[VBMEG-users:00109] ERS/ERD analysis
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akamatsu kouichirou
Aug 7, 2012, 3:18:52 AM8/7/12
to vbmeg...@lists.sourceforge.jp
Dear
VBMEG-Users
佐古様
京都大学工学研究科の赤松です.
連続で申し訳ございません.
私のEEG解析では, ERPだけでなく, ERS/ERD(事象関連同期・脱同期)も行っているのですが,
ERS/ERDに対してもVBMEGを利用することはできるのでしょうか.
不可ということでしたら, どのような点を考慮し改変すれば応用できるのでしょうか.
よろしくお願い致します.
********************************************
京都大学大学院 工学研究科 電気工学専攻
生体機能工学分野 小林研究室 修士課程1学年
赤松功一郎
E-mail: akamatsu.k...@st.kyoto-u.ac.jp
********************************************
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差出人: vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp [vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp] が akamatsu kouichirou [akamatsu.k...@st.kyoto-u.ac.jp] の代理で送信しました
送信日時: 2012年8月7日 10:29
宛先: vbmeg...@lists.sourceforge.jp
件名: [VBMEG-users:00102] Re: EEGデータの解析に関しまして
Dear
VBMEG-Users
佐古様
京都大学工学研究科の赤松です.
素早く対応していただき, ありがとうございます.
非常に丁寧に説明していただき, 問題が解決いたしました.
私自身のマニュアルの確認不足の点もあったようで, 申し訳ございませんでした.
今後もVBMEGを利用したいと考えておりますので,
質問を投稿することもあるかと思いまが, 今後ともよろしくお願い致します.
________________________________________
差出人: vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp [vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp] が SAKO Takao [sa...@atr.jp] の代理で送信しました
送信日時: 2012年8月6日 14:19
宛先: vbmeg...@lists.sourceforge.jp
件名: [VBMEG-users:00096] Re: EEGデータの解析に関しまして
赤松様
VBMEGサポートの佐古です。
ご質問ありがとうございます。
> (1)
>
> 私のEEGデータを用いますと, サンプルデータの解析で得られたはずのデータが
> 取得されていませんでした.
>
> 具体的に申し上げますと, EEGimportにおける.eeg.matやleadfieldの計算から
> 得られる.basis.matです.
> MEGimportにおいては, pick, QpickなどのMatrixが得られているようですが,
> EEGimportでは得られていませんでした.
当方に誤解がありましたらご指摘ください。
まず、ユーザーズマニュアルに従い、サンプルデータを用いてMEGの
電流源推定処理をされ、次にお持ちのEEGデータで同様に処理を進め
たところ、生成された.matファイルのフォーマットが異なるという
現象であると理解いたしました。
MEGデータをインポートして作成される.meg.matと、EEGデータをイ
ンポートして作成される.eeg.matファイルとは、フォーマットが異
なります。
例えば、.meg.mat内のpick、Qpickはセンサ(コイル)座標情報ですが、
.eeg.matでこれに相当するセンサ座標情報は、EEGinfo.Coordになり
ます。
様式が統一されていず、混乱させてしまい、申し訳ございません。
.meg(eeg).matファイルフォーマットの詳細につきましては、インス
トールディレクトリ($VBMEG)以下の、次の資料をご参照ください。
(MEG/EEG標準フォーマット)
($VBMEG)/functions/doc/Standard-format-MEG_EEG_1_0_1_en.pdf
以下からダウンロード可能です。
http://vbmeg.atr.jp/docs/manual/Standard-format-MEG_EEG_1_0_1_en.pdf
> (2)
> vb_load_meg_data関数を用いますと, .eeg.matファイルが取得され,
> eeg_data([channel*sample*trials])を含有していますが, これをleadfield
> の計算における.eeg.matの入力として用いるという認識で間違いはない
> でしょうか.
.eeg.matファイルに含まれるeeg_dataが収録したデータになります。
単位は[V]です。
> (3)
> 私の認識では, vb_load_meg_data関数を用いて得られるeeg_dataはフィルター
> などをかける前のraw dataをトリガにしたがって切り出したデータだと考えて
> いるのですが, いかがでしょうか.
ご理解の通りです。
vb_load_meg_data は機械的に切り出すのが仕事で、内部でフィルタ
処理等の加工はしておりません。
> その点に関しまして, 脳波計測から得られるbdfファイルではなく, われわれの
> 研究室で用いられている解析プログラムから得られるデータ(トリガを中心に
> トライアルごとに切り出し、フィルターをかけたデータ([channel*sample*trials]))
> を用いることは可能でしょうか.
