error in K searches (script Mirande aaa.run)

[Wanessa da Silva Costa]

Hi all,

I have found problems in k search using matrixes with up to 80 characters.  When I try to search, the follow error  displays:

Error from C:\ TNT\aaa.run

level 'lev' drift10; set longmin len ^

When I use a matrix with more than 80 characters, the same files and scripts, TNT runs normally. 

Could you help me?

Thanks

Wanessa

[Marcos Mirande]

Oi Wanessa, tem varias versoes do script "no ar"

Quer me-enviar o que tem voce pra poder lhe-ajudar?

Marcos

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Juan Marcos Mirande
Fundación Miguel Lillo - CONICET
Miguel Lillo 251
(4000) San Miguel de Tucumán
Argentina

[Wanessa da Silva Costa]

Hi Dr. Marcos.

Following are the scripts, and a PDF with the bugs (it's in portuguese).

[Wanessa da Silva Costa]

Oi Dr. Marcos.

Consegui encontrar o problema no script, na verdade eu precisei adicional o comando "sect: slac:10" antes do comando "xmult". Na verdade era bem simples, pois o próprio retorno do erro no TNT já informava esta adição.

Muito obrigada pelo retorno.

Wanessa

[Willian Silva]

Olá Dr. Mirande e Wanessa,

estou utilizando o script aaa.run para o TNT e acontece um erro semelhante ao que vocês discutiram nesse grupo. Quando adiciono o comando dá um erro no passo final (K10) e não mostra os valores de K encontrados, vocês poderiam me ajudar?

Muito obrigado e é uma honra ter a oportunidade de contactar.
Att,

Willian F. Silva.

[Marcos Mirande]

Oi Willian. Ainda nao logro descubrir por que em alguns computadores acontece isso. Que funciona tudo bem e quando tem que te-mostrar os resultados finais, o script sume...

Pode tentar com outro computador aí? Senao, também pode tentar com o script que adjunto (é o mesmo mais num só script e nao como aaa e aab).

E se ainda nao funciona, me envia a matriz e tento cá.

Abraço e bom sucesso

Marcos.

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Juan Marcos Mirande
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[Wanessa da Silva Costa]

Olá William.

Eu consegui corrigir o erro com as informações que o próprio TNT reporta, veja as mensagens acima.

Estou encaminhando em anexo dois scripts diferentes, um foi o que usei e outro uma colega me passou, talvez possa ajudar.

Tente encaminhar toda a mensagem de erro que o TNT reporta, talvez fique mais claro de compreender.

Abraço e boa sorte.

Wanessa da Silva Costa.

[Marcia dos Santos Rapoza]

Hello everyone.

I am trying to find the k value for my analysis, but the messages appear, as described in the attachment.

I think I should type something in the script, but I'm not sure about that.

I found a script by Mirande (2009) adapted for a smaller matrix, which is my case, and I also wanted to know if I can trust this adaptation.

Could you help me?

[Marcia dos Santos Rapoza]

Olá Mirande, Wanessa Costa e Willian.

Estou tentando rodar o script para achar um valor de k, mas o mesmo, não me dá um valor de K.

Receio que eu tenha que adaptalo em alguma linha, pois somente inserido o script, como os outros, não obtenho um valor de k.

Estou enviando as mensagens que aparecem quando rodo o script.

Será que poderiam me ajudar.

Desde já, muita gratidão.

Att,

Marcia dos Santos Rapoza

Em sábado, 23 de setembro de 2017 15:16:29 UTC-3, Marcos Mirande escreveu:

Oi Willian. Ainda nao logro descubrir por que em alguns computadores acontece isso. Que funciona tudo bem e quando tem que te-mostrar os resultados finais, o script sume...

Pode tentar com outro computador aí? Senao, também pode tentar com o script que adjunto (é o mesmo mais num só script e nao como aaa e aab).

E se ainda nao funciona, me envia a matriz e tento cá.

