Casi todos los datos conocidos sobre la expansin de este pueblo en el siglo XIII, que llegaron a constituir el imperio ms extenso de la Historia de la humanidad desde Asia Oriental (Corea) hasta Europa Central, son debidos a los escritos de los pueblos conquistados, enemigos de los mongoles. Esto convierte a la Historia secreta de los mongoles en un documento nico, pues, al margen de la verosimilitud de gran parte de su contenido, presenta una visin interna del Imperio Mongol.
Hasta la subida al poder de Gengis Kan, el idioma mongol careca de representacin escrita. Fue el propio Gengis Kan el que orden la adopcin de un alfabeto para el mongol, tomado de los uigures, que en aquella poca utilizaban un alfabeto de origen sogdiano. La Historia secreta debi compilarse en este alfabeto en un primer momento, y lo nico que dice el texto que nos ha llegado es que la obra se complet en un ao de la rata segn el Horscopo chino. Esto ha llevado a los historiadores a aventurar el ao 1228 como el momento ms probable de la compilacin del texto, excluyendo la seccin final, que trata de la entronizacin del sucesor de Gengis Kan, gdei Qan, y que podra ser un aadido posterior. Si esta ltima seccin fuera parte del trabajo original, el ao de compilacin habra de ser 1240, siguiente Ao de la Rata.
El manuscrito que ha llegado a nuestros das data, sin embargo, del siglo XIV, y est escrito en caracteres chinos utilizados para representar fonticamente la lengua mongola, cuya forma escrita haba cado en desuso en el momento en el que se transcribi esta versin posterior, que se ha conservado hasta la actualidad. Esta versin de la obra contiene, junto al texto mongol en caracteres chinos, un resumen del texto en chino clsico.
La obra comienza narrando los orgenes legendarios de los mongoles, que procederan de un lobo y una gama, contina con los antepasados de Gengis Kan y narra la vida de ste, describiendo los acontecimientos que lo llevaron a asumir el poder y a unificar a los diferentes pueblos mongoles. La obra tiene estructura tpica de saga, con numerosos pasajes en verso, y contiene tambin dilogos. La ltima parte narra la primera mitad del reinado de gdei, sucesor de Gengis Kan. La obra acaba con una reunin en el palacio de gdei, hacia el ao 1240. Como se ha comentado en la seccin anterior, es posible que esta ltima parte haya sido aadida en un momento posterior.
Hubo otra obra histrica escrita por los mongoles, el Altyn debter (Libro de oro), que no ha llegado hasta nuestros das, pero que sirvi para compilar las historias sobre los mongoles escritas por los persas y los chinos. La comparacin con esas otras obras de chinos y persas respalda la credibilidad de algunas partes de la Historia secreta. Adems, hay pasajes en los que se narran sucesos que no favorecen al propio Gengis Kan, como la afirmacin de que ste tena miedo a los perros o que haba asesinado a uno de sus hermanastros. Tales historias no tendran sentido en una obra panegrica, lo cual parece confirmar su verosimilitud. No obstante, el estilo pico y fantasioso que adorna toda la narracin exige en el historiador una crtica de la fuente para mantener el valor de la obra como referencia histrica, tanto como su valor literario.
Las nicas copias de la obra que se conservaban eran transcripciones del trabajo original, escrito en mongol con caracteres chinos, acompaadas por un glosario y traduccin de cada seccin al chino clsico. En China este texto haba sido muy conocido como una obra para ensear la lectura y escritura de la lengua mongola a los chinos durante la Dinasta Ming, y la traduccin china se utiliz en varias obras histricas; pero ya en el siglo XIX, las copias se haban vuelto raras.
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