可能ですが、EEGinfo構造体に保持されるヘッダ情報とデータとの
整合が取れていないと正しく処理できませんので、次のことに留意
してお試しください。
(1) eeg_dataパラメータにご使用になりたいデータを設定する
(2) データに合わせて、EEGinfoデータを設定する
電流源推定に必要なEEGinfoの最小セットについては、上記の
「MEG/EEG標準フォーマット」の「3.1.2.1.EEGinfo」をご参照
ください。
佐古
(2012/08/05 16:46), akamatsu kouichirou wrote:
> VBMEG-Users
> ご担当者様
>
>
> 京都大学工学研究科の赤松と申します．
>
> 今回初めて利用させていただきます. よろしくお願い致します.
>
>
>
> 私は現在, EEGを用いた脳波解析を行っています.
> そこで, VBMEGによる電流源推定を検討しています．
>
> 現在, サンプルデータによる追解析を行い, 正常に動作することを確認致しました.
>
>
> しかし, 私のEEGデータを利用する際に、エラーが発生しましたので、疑問点を含め3点質問させていただきたく, 本メールをお送りしております.
>
>
> (1)
>
> 私のEEGデータを用いますと, サンプルデータの解析で得られたはずのデータが取得されていませんでした.
>
> 具体的に申し上げますと, EEGimportにおける.eeg.matやleadfieldの計算から得られる.basis.matです.
> MEGimportにおいては, pick, QpickなどのMatrixが得られているようですが, EEGimportでは得られていませんでした.
>
> なお、
> 以前の投稿(No.00014)を参考にしてbdfファイルを.eeg.matファイルに変換しています.
> fMRI実験は行っていませんが, テストとしてサンプルデータを用いています.
>
> (2)
> vb_load_meg_data関数を用いますと, .eeg.matファイルが取得され, eeg_data([channel*sample*trials])を含有していますが, これをleadfieldの計算における.eeg.matの入力として用いるという認識で間違いはないでしょうか.
>
> (3)
> 私の認識では, vb_load_meg_data関数を用いて得られるeeg_dataはフィルターなどをかける前のraw dataをトリガにしたがって切り出したデータだと考えているのですが, いかがでしょうか.
> その点に関しまして, 脳波計測から得られるbdfファイルではなく, われわれの研究室で用いられている解析プログラムから得られるデータ(トリガを中心にトライアルごとに切り出し、フィルターをかけたデータ([channel*sample*trials]))を用いることは可能でしょうか.
> もちろん, dataの名前は変更する必要があるかと思いますが.
> (MEGにおいては, raw data ではなく解析を行ったRMSデータなどを用いることは可能でしょうか、という問いと同義になるかと思います. )
>
>
> 以上, 私自身で調査すべき点も多いかと思いますが, なにとぞよろしくお願い致します.
>
> ********************************************
> 京都大学大学院 工学研究科 電気工学専攻
> 生体機能工学分野 小林研究室 修士課程1学年
> 赤松功一郎
> E-mail: akamatsu.k...@st.kyoto-u.ac.jp<mailto:E-mail%3Akoi...@gmail.com>
> TEL: 090-6554-1561
> ********************************************
>
> _________________________________________________________
> VBMEG users mailing list
> vbmeg...@lists.sourceforge.jp
> Options:
> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/vbmeg-users
> Archives:
> http://groups.google.com/group/vbmeg-users
>
--
佐 古 望 央 (Sako Takao) sa...@atr.jp
tel. 0774-95-2563 (ext.2563)
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Archives:
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VBMEG-Users
佐古様
京都大学工学研究科の赤松です.
連続で申し訳ございません.
私のEEG解析では, ERPだけでなく, ERS/ERD(事象関連同期・脱同期)も行っているのですが,
ERS/ERDに対してもVBMEGを利用することはできるのでしょうか.
不可ということでしたら, どのような点を考慮し改変すれば応用できるのでしょうか.
よろしくお願い致します.
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生体機能工学分野 小林研究室 修士課程1学年
赤松功一郎
E-mail: akamatsu.k...@st.kyoto-u.ac.jp
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宛先: vbmeg...@lists.sourceforge.jp
件名: [VBMEG-users:00102] Re: EEGデータの解析に関しまして
Dear
VBMEG-Users
佐古様
京都大学工学研究科の赤松です.
