[VBMEG-users:00173] あらかじめトライアル毎に切り出したデータを用いる際のエラーについて

[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山と申します。
度々の質問を失礼致します。

私は現在、biosemi社製の脳波計で計測したEEGデータの電流源推定を行うことを検討しており、
他のソフトウェア（EEGLAB）を用いて複数被験者のトライアルを切り出したデータ（[channel*sample*trials]）
を用いた推定をVBMEGにて実施しようと考えております。

そこで、[VBMEG-users:00092]より以降に記載されているように、
データに合わせてeeg_dataパラメータおよびEEGinfoデータを設定することとしました。
設定したパラメータは以下の通りです。

・eeg_data（[channel*sample*trials]）
・Measurement（'EEG'）
・EEGinfo
　├ Measurement
　├ Device
　├ Nchannel
　├ Nsample
　├ Nrepeat
　├ Pretrigger
　├ SampleFrequency
　└ Coord（BDF→EEG-MATへ直接変換した他データのパラメータをコピー）

以上のパラメータを設定し、saveにてEEG-MATファイルを作成しました。

このEEG-MATを用いてリードフィールドの計算を試みようとしたところ、
フォーム上の「Center of the
head」欄が空白となっており、Execボタンがクリックできない状態でしたので、
パラメータとして EEGinfo.Vcenter
を追加し、リードフィールドの計算を行えるようにしました。

次に、電流分散の推定を試みたところ、
処理内のチャネル数の整合性を確認するステップにて、EEG dataの Number of
sensors が 0 であり、
リードフィールドでのチャネル数と異なる旨のエラーが発生しました。
このエラーを追ったところ、EEGinfo.ChannelID
が存在しないことが原因とわかりましたので、
パラメータとして EEGinfo.ChannelID を追加しました。

しかし、次に実行をしてみると以下のようなエラーが発生しました。

========================================
エラー: svd
SVD への入力は、NaN または Inf を含んではいけません。

エラー: cond (line 35)
s = svd(A);

エラー: vbmeg_ard_estimate4 (line 312)
Info(k_check,:) = [...

エラー: vb_job_vb (line 418)
[Model,Info] = vbmeg_ard_estimate4(B, [], nGact, ...

エラー: bayes_parm_editor (line 157)
vb_job_vb(proj_root, bayes_parm);

エラー: bayes_parm_basic_gui>callback (line 738)
bayes_parm_editor(data.main_obj, 'exec_estimation');

エラー: bayes_parm_basic_gui (line 60)
data = callback(data, hObj);

Error while evaluating uicontrol Callback
========================================

このエラーを追ったところ、
VBMEG/functions/estimation/bayes/vbmeg_ard_estimate4.m内の、
==
line244
GSG = G * vb_repmultiply(Gt, A_z) ;
==
にて、kループの2周目以降の計算で行列GSGがすべてNaNになってしまうことで
発生するものであることがわかりました。

以上のような状況につきまして、
今回、「MEG/EEG標準フォーマット」の「3.1.2.1.
EEGinfo」に記載されているもの以外の
パラメータを使用して処理を進めたのですが、そもそもこれが誤りだったのでしょうか。
または、上記エラーの対処法等がありましたら、ご教示いただけたら幸いに存じます。

突然のご連絡で大変恐縮ではございますが、何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
e-mail：sugi...@nsc.cs.tut.ac.jp
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[Ryosuke Hayashi]

杉山様

いつもお世話になっております。
お問い合わせありがとうございます。
最初にご用意いただいたデータ、

> ・eeg_data（[channel*sample*trials]）
> ・Measurement（'EEG'）
> ・EEGinfo
> 　├ Measurement
> 　├ Device
> 　├ Nchannel
> 　├ Nsample
> 　├ Nrepeat
> 　├ Pretrigger
> 　├ SampleFrequency
> 　└ Coord（BDF→EEG-MATへ直接変換した他データのパラメータをコピー）