Abraço e bom sucesso

Marcos.

2017-09-22 9:53 GMT-03: 00 Willian Silva < willi ... @ gmail.com > :

Olá Dr. Mirande e Wanessa,

estou utilizando o script aaa.run para o TNT e acontece um erro semelhante ao que vocês discutiram nesse grupo. Quando adiciono o comando dá um erro no passo final (K10) e não mostra os valores de K encontrados, vocês poderiam me ajudar?

Muito obrigado e é uma honra ter a oportunidade de contactar.
Att,

Willian F. Silva.

Em quarta-feira, 14 de dezembro de 2016 13:22:51 UTC-2, Wanessa da Silva Costa escreveu:

Oi Dr. Marcos.

Consegui encontrar o problema no script, na verdade eu precisei adicional o comando "sect: slac:10" antes do comando "xmult". Na verdade era bem simples, pois o próprio retorno do erro no TNT já informava esta adição.

Muito obrigada pelo retorno.

Wanessa

Em terça-feira, 13 de dezembro de 2016 18:44:31 UTC-2, Wanessa da Silva Costa escreveu:

Olá Dr. Marcos.

A seguir, estão os scripts e um PDF com os bugs.

 

Em terça-feira, 13 de dezembro de 2016 15:15:12 UTC-2, Marcos Mirande escreveu:

Oi Wanessa, tem varias versoes do script "no ar"

Quer me-enviar o que tem voce pra poder lhe-ajudar?

Marcos

2016-12-13 10:35 GMT-03: 00 Wanessa da Silva Costa < diminui ... @ gmail.com > :

Olá a todos,

Encontrei problemas na pesquisa k usando matrizes com até 80 caracteres. Quando tento pesquisar, o seguinte erro é exibido:

Erro de C: \ TNT \ aaa.run

nível 'lev' drift10; definir longmin len ^

Quando uso uma matriz com mais de 80 caracteres, os mesmos arquivos e scripts, a TNT é executada normalmente. 

Você poderia me ajudar?

obrigado

Wanessa

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Juan Marcos Mirande
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Juan Marcos Mirande
Fundação Miguel Lillo - CONICET

[Marcia dos Santos Rapoza]

[Marcos Mirande]

Oi pessoal (respondo em português porque acho que todes les implicades são brasileires -- if English answer is needed, just ask for it)

Tem que usar argumentos depois de escrever "aaa". Se usa "aaa def", o script vai usar os valores que falam no pdf. Isso é a mesma coisa que escrever "aaa 2 11 50 90 7" mas vocé pode mudar isso para que, por exemplo, tenha três hits a uma árvore ótima e mantindo o resto dos parámetros de busca, colocando "aaa 3 11 50 90 7"

Atenciosamente, Marcos

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Juan Marcos Mirande
Fundación Miguel Lillo (JTP) - CONICET (Inv. Independiente)

[Marcia dos Santos Rapoza]

Olá. 

Estou tão agradecida por me responder. Foi de grande ajuda. Consegui achar os valores de k. 

O resultado obtido está em anexo.

Feito isso, o próprio TNT selecionou em "Implied Weighting" o valor K=9.

Isso quer dizer, que este é o valor que posso usar? Desculpe a importunação. 

Já tenho muita gratidão, por me ajudar até aqui.

Att, Marcia

Em segunda-feira, 11 de maio de 2020 10:18:13 UTC-3, Marcos Mirande escreveu:

Oi pessoal (respondo em português porque acho que todes les implicades são brasileires -- if English answer is needed, just ask for it)

Tem que usar argumentos depois de escrever "aaa". Se usa "aaa def", o script vai usar os valores que falam no pdf. Isso é a mesma coisa que escrever "aaa 2 11 50 90 7" mas vocé pode mudar isso para que, por exemplo, tenha três hits a uma árvore ótima e mantindo o resto dos parámetros de busca, colocando "aaa 3 11 50 90 7"

Atenciosamente, Marcos

El lun., 11 may. 2020 a las 10:01, Marcia dos Santos Rapoza (<marciadossant...@gmail.com>) escribió:

Hello everyone.

