USPEX surface run fails

Yuriy Lunyakov

unread,

Dec 7, 2015, 11:45:01 PM12/7/15

to USPEX

Hello, everybody!

I have a problem in running a surface calculation on simulation of Tl&Pb adsorption on the Si(111) substrate. The error messages are:

error: read_SUBSTRATE: A(I,J): column index out of bounds; value 1 out of bound 0

error: called from:

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/AbinitCode/read_SUBSTRATE.m at line 23, column 25

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/USPEX/src/createORGStruc.m at line 92, column 1

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/USPEX/Start.m at line 55, column 1

An attempt to increase a number of species does not solve a problem! Can anybody give me a working example of adsprbate/substrate simulation? The INPUT and SUBSTRATE files are the following:

INPUT.txt

***************************************

* TYPE OF RUN AND SYSTEM *

***************************************

USPEX : calculationMethod

200 : calculationType

1 : optType

3.0 : thicknessS (thickness of surface region, 2 A by default )

6.0 : thicknessB (thickness of buffer region in substrate, 3 A by default)

% vacuumSize

10 12 14 16

% endVacuumSize

% symmetries

2-17

% endSymmetries

% atomType

Tl Pb

% EndAtomType

% numSpecies

4 16

% EndNumSpecies

***************************************

* POPULATION *

***************************************

50 : populationSize

100 : initialPopSize

100 : numGenerations

66 : stopCrit

***************************************

* VARIATION OPERATORS *

***************************************

0.5 : fracGene

0.2 : fracRand

0.2 : fracAtomsMut

0.1 : fracLatMut

***************************************

* CONSTRAINTS *

***************************************

% IonDistances

3.8 2.9

3.10 2.8

% EndDistances

***************************************

* DETAILS OF ABINITIO CALCULATION *

***************************************

% abinitioCode

1 1 1 1

% ENDabinit

% KresolStart

0.06 0.05 0.04 0.03

% Kresolend

0 : pickUpYN

0 : pickUpGen

0 : pickUpFolder

1 : numParallelCalcs (how many parallel calculations shall be performed)

0 : whichCluster (0: no-job-script, 1: local submission, 2: remote submission)