こちらは、ドキュメント「MEG/EEG標準フォーマット」の
「3.1.Minimum EEG-MAT」を元に作成していただいたものと思います。
発生したエラーは、それが最小フォーマットであることを表す、
EEGinfo.Device = 'BASIC';
が設定されていないことにより発生しているものと考えられます。

ドキュメントには、この情報は記載されておらず、
本件は、ドキュメントの不備に起因する不具合です。
ご迷惑をおかけし、誠に申し訳ありません。
一度、上記を設定したものでお試しいただけますでしょうか。

> 今回、「MEG/EEG標準フォーマット」の「3.1.2.1.
> EEGinfo」に記載されているもの以外の
> パラメータを使用して処理を進めたのですが、そもそもこれが誤りだったのでしょうか。
> または、上記エラーの対処法等がありましたら、ご教示いただけたら幸いに存じます。

最小フォーマットと、EEGデバイス固有ファイルをインポート関数でインポートした
データは内部的には別形式と認識されるため、完全な形式でないと、動作しない
可能性があります。よろしくお願い致します。

--
ATR脳情報解析研究所 計算脳イメージング研究室
Ryosuke Hayashi(mailto:rhay...@atr.jp)
TEL:0774-95-1217(直通) 内線:1217

[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山です。
この度はご多忙のところご対応いただき、心から感謝致します。

> 発生したエラーは、それが最小フォーマットであることを表す、
> EEGinfo.Device = 'BASIC';
> が設定されていないことにより発生しているものと考えられます。

ありがとうございます。
こちらのパラメータが BIOSEMI となっていたため、
　EEGinfo.Device = 'BASIC';
と修正をしたうえで、最小フォーマットでEEG-MATを作成し、
リードフィールドを計算、その後電流分散の推定を実行しました。
その結果、パラメータ不足によるエラーは解消されました。

また、VBMEG/functions/estimation/bayes/vbmeg_ard_estimate4.m内の、

==
line244
GSG = G * vb_repmultiply(Gt, A_z) ;
==

の計算で行列GSGがすべてNaNとなってしまうことに起因したエラーについては、
パラメータ eeg_data
のデータ型が倍精度あるところを単精度としてしまっていたために
発生するものであることも判明し、こちらのエラーも解消することができました。
お騒がせをし、申し訳ありませんでした。

一点、質問をさせていただいてもよろしいでしょうか。
電流分散の推定をした後、電流を計算する処理において、
コマンドウィンドウに表示される Number of trials がパラメータ EEGinfo.Nrepeat
の値と異なり
1 となっておりました。
こちらにつきまして、電流を計算する段階で
全トライアルでの平均値を算出しているという理解でよろしいでしょうか。

私自身至らない点も多いかと思いますが、何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
e-mail：sugi...@nsc.cs.tut.ac.jp
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[Ryosuke Hayashi]

杉山様

エラー解消のご連絡ありがとうございます。

> こちらにつきまして、電流を計算する段階で
> 全トライアルでの平均値を算出しているという理解でよろしいでしょうか。

はい。全トライアルでの平均値を算出しています。
Trial averageの項目をOFFに設定すると、トライアル毎の電流値が得られます。

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ATR脳情報解析研究所 計算脳イメージング研究室
Ryosuke Hayashi(mailto:rhay...@atr.jp)
TEL:0774-95-1217(直通) 内線:1217

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[Kenta Sugiyama]

VBMEG-Users
ご担当者様

お世話になっております。
豊橋技術科学大学　工学研究科　博士前期課程2年の杉山です。

> はい。全トライアルでの平均値を算出しています。
> Trial averageの項目をOFFに設定すると、トライアル毎の電流値が得られます。

上記について、ご返答ありがとうございます。
Trial average の項目についても確認を致しました。

この度はご丁寧な対応をいただき、心から感謝致します。
私自身、まだまだ勉強不足な点があり今後も質問をさせていただくことがあるかもしれませんが、
今後とも何卒よろしくお願い申し上げます。

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豊橋技術科学大学　工学研究科
情報・知能工学専攻(3系)
杉山　健太
e-mail：sugi...@nsc.cs.tut.ac.jp
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