I am trying to find the k value for my analysis, but the messages appear, as described in the attachment.

I think I should type something in the script, but I'm not sure about that.

I found a script by Mirande (2009) adapted for a smaller matrix, which is my case, and I also wanted to know if I can trust this adaptation.

Could you help me?

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[Wanessa da Silva Costa]

Oi Márcia,

vou fazer como o Marcos e escrever em português, pois meu inglês é muito ruim.... (uma tradução via google vai abaixo).

Assim, se você usou o que Marcos lhe informou (aaa def) não tem como o TNT ter lhe indicado a topologia 9 diretamente, mas você pode escolher esta sem nenhum critério. O que eu geralmente faço é uma comparações entre as topologias, usando SPRdiff. Ele vai lhe indicar aquela topologia que é mais similar a outras, ou a que tem a menor diferença, pois faz a comparação de todas as topologias entre si. É interessante fazer isso para que você não seja criticada o porque escolheu uma topologia ao invés de outra. Eu desenvolvi um script que faz o processo de comparação entre as topologias, está em anexo... junto uma explicação de como você deve usar, pois o trabalho que eu publiquei ele recebeu aceite ontem... posso lhe encaminhar a referência depois, caso deseje usar.

Quanto a sua questão, em relação a topologia e o verdadeiro valor de K vejo um equívoco muito comum, que eu mesma já fiz. Aquela tela que você encaminhou em anexo fica salva em um arquivo chamado 'out', ele deve estar na mesma pasta em que você rodou a análise. Se você abri esse arquivo, ou olhar a sua tela mesmo vai ver que a primeira coluna é o número da topologia, já o K é o valor de Kref, indicado na terceira coluna. No caso, se você escolheu a topologia 9, seu valor de K é 6,143.

Qualquer coisa pode me escrever.

Abraço.

Wanessa da Silva Costa

Master in Animal Biology - Entomology

Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal - UFRGS

Av. Bento Gonçalves, 9500, CEP Porto Alegre, RS, Brasil.

TRADUÇÃO AUTOMÁTICA

Hi Marcia,

I'll do like Marcos and write in Portuguese, because my English is very bad .... (a translation via google goes below).

So, if you used what Marcos informed you (aaa def), there is no way TNT could have given you topology 9 directly, but you can choose this without any criteria. What I usually do is make a comparison between the topologies, using SPRdiff. It will point you to the topology that is most similar to others, or the one that has the least difference, as it compares all the topologies to each other. It is interesting to do this so that you are not criticized as to why you chose a topology over another. I developed a script that makes the comparison process between the topologies, it is attached ... together with an explanation of how you should use it, because the work I published it was accepted yesterday ... I can forward the reference to you later, in case want to use.

As for your question, in relation to the topology and the true value of K, I see a very common misconception, which I myself have already made. That screen that you sent as an attachment is saved in a file called 'out', it must be in the same folder in which you ran the analysis. If you open this file, or look at your screen, you will see that the first column is the topology number, while K is the Kref value, indicated in the third column. In this case, if you chose topology 9, your K value is 6.143.

Anything can write to me.

Best regards.

Wanessa

Em seg., 11 de mai. de 2020 às 11:23, Marcia dos Santos Rapoza <marciadossant...@gmail.com> escreveu:

Olá. 

Estou tão agradecida por me responder. Foi de grande ajuda. Consegui achar os valores de k. 

O resultado obtido está em anexo.

Feito isso, o próprio TNT selecionou em "Implied Weighting" o valor K=9.

Isso quer dizer, que este é o valor que posso usar? Desculpe a importunação. 

Já tenho muita gratidão, por me ajudar até aqui.

