基本的に宴は、シナリオに記述したコマンドを順番に実行していく形になっています。
なので、プログラムから途中から割り込みでコマンドを実行させることはできません。
WaitCustomをシナリオの一時停止に使たいのであれば、
AdvEngine engine;
engine.ScenarioPlayer.Pause(); とすれば、ポーズ自体はできます。
engine.ScenarioPlayer.Resume(); とすればポーズの解除になります。
ただし、これも基本的には、シナリオ上から呼び出すことを想定しているものなので、動作保証はできません。
なによりも、連続する演出系のコマンドなどを実行している最中にポーズしてしまうと、演出のタイミングはずれてしまいます。