素早く対応していただき, ありがとうございます.
非常に丁寧に説明していただき, 問題が解決いたしました.
私自身のマニュアルの確認不足の点もあったようで, 申し訳ございませんでした.
今後もVBMEGを利用したいと考えておりますので,
質問を投稿することもあるかと思いまが, 今後ともよろしくお願い致します.
________________________________________
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送信日時: 2012年8月6日 14:19
宛先: vbmeg...@lists.sourceforge.jp
件名: [VBMEG-users:00096] Re: EEGデータの解析に関しまして
赤松様
VBMEGサポートの佐古です。
ご質問ありがとうございます。
> (1)
>
> 私のEEGデータを用いますと, サンプルデータの解析で得られたはずのデータが
> 取得されていませんでした.
>
> 具体的に申し上げますと, EEGimportにおける.eeg.matやleadfieldの計算から
> 得られる.basis.matです.
> MEGimportにおいては, pick, QpickなどのMatrixが得られているようですが,
> EEGimportでは得られていませんでした.
当方に誤解がありましたらご指摘ください。
まず、ユーザーズマニュアルに従い、サンプルデータを用いてMEGの
電流源推定処理をされ、次にお持ちのEEGデータで同様に処理を進め
たところ、生成された.matファイルのフォーマットが異なるという
現象であると理解いたしました。
MEGデータをインポートして作成される.meg.matと、EEGデータをイ
ンポートして作成される.eeg.matファイルとは、フォーマットが異
なります。
例えば、.meg.mat内のpick、Qpickはセンサ(コイル)座標情報ですが、
.eeg.matでこれに相当するセンサ座標情報は、EEGinfo.Coordになり
ます。
様式が統一されていず、混乱させてしまい、申し訳ございません。
.meg(eeg).matファイルフォーマットの詳細につきましては、インス
トールディレクトリ($VBMEG)以下の、次の資料をご参照ください。
(MEG/EEG標準フォーマット)
($VBMEG)/functions/doc/Standard-format-MEG_EEG_1_0_1_en.pdf
以下からダウンロード可能です。
http://vbmeg.atr.jp/docs/manual/Standard-format-MEG_EEG_1_0_1_en.pdf
> (2)
> vb_load_meg_data関数を用いますと, .eeg.matファイルが取得され,
> eeg_data([channel*sample*trials])を含有していますが, これをleadfield
> の計算における.eeg.matの入力として用いるという認識で間違いはない
> でしょうか.
.eeg.matファイルに含まれるeeg_dataが収録したデータになります。
単位は[V]です。
> (3)
> 私の認識では, vb_load_meg_data関数を用いて得られるeeg_dataはフィルター
> などをかける前のraw dataをトリガにしたがって切り出したデータだと考えて
> いるのですが, いかがでしょうか.
ご理解の通りです。
vb_load_meg_data は機械的に切り出すのが仕事で、内部でフィルタ
処理等の加工はしておりません。
> その点に関しまして, 脳波計測から得られるbdfファイルではなく, われわれの
> 研究室で用いられている解析プログラムから得られるデータ(トリガを中心に
> トライアルごとに切り出し、フィルターをかけたデータ([channel*sample*trials]))
> を用いることは可能でしょうか.
可能ですが、EEGinfo構造体に保持されるヘッダ情報とデータとの
整合が取れていないと正しく処理できませんので、次のことに留意
してお試しください。
(1) eeg_dataパラメータにご使用になりたいデータを設定する
(2) データに合わせて、EEGinfoデータを設定する
電流源推定に必要なEEGinfoの最小セットについては、上記の
「MEG/EEG標準フォーマット」の「3.1.2.1.EEGinfo」をご参照
ください。
佐古
(2012/08/05 16:46), akamatsu kouichirou wrote:
> VBMEG-Users
> ご担当者様
>
>
> 京都大学工学研究科の赤松と申します．
>
> 今回初めて利用させていただきます. よろしくお願い致します.
>
>
>
> 私は現在, EEGを用いた脳波解析を行っています.
> そこで, VBMEGによる電流源推定を検討しています．
>
> 現在, サンプルデータによる追解析を行い, 正常に動作することを確認致しました.
>
>
> しかし, 私のEEGデータを利用する際に、エラーが発生しましたので、疑問点を含め3点質問させていただきたく, 本メールをお送りしております.
