programa trophic position

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raz0 .......

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May 28, 2018, 3:13:26 PM5/28/18
to trophicposi...@googlegroups.com

Hola buen día Claudio Quezada

 

El motivo que te escribo es que estoy utilizando tu programa de tRophic position, sin embargo quisiera que me orientaras en como agregar los valores de TDF, ya que mi TDF es de 2.3+-0.5 y 0.5+-0.1 para nitrógeno y carbono respectivamente.

Ya que con los valores de Mccunther y post me salen valores de PT muy bajos.

Estoy trabajando con una raya Z. exasperata y tome como línea base 1 a crustáceos y como lineabase2 a peces bentónicos pero el valor de TP es de 2.5 el cual me resulta muy bajo.

 

Podrías ayudarme?

Saludos

Ruben

Estudiante de maestría

Centro interdisciplinario de ciencias marinas

La Paz, México

Claudio Quezada R.

unread,
Jun 4, 2018, 7:38:50 PM6/4/18
to raz0 ......., trophicposi...@googlegroups.com
Estimado Ruben

Lamento la demora en responder. Voy a comentar en Español, luego en Inglés.

1) Para agregar valores de TDF debes ocupar simulateTDF(). Los argumentos que recibe son nN (número de valores para TDF-N), meanN (promedio para TDF-N) y sdN (desviación estándar TDF-N). Lo mismo para carbono (nC, meanC y sdC). Para simular datos que se ajusten a tu TDF puedes ocupar:

simulated_TDF <- simulateTDF(nN = 25, meanN = 2.3, sdN = 0.5, nC = 25, meanC = 0.5, sdC = 0.1)

Al momento de llamar tu modelo (sospecho que es de 2 líneas base) debes ocupar simulated_TDF$deltaN y simulated_TDF$deltaC como valores para TDF. Es importante que modifiques tu lambda, si es que el nivel trófico de la línea base no es 2 (valor por defecto). lambda debe ser el mismo valor para ambas líneas base (no puedes tener una línea base de nivel trófico 1 [productor primario] y otra línea base de nivel 2 [consumidor primario]).

Esto se configura en multiModelTP, multiSpeciesTP y en jagsBayesianModel (o en cada una de las siguientes: jagsOneBaseline, jagsTwoBaselines o jagsTwoBaselinesFull).

Me cuentas como te va. Saludos!

Claudio

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Now in English

If you want to add custom values for TDF, then you should simulate a number of them, given a mean and sd for each TDF-N and TDF-C. This is accomplished using the following function:

simulated_TDF <- simulateTDF(nN = 25, meanN = 2.3, sdN = 0.5, nC = 25, meanC = 0.5, sdC = 0.1)

And then, you have to feed the model with simulated_TDF$deltaN and simulated_TDF$deltaC in each function that need them (i.e. multiModelTP, multiSpeciesTP, jagsBayesianModeljagsOneBaseline, jagsTwoBaselines or jagsTwoBaselinesFull).

Cheers

Claudio


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To download tRophicPosition package visit https://github.com/clquezada/tRophicPosition
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cres...@gmail.com

unread,
Oct 2, 2018, 7:13:51 AM10/2/18
to tRophicPosition
Hi/Hola !

Don't know in which language I have to add my comment !!!

Claudio, what is the difference between the TEF values generated by the function implemented in tRophicposition you advise here and a normal distribution generated with rnorm() ?

Thanks

Pierre

Claudio Quezada-Romegialli

unread,
Oct 2, 2018, 9:35:44 AM10/2/18
to tRophicPosition
Hola Pierre

English is fine (I would love to reply you in French, but I'm not good yet with the language yet ;)

When you use the TDF function (TEF is deprecated), it will return simulated data, under Post's or McCutchan's reviews. For example, TDF() will return by default 56 values with mean 3.4 +- 0.98 sd for d15N. If you use rnorm(56, 3.4, 0.98) it will return the same, but TDF always use the seed = 3, so that you (and everyone else) will get comparable results. You can change the seed though.

McCutchan's approach instead uses standard error instead of standard deviation. Thus I calculated the sd, given se in this case.

Cheers

Claudio
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