Webアプリケーション演習の質問をこのMLで受け付けます

[Taro L. Saito]

斉藤です。

Webアプリケーション演習の質問はこちらのMLで自由に投稿してください。
講義資料等へのリンク：http://www.xerial.org/wiki/lecture/2008/utgb/Index

一般公開されているメーリングリストなので、個人情報がさらされないように注意してください。

[ryu]

UTGBメダカで遺伝子を調べるとき、各領域を拡大しないと、遺伝子やマーカーの詳しい情報が見えない。また、拡大した領域は必ず使えないので、また一
個前の画面に戻って、新しい領域を選択しないと、実現できない。
それで、わたしはこの問題を解決したいです。
例えば、中国google新しい開発したツールは、辞書みたいものですけで、それは選択した部分の翻訳は小さいウィンドで表現できる、さらにその結果を
詳しく見たいとき、小さいウィンド上のボタン維持したら、見えます。

[Nakazato T.]

なかざと です。

どうもです。

おぼろげにこういうことができたら、というメモ程度ですが。。。
（何ができるのか、詳しく理解していないので）

・CAGEのデータをはりつけて、転写開始点のデータとつきあわせる
・各遺伝子（or はりつけたもの）について、付加情報（GOなり関連文献なり）の
　情報をのせてみる
・マイクロアレイの結果で発現の増減により色を変えてプローブを表示

というようなことができるとよいかとは思います。




2008/11/19 14:22 ryu <lyu...@gmail.com>:

[n]

１．Bisulfite sequencingによるメチル化データの表示。複数サンプル間の比較、転写量との関連など。
例：Weber et al, “Chromosome-wide and promoter-specific analyses
identify sites of differential DNA methylation in normal and
transformed human cells” (Nat Genet, 2005)

２．ゲノム配列の変化（置換・挿入欠失）と転写・ヌクレオソーム配置・メチル化の変化の関係を表示する。
例：Sandelin et al, “Mammalian RNA polymerase II core promoters:
insights from genome-wide studies” (Nat Rev Genet, 2007)

On 11月19日, 午後5:17, "Nakazato T." <chalkl...@gmail.com> wrote:
> なかざと です。
>
> どうもです。
>
> おぼろげにこういうことができたら、というメモ程度ですが。。。
> （何ができるのか、詳しく理解していないので）
>
> ・CAGEのデータをはりつけて、転写開始点のデータとつきあわせる
> ・各遺伝子（or はりつけたもの）について、付加情報（GOなり関連文献なり）の
> 　情報をのせてみる
> ・マイクロアレイの結果で発現の増減により色を変えてプローブを表示
>
> というようなことができるとよいかとは思います。
>

> 2008/11/19 14:22 ryu <lyuk...@gmail.com>:

[Hiromasa ONO]

小野です。

ML投稿が遅くなり申し訳ありません。

仲里さんと若干かぶりますが、自分の持っているマイクロアレイデータとそれに関連するpublicなデータをゲノム上に並列にならべて、容易に比較できるようにしたいと考えています。さらに発現量は色で分かるように表示できればと思います。


2008/10/23 Taro L. Saito <l...@cb.k.u-tokyo.ac.jp>:

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小野 浩雅
Hiromasa ONO

日本大学大学院 生物資源科学研究科
応用生命科学専攻 動物生体機構学研究室
博士後期課程2年