Bug with CO2 structure

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Xiang

unread,
May 21, 2025, 4:46:39 AMMay 21
to USPEX
Here is an .xyz file of CO2:
======================
3
CO2
   C    0.000    0.000    0.000
   O    0.000    0.000    1.180
   O    0.000    0.000   -1.180
======================

When I use the USPEX online Zmatrix convertor,  it gives the correct results:
=========================================
Atom  Bond-length  Bond-angle Torsion-angle  i  j  k
       (Angstrom)   (Degree)    (Degree)  
   O     0.0000       0.0000     0.0000      0  0  0
   C     1.1800       0.0000     0.0000      1  0  0
   O     1.1800     180.0000    -0.0000      2  1  0
==========================================
MOL_name
Number of atoms:  3
   O    0.0000   0.0000  -1.1800   0  0  0  1
   C    0.0000   0.0000   0.0000   1  0  0  1
   O    0.0000   0.0000   1.1800   2  1  0  1
==========================================

While the Zmatrix2 convertor gives the wrong ones:
=========================================
Atom  Bond-length  Bond-angle Torsion-angle  i  j  k
      (Angstrom)   (Degree)    (Degree)              
   O      0.0000      0.0000      0.0000    0  0  0
   C      1.1800      0.0000      0.0000    1  0  0
   O      1.1800    180.0000         nan    2  1  0
   O      0.0000         nan         nan    1  2  3
 =========================================
MOL_name
Number of Atoms:   4
   O  -1.1800   0.0000   0.0000    0  0  0   0
   C   0.0000   0.0000   0.0000    1  0  0   0
   O   1.1800   0.0000   0.0000    2  1  0   0
   O  -1.1800   0.0000   0.0000    1  2  3   0
 =========================================

The most serious one is that USPEX program read it wrong so that it generated no structures with correct molecular shape and couldn't  run correctly:
 =========================================
The calculated Zmatrix is:
Atom Bond-length Bond-angle Torsion-angle  i  j  k
      (Angstrom)  (Degree)    (Degree)  
 O      -1.1803     0.0000     0.0000      0  0  0
 C       1.1803    90.0000     0.0000      1  0  0
 O       1.1803   180.0000        NaN      2  1  0
 =========================================

How can I fix it or somehow bypass this?
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