ESCキーによるダイアログ表示は、簡易的に作ったシステム系UI表示のオブジェクトが制御しています。
Canvas-SystemUIオブジェクトの「Is Enable Input Escape」をオフにすればESCキー入力終了ダイアログ表示は無効化されます。

あとはご自分で「Escapeキーが入力されたら終了する」というプログラムを書けばよいかと思います。
こんな感じのプログラムでできるかと思います。
void Update()
{
if (Input.GetKeyDown(KeyCode.Escape))
{
Application.Quit();
}
}