>
>
> (1)
>
> 私のEEGデータを用いますと, サンプルデータの解析で得られたはずのデータが取得されていませんでした.
>
> 具体的に申し上げますと, EEGimportにおける.eeg.matやleadfieldの計算から得られる.basis.matです.
> MEGimportにおいては, pick, QpickなどのMatrixが得られているようですが, EEGimportでは得られていませんでした.
>
> なお、
> 以前の投稿(No.00014)を参考にしてbdfファイルを.eeg.matファイルに変換しています.
> fMRI実験は行っていませんが, テストとしてサンプルデータを用いています.
>
> (2)
> vb_load_meg_data関数を用いますと, .eeg.matファイルが取得され, eeg_data([channel*sample*trials])を含有していますが, これをleadfieldの計算における.eeg.matの入力として用いるという認識で間違いはないでしょうか.
>
> (3)
> 私の認識では, vb_load_meg_data関数を用いて得られるeeg_dataはフィルターなどをかける前のraw dataをトリガにしたがって切り出したデータだと考えているのですが, いかがでしょうか.
> その点に関しまして, 脳波計測から得られるbdfファイルではなく, われわれの研究室で用いられている解析プログラムから得られるデータ(トリガを中心にトライアルごとに切り出し、フィルターをかけたデータ([channel*sample*trials]))を用いることは可能でしょうか.
> もちろん, dataの名前は変更する必要があるかと思いますが.
> (MEGにおいては, raw data ではなく解析を行ったRMSデータなどを用いることは可能でしょうか、という問いと同義になるかと思います. )
>
>
> 以上, 私自身で調査すべき点も多いかと思いますが, なにとぞよろしくお願い致します.
>
> ********************************************
> 京都大学大学院 工学研究科 電気工学専攻
> 生体機能工学分野 小林研究室 修士課程1学年
> 赤松功一郎
> E-mail: akamatsu.k...@st.kyoto-u.ac.jp<mailto:E-mail%3Akoi...@gmail.com>
> TEL: 090-6554-1561
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> VBMEG users mailing list
> vbmeg...@lists.sourceforge.jp
> Options:
> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/vbmeg-users
> Archives:
> http://groups.google.com/group/vbmeg-users
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佐 古 望 央 (Sako Takao) sa...@atr.jp
tel. 0774-95-2563 (ext.2563)
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VBMEG users mailing list
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http://groups.google.com/group/vbmeg-users
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VBMEG users mailing list
vbmeg...@lists.sourceforge.jp
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Archives:
http://groups.google.com/group/vbmeg-users
taku-y
Aug 7, 2012, 4:54:49 AM8/7/12
to vbmeg...@lists.sourceforge.jp
赤松様
ATR脳解析研究所の吉岡と申します。
> 私のEEG解析では, ERPだけでなく, ERS/ERD(事象関連同期・脱同期)も行っているのですが,
> ERS/ERDに対してもVBMEGを利用することはできるのでしょうか.
はい、可能です。VBMEGで（加算平均でなく）トライアルデータに対して電流源推定を行い、ERS/ERDを計算するという流れになります。例として以下の文献をご参照下さい。
Callan D, Callan A, Gamez M, Sato MA, Kawato M. Premotor cortex mediates
perceptual performance. Neuroimage. 2010 Jun;51(2):844-58. Epub 2010 Feb 22.
PubMed PMID: 20184959.
ERD/ERSの計算を行うためにはMATLABスクリプトを書く必要があります。その方法は将来マニュアルに追記する予定です。
よろしくお願い致します。
---
Taku Yoshioka
tak...@atr.jp
ATR脳解析研究所の吉岡と申します。
> 私のEEG解析では, ERPだけでなく, ERS/ERD(事象関連同期・脱同期)も行っているのですが,
> ERS/ERDに対してもVBMEGを利用することはできるのでしょうか.
Callan D, Callan A, Gamez M, Sato MA, Kawato M. Premotor cortex mediates
perceptual performance. Neuroimage. 2010 Jun;51(2):844-58. Epub 2010 Feb 22.
PubMed PMID: 20184959.
