Maria Luiza, Boa Noite.
Funcionar com qualquer linguagem WEB.
Voce vai fazer do mesmo jeito que faz na linguagem desktop.
É só instalar o UNINFE no servidor windows (mesma maquina do servidor web)
E Sua aplicacao web vai gerar os arquivos de envia e pegar a resposta (exatamente igual a desktop)
A unica coisa que muda um pouco é para Exibir/Imprimir a DANFE.
Voce vai abir o pdf no navegador.
ha 4 anos atras eu fiz a integracao com sistema web e funcionou normal.
Qualquer dúvida é só perguntar.
JCARLOS
Maceio/AL