・Is Auto Save On Quitにチェックを入れていて、ゲーム終了時
・FileTypeがSystemのパラメーターを変更した場合
・コンフィグ画面を閉じるとき
それ以外では、自分でプログラムして保存をする必要があります。
通常のセーブデータを書き込むときに同時に保存するのであれば、
Utage\Scripts\TemplateUI\UtageUguiSaveLoad.cs のOnTapメソッドに、
Engine.WriteSystemData(); を追記するとよいと思います。
サンプル
public virtual void OnTap(UtageUguiSaveLoadItem item)
{
if (isSave)
{
//セーブ画面なら、セーブ処理
Engine.WriteSaveData(item.Data);
//システムセーブデータも書き込み
Engine.WriteSystemData();
item.Refresh(true);