ERD/ERSの計算を行うためにはMATLABスクリプトを書く必要があります。その方法は将来マニュアルに追記する予定です。
よろしくお願い致します。
---
Taku Yoshioka
tak...@atr.jp
akamatsu kouichirou
Aug 22, 2012, 4:23:41 AM8/22/12
to vbmeg...@lists.sourceforge.jp
吉岡様
先日質問させていただきました京都大学大学院の赤松と申します。
ご回答ありがとうございました。返信が遅くなり、まことに申し訳ございませんでした。
> VBMEGで（加算平均でなく）トライアルデータに対して電流源推定を行い、ERS/ERDを計算するという流れになります。例として以下の文献をご参照下さい。
という点に関しましては理解しました。
EEGの解析について、ERS/ERDの解析が完了している段階です。
この結果を用いて信号源を解析したいのですが、
その場合、ERP(ERF)に対してERD用のアルゴリズムを構築する必要があるのでしょうか。
現在の信号源推定プログラムに、ERPデータの代わりにERDデータを挿入するだけでは解析されないということでしょうか。
以上、先日と同様の質問内容になってしまい、申し訳ございませんが、よろしくお願い致します。
________________________________________
差出人: vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp [vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp] が taku-y [tak...@atr.jp] の代理で送信しました
送信日時: 2012年8月7日 17:54
宛先: vbmeg...@lists.sourceforge.jp
件名: [VBMEG-users:00111] Re: ERS/ERD analysis
先日質問させていただきました京都大学大学院の赤松と申します。
ご回答ありがとうございました。返信が遅くなり、まことに申し訳ございませんでした。
> VBMEGで（加算平均でなく）トライアルデータに対して電流源推定を行い、ERS/ERDを計算するという流れになります。例として以下の文献をご参照下さい。
EEGの解析について、ERS/ERDの解析が完了している段階です。
この結果を用いて信号源を解析したいのですが、
その場合、ERP(ERF)に対してERD用のアルゴリズムを構築する必要があるのでしょうか。
現在の信号源推定プログラムに、ERPデータの代わりにERDデータを挿入するだけでは解析されないということでしょうか。
以上、先日と同様の質問内容になってしまい、申し訳ございませんが、よろしくお願い致します。
________________________________________
差出人: vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp [vbmeg-use...@lists.sourceforge.jp] が taku-y [tak...@atr.jp] の代理で送信しました
送信日時: 2012年8月7日 17:54
宛先: vbmeg...@lists.sourceforge.jp
件名: [VBMEG-users:00111] Re: ERS/ERD analysis
taku-y
Aug 22, 2012, 4:59:44 AM8/22/12
to vbmeg...@lists.sourceforge.jp
赤松様
吉岡です。ご連絡頂いてありがとうございます。
> EEGの解析について、ERS/ERDの解析が完了している段階です。
> この結果を用いて信号源を解析したいのですが、
> その場合、ERP(ERF)に対してERD用のアルゴリズムを構築する必要があるのでしょうか。
> 現在の信号源推定プログラムに、ERPデータの代わりにERDデータを挿入するだけでは解析されないということでしょうか。
はい、ERPデータの代わりにERSP(ERS/ERD)データを挿入するだけでは解析出来ません。
電流源（信号源）推定とERSP計算の両方が線形演算の場合は順序を入れ替えられますが、VBMEGは逆フィルタ計算の時点で非線形演算を行うので、順序を入れ替えると結果が変わります。
一度逆フィルタを計算すれば（ERSP計算に非線形演算が入っていないとして）原理的には入れ替えが可能ですが、VBMEGでは基本的にはそのような状況を想定していません。
以上、よろしくお願い致します。
---
Taku Yoshioka
tak...@atr.jp
吉岡です。ご連絡頂いてありがとうございます。
> EEGの解析について、ERS/ERDの解析が完了している段階です。
> この結果を用いて信号源を解析したいのですが、
> その場合、ERP(ERF)に対してERD用のアルゴリズムを構築する必要があるのでしょうか。
> 現在の信号源推定プログラムに、ERPデータの代わりにERDデータを挿入するだけでは解析されないということでしょうか。
電流源（信号源）推定とERSP計算の両方が線形演算の場合は順序を入れ替えられますが、VBMEGは逆フィルタ計算の時点で非線形演算を行うので、順序を入れ替えると結果が変わります。
一度逆フィルタを計算すれば（ERSP計算に非線形演算が入っていないとして）原理的には入れ替えが可能ですが、VBMEGでは基本的にはそのような状況を想定していません。
以上、よろしくお願い致します。
---
Taku Yoshioka
tak...@atr.jp
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