% commandExecutable

vasp.5.2.run.USPEX 2:10:00 > log

vasp.5.2.run.USPEX 4:20:00 > log

vasp.5.2.run.USPEX 12:10:00 > log

vasp.5.2.run.USPEX 99:99:00 > log

% EndExecutable

POSCAR_SUBSTRATE

R(16) x R(16) 2BL

1.00000000000000

15.0397140425071303 0.0000000000000000 0.0000000000000000

7.5198570212535651 13.0247744264647292 0.0000000000000000

0.0000000000000000 0.0000000000000000 24.5597501876755615

Si H

64 16

Selective dynamics

Direct

0.0006199262961085 -0.0017550772365306 0.5040332794695545 T T T

-0.0036867390796853 0.2467137890005599 0.5060884066864320 T T T

-0.0007373258345178 0.4991700104872158 0.5026313170764832 T T T

-0.0025764543557271 0.7535978252733154 0.5063855746829912 T T T

0.2491401237273718 0.0027594670082324 0.5063797390996145 T T T

0.2515195974869774 0.2486147872732357 0.5057768419360512 T T T

0.2519772599577184 0.4995308707166606 0.4983876582125419 T T T

0.2474767342239518 0.7508727719954105 0.5057877165738800 T T T

0.4984103377533535 0.0005152905217637 0.5044108578801196 T T T

0.5013642225249321 0.2485106265841382 0.5051341126309853 T T T

0.5023380137018213 0.4990349699384015 0.5060771947589138 T T T

0.5024215817745907 0.7478568380387524 0.5061419759687604 T T T

0.7512815373925510 0.0006985700584649 0.5041207786754746 T T T

0.7482443801357288 0.2506118629535134 0.5038601378040410 T T T

0.7503663601037613 0.4978795084675919 0.5053122697242401 T T T

0.7470548278531866 0.7560082499213509 0.5056131784602089 T T T

0.0838723528987668 0.0814496754911341 0.4700452596862258 T T T

0.0834538498295955 0.3291561910747102 0.4712771641862078 T T T

0.0803781402349674 0.5869681821863972 0.4704501683562244 T T T

0.0828970551815479 0.8328893098072554 0.4693736664091273 T T T

0.3329720089119876 0.0836878524348152 0.4695694457445316 T T T

0.3346425146766112 0.3299615055745150 0.4696464041854641 T T T

0.3359605688334474 0.5855350017641215 0.4701715299904105 T T T

0.3330684713693234 0.8338306337418359 0.4720691290601247 T T T

0.5840121422604191 0.0821054300325376 0.4703428456703291 T T T

0.5825244138374061 0.3334548278576477 0.4697750840147015 T T T

0.5842656387264457 0.5822420916161920 0.4700416219897510 T T T

0.5815048088999522 0.8342299791281375 0.4700948371151463 T T T

0.8337824223690566 0.0839325051638857 0.4696514817704810 T T T

0.8319926396697499 0.3331637152803815 0.4693367830878677 T T T

0.8295888997685069 0.5862788071311742 0.4710221228192107 T T T

0.8331840235146040 0.8346103992518168 0.4695421033902065 T T T

0.0833333333333357 0.0833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.0833333333333357 0.3333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.0833333333333357 0.5833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.0833333333333357 0.8333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.3333333333333357 0.0833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.3333333333333357 0.3333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.3333333333333357 0.5833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.3333333333333357 0.8333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.5833333333333357 0.0833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.5833333333333357 0.3333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.5833333333333357 0.5833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.5833333333333357 0.8333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.8333333333333357 0.0833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.8333333333333357 0.3333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.8333333333333357 0.5833333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.8333333333333357 0.8333333333333357 0.3750000000000000 F F F

0.1666666666666643 0.1666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.4166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.6666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.9166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.1666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.4166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.6666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.9166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.1666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.4166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.6666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.9166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.1666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.4166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.6666666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.9166666666666643 0.3437500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.1666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.4166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.6666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.1666666666666643 0.9166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.1666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.4166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.6666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.4166666666666643 0.9166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.1666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.4166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.6666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.6666666666666643 0.9166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.1666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.4166666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.6666666666666643 0.2812500000000000 F F F

0.9166666666666643 0.9166666666666643 0.2812500000000000 F F F

With hope of success,

sincerely Yuri Luniakov

Geng Sun

unread,

Dec 8, 2015, 6:04:19 AM12/8/15

to USPEX

Hi,

It seems that you could not add 'F' or 'T' in the substrate POSCAR.

The rule for fixing atoms are described by the keywords thicknessB

Geng Sun

在 2015年12月8日星期二 UTC+8下午12:45:01，Yuriy Lunyakov写道：

Yuriy Lunyakov

unread,

Dec 8, 2015, 9:40:52 PM12/8/15

to USPEX

Thank you very much!

I have just removed the .T. and .F. restrictions keywords from the POSCAR_SUBSTRATE file and also removed the words "Selective dynamics". USPEX is going to start, the previous error disappears. But there is a new error:

error: Random_Init_200: subscript indices must be either positive integers less than 2^31 or logicals

error: called from:

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/USPEX/200/Random_Init_200.m at line 23, column 6

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/USPEX/200/initialize_POP_STRUC_200.m at line 25, column 6

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/USPEX/src/Initialize.m at line 34, column 1

error: /home/luniakov/uspex/src/FunctionFolder/USPEX/Start.m at line 64, column 1

A decreasing the POPULATION keywords does not help. Can anybody give me a working example to help to "debug" my input data?

Yuriy Lunyakov

unread,

May 6, 2016, 9:24:45 PM5/6/16

to USPEX

The similar problem I had when I used the different atoms in INPUT and POSCAR_SUBSTRATE. The types of atoms in both these files mist be the same!

--
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "USPEX" group.
To unsubscribe from this topic, visit https://groups.google.com/d/topic/uspex/W4zt0iPJDJc/unsubscribe.
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to uspex+un...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.

Reply all

Reply to author

Forward