Quando vc envia o CTe o primeiro arquivo retornado é o com o número do lote, vc tem que pegar este número e guardar em seu ERP. Na sequencia ele retorna um arquivo com final -rec.xml e no começo é o numero do lote, algo assim: 000000000-rec.xml, como vc tem o numero do lote guardado vc tem como identificar o arquivo.
no -rec.xml tem o numero do recibo, vc deve pegar ele e guardar no seu ERP. Na sequencia ele vai retornar o arquivo -pro-rec.xml, no inicio do arquivo é o numero do recibo, algo assim: 00000000-pro-rec.xml, como vc tem o numero do recibo guardado vc tem como saber qual o nome do arquivo.
Este é o processo.