新規プロジェクトのサンプルシーンで問題ないということは、
・宴以外の拡張アセットなどが原因
・シーンとは関係のない、プロジェクト設定やローカルな設定が影響している
・その他、Unity自体のなんらかの不具合
などが考えられます。
>Tiled GPU perf. warning: RenderTexture color surface (1384x865) was not cleared/discarded, doing <run with profiler for info>
こちらのエラーはGPU自体に関係するエラーになりますので、
設定切り替えなどでエラーメッセージがでなくなっても、既にGPUのメモリなどが破壊されてしまい描画ができなくなってしまう可能性はあります。
ほかにもハードなどが原因でおきる環境依存のバグということも考えられます。
こちらで再現するか試してみますので、プロジェクトを送信してください。
いえ、今のところそういった報告はありません。
むしろ、他では起きていない再現性が低いバグなので、Unityの深い部分のバグの可能性が高そうです。
・・・というのも、Unity5.6自体がかなり不安定だからです。
詳しくはこちらを。
上記のUnityの不具合は最新の宴では対策済みなのですが、
他にも不具合があると思いますのでそれが原因かもしれません。
こちらを使うと、もしかすると直るかもしれません。