こんにちは。
参照されているドキュメントがわからないので未確認ですけど、PropertyConfiguration がデフォルトで読み込んでくれるパスは
./twitter4j.properties
/twitter4j.properties
/WEB-INF/twitter4j.properties
という順序になっています。
"classes/" を消してみてください。
また今の実装では TwitterFactory#getInstance() を呼び出すと
PropertyConfigurationFactory クラスが静的に持つ唯一の PropertyConfiguration オブジェクトを
流用し続けるので、PropertyConfiguration のコンストラクタは TwitterFactory#getInstance() の
初回呼び出し時にだけ実行されると思います。
-Mocel