダイアログが表示されてしまい、その後の処理（Stylus位置確認画面の表示）が行われませんでした。

EEGラベルファイルについては、[VBMEG-users:00152]に記載されているように、
Fp1
Fpz
Fp2
...
Oz
O2
Iz
の64行から成っており、こちらのファイルに問題はないように見受けられます。

なお、[VBMEG-users:00152]に記載されている「ご用意いただくもの」内の 1.
MRI構造画像 につきましては、
チュートリアルで使用した 3D.hdr を使用しております。
また「4-4. Stylusファイル、VRMLファイルを指定する」につきましては、
「ご用意いただくもの」内の 3. 特徴点およびEEG電極位置座標を収めたファイル のみを指定しており、
VRMLファイルは指定しておりません。

こちらのエラーについての対処法、もしくは出力の過程に誤り等ございましたら、
ご教示いただけたら幸いです。

ご多忙のところご迷惑をお掛けし、誠に恐縮ですが、何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
e-mail：sugi...@nsc.cs.tut.ac.jp
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[Ryosuke Hayashi]

杉山様

再度のご質問ありがとうございます。

> 下記における position.pos.mat をMEGデータでのチュートリアルで用いた
> marker1.pos.mat のファイルとしたところ、
> nameフィールドが存在しない旨のエラーが発生しました。
> このことからMEGでの.pos.matファイルとEEGでの.pos.matファイルでは、
> フォーマットが異なるのだと判断を致しました。

はい、その通りです。MEGでのPOS-MATとEEGでのPOS-MATはフォーマットが異なります。
label file is invalidのエラーダイアログは、単純にラベルファイルが
読み込めていない時に発生するエラーです。

一度、MATLAB上で、作成したラベルファイル名を引数として、
[name_list, type_list] = textread('labelfile.txt', '%s%s');
としてラベルファイルを読み込んでみていただけないでしょうか。
このコードでエラーが出るようでしたら、ラベルファイルに問題があるように思います。

> 「ご用意いただくもの」内の 3. 特徴点およびEEG電極位置座標を収めたファイル のみを指定しており、
> VRMLファイルは指定しておりません。

はい、VRMLファイルを指定しない場合は、特徴点３点（LPA,RPA,Nasion)のみ
を使用した位置合わせとなり、エラーにはなりません。

以上、よろしくお願いいたします。

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ATR脳情報解析研究所 計算脳イメージング研究室
Ryosuke Hayashi(mailto:rhay...@atr.jp)
TEL:0774-95-1217(直通) 内線:1217

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[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山です。

エラーについてご回答いただきありがとうございます。
早速MATLAB上で、ご教示いただいたコードにてEEGラベルファイルを読み込んだところ、
name_listにはチャネル名、type_listには63個の改行が読み込まれました。

なお、EEGラベルファイルの文字コードはShift-JISにて作成しております。
この場合、EEGラベルファイルについては問題ないとみるべきでしょうか。

恐縮ながら、何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
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杉山　健太
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[Ryosuke Hayashi]

杉山様

> この場合、EEGラベルファイルについては問題ないとみるべきでしょうか。
はい、問題なさそうです。
お手数ですが、
which('make_digitizer_file_eeg.m')
で表示されるファイルを編集し、
43行目と52行目、55行目のtry catch end　をコメントアウトして、
実行し、エラーがどこで発生しているのか確認してみて下さい。

その際、label_fileの中身やname_list, type_listといった変数の内容も
ご確認いただければより原因が詳細に特定できるかと思います。
よろしくお願いいたします。

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ATR脳情報解析研究所 計算脳イメージング研究室
Ryosuke Hayashi(mailto:rhay...@atr.jp)
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[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山です。

この度はご返信が遅くなり、大変申し訳ありません。
ご教示いただいたファイル（make_digitizer_file_eeg.m）で確認を行ったところ、
46行目のfor文にて64チャネル分ループを行っておりますが、
48行目の label_k.type = type_list{k}; で type_list{64}
にアクセスをしてしまうことで生じているエラーであることがわかりました。
（type_list は改行が63行分入っています）

そこで、EEGラベルファイルの64行目のIzの後ろに改行を付け足すことで、
一応はエラーを回避することができ、.pos.matファイルを作成することができました。

ここで、2点質問をさせていただいてもよろしいでしょうか。

(1) 上記のようなエラーの回避方法で問題はありませんでしょうか。

(2)
出力された.pos.matファイルを用いてBDF→EEG-MAT変換を行い、そのファイルを使ってエポック毎に切り出す処理を行った.eeg.matファイルを作成しました。
この.eeg.matファイルを用いて引き続きリードフィールドを計算していくことになりますが、
バッチ処理によって生成したエポック毎に切り出された.eeg.matファイルを読み込むにはどうしたらよいでしょうか。
（そのままリードフィールドの計算に進み、Leadfield parameters
に当該の.eeg.matファイルを読み込ませてExecしたところ、
　vb_job_leadfield_meg_sphere.m にて Qpick
のサイズが0であることによるインデックス範囲外アクセスのエラーが発生したため
、この方法は誤りであると判断致しました）

何度もご質問をさせていただき、ご多忙のところ大変恐縮ではありますが、
何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
e-mail：sugi...@nsc.cs.tut.ac.jp
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[Ryosuke Hayashi]

杉山様

調査ありがとうございます。

> (1) 上記のようなエラーの回避方法で問題はありませんでしょうか。
はい。問題ありません。

> (2)
> 出力された.pos.matファイルを用いてBDF→EEG-MAT変換を行い、そのファイルを使ってエポック毎に切り出す処理を行った.eeg.matファイルを作成しました。
> この.eeg.matファイルを用いて引き続きリードフィールドを計算していくことになりますが、
> バッチ処理によって生成したエポック毎に切り出された.eeg.matファイルを読み込むにはどうしたらよいでしょうか。
> （そのままリードフィールドの計算に進み、Leadfield parameters
> に当該の.eeg.matファイルを読み込ませてExecしたところ、
> 　vb_job_leadfield_meg_sphere.m にて Qpick
> のサイズが0であることによるインデックス範囲外アクセスのエラーが発生したため
> 、この方法は誤りであると判断致しました）

エラーの原因は、リードフィールドの計算方法の指定が、MEG用のものになっているからだと思います。
GUIから実行している場合は、
http://vbmeg.atr.jp/docs/manual/manual_e.html#toc22
Calculation methodにBASIS_EEG_SPHEREもしくは、BASIS_EEG_BEMを指定して下さい。
BASIS_EEG_BEMを使用するには、頭部3層モデル(CSF, Skull, Scalp)が必要になります。

バッチの場合は、
$VBMEG/functions/template/vb_set_basis_parm.m
basis_parm.bem_mode = const.BASIS_EEG_SPHERE もしくは
basis_parm.bem_mode = const.BASIS_EEG_BEM
になります。

よろしくお願いいたします。

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ATR脳情報解析研究所 計算脳イメージング研究室
Ryosuke Hayashi(mailto:rhay...@atr.jp)
TEL:0774-95-1217(直通) 内線:1217

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[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　前期博士課程2年の杉山です。

下記エラー等についてのご回答ありがとうございました。
ご教示いただいた方法により、リードフィールドの計算を行うことができ、
推定電流を表示するところまで実行することができました。

非常に丁寧なご回答をいただき、誠に感謝致します。
この度の質問で、ご担当者様、関係者様に大変なご迷惑をお掛けしていまい、
申し訳ありません。
お時間をお取りいただき、ありがとうございました。

解析を行っていくうえでまたお伺いすることがあるかもしれませんが、
今後ともどうぞよろしくお願い致します。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
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