Problema do Flávio resolvido.
Para quem estiver com isso ou algo parecido tente desabilitar o "Do Sequence" nas configurações de renderização, assim ele consegue renderizar uma cena estática corretamente.
Para renderizar a animação completa, depois de obviamente testada pois deste jeito não há como se arrepender e trocar um punhado de frames ;), deixei o "Do Sequence" desabilitado e coloque o formato de output como AVI Raw ou AVI Jpeg.
O AVI Raw é naturalmente muito maior (uma animação de 1 minuto, bate fácil 1 Gb), mas não tem perda de qualidade na compressão do AVI Jpeg. De qualquer forma, para quem não fez coisas em highpoly (o meu caso por exemplo) ou em resoluções muito altas, acho que o resultado do AVI Jpeg é bem aceitável.