会話シーンの場合は、それらが存在しないので、自作する必要があります。
とは言っても、UtageUguiMainGame.csは主に、ノベルゲームとしての画面制御をしている部分なので、オートやスキップボタンの機能に関わる部分は限られています。
スキップのオンオフは、Engine.Config.IsSkipに、オンオフを設定してください。
public virtual void OnTapSkip( bool isOn ) の部分です。
オートのオンオフは、Engine.Config.IsAutoBrPageに、オンオフを設定してください。
public virtual void OnTapAuto( bool isOn ) の部分です。
protected virtual void LateUpdate() では
・メッセージウィンドウが消えたときに、スキップボタンやオートボタンなどのメニューUIを連動して非表示にしたいする処理
・現在のオートやスキップのオンオフ状態に合わせて、チェックマークをつけたりしてボタンの表示を変えたりする処理
の2つを行っています。
添付のスクリーンショットを見る限り、スキップの機能に関しては、呼び出し方があっている限りは特に問題ないように見えます。
動作がおかしいのであれば、Debug.Logなどで、Engine.Config.IsSkipが呼び出されているかを確認してみてください。
>一時的にウィンドウを隠す機能を
これはノベルタイプも会話シーンでも共通で使っています。
AdvEngine>UI>InputManagerオブジェクトの、AdvUguiManager.cs で処理を行っています。(なので、デフォルトでも、右クリックでメッセージウィンドウの表示が消えます。)
プログラムとして呼び出すのであれば、
Engine.UiManager.Status = AdvUiManager.UiStatus.HideMessageWindow; でメッセージウィンドウ非表示に
Engine.UiManager.Status = AdvUiManager.UiStatus.Default; で通常の表示に
これらの処理は、 AdvUguiManager.csの void Update() 内でもキーボード入力処理に対応するために行っていますので、参考にしてください。