Att, Marcia

Em segunda-feira, 11 de maio de 2020 10:18:13 UTC-3, Marcos Mirande escreveu:

Oi pessoal (respondo em português porque acho que todes les implicades são brasileires -- if English answer is needed, just ask for it)

Tem que usar argumentos depois de escrever "aaa". Se usa "aaa def", o script vai usar os valores que falam no pdf. Isso é a mesma coisa que escrever "aaa 2 11 50 90 7" mas vocé pode mudar isso para que, por exemplo, tenha três hits a uma árvore ótima e mantindo o resto dos parámetros de busca, colocando "aaa 3 11 50 90 7"

Atenciosamente, Marcos

El lun., 11 may. 2020 a las 10:01, Marcia dos Santos Rapoza (<marciadossant...@gmail.com>) escribió:

Hello everyone.

I am trying to find the k value for my analysis, but the messages appear, as described in the attachment.

I think I should type something in the script, but I'm not sure about that.

I found a script by Mirande (2009) adapted for a smaller matrix, which is my case, and I also wanted to know if I can trust this adaptation.

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[Marcia dos Santos Rapoza]

Oi Wanessa.

Realmente estava interpretando errado.

Vou tentar usar o script que falou. Se não conseguir eu entro em contato.

Desde já, muito obrigada.

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[Marcos Mirande]

Oi tudas/os. Amanhã vou ler bem e tentar ajudar. Faz muito fiz esse script e tenho que me lembrar como era.

Marcos

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[Marcia dos Santos Rapoza]

Olá a todos.

Grata a todos.

Consegui rodar o script Mirande (2009). Realmente ainda me falta conseguir entender qual o melhor K :/. E porque o script retorna 10 valores de k. Teria como aumentar isso, ou não é necessário.

Já sei que devo olhar o valor do fit.

Tentei rodar o script Lazy (aliás, mais uma vez, muito obrigada pelas explicações e referencia). Mas a tabela só me retornou valores de "0", conforme pode ser verificado no arquivo em anexo. 

Tem idéia de porque isso aconteceu?

Obrigada, mais uma vez.

Marcia

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[Wanessa da Silva Costa]

Olá Márcia,

o script do Mirande retorna 10 valores pois foi o que ele achou necessário, já que esses 10 valores já dão um rang bom da amostra. Mas você pode aumentar esse valor caso deseje, é só alterar o script (o que eu particularmente nunca fiz). O trabalho de Weiler et al. (2016) traz um exemplo disso (referência completa abaixo).

Quanto ao lazy ter retornado apenas valores 0 é porque suas topologias não apresentam diferenças entre elas. Você pode fazer isso visualmente também, compare elas, se não houver diferenças o resultado do lazy não está de todo errado, caso contrário pode ter ocorrido algum erro que nunca vi antes... me deixe saber mais sobre o que você obteve.

Weiler, Ferrari & Grazia - Phylogeny and biogeography of the South American subgenus Euschistus (Lycipta) Stål (Heteroptera: Pentatomidae: Carpocorini). Insect Systematics & Evolution (2016) DOI 10.1163/1876312X-47032145.

Abraço.

Wanessa da Silva Costa

Master in Animal Biology - Entomology

Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal - UFRGS

Av. Bento Gonçalves, 9500, CEP Porto Alegre, RS, Brasil.

Olá a todos.

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[Marcos Mirande]

Hi everybody. I write in English because I don't know if is there also some non-Brazilian still interested in my script, hehe.

The idea of the script was to detect values of K producing regular steps of fit/distortion in order to get MPTs in a regular sequence of weight against the homoplasy.  As a rough comparison between trees I added calculations of topology distances between each MPT with the anterior and posterior ones (i.e. strict consensus of the immediately stronger and milder K-values) and this is reported in out.txt.  The K set in TNT at the end of the script is just the last explored value, not the "best" or the preferred one.

The use of the script is "name_of_the_script def" (there are several versions of the script with different names) to use default values. If you just write "name_of_the_script" alone (e.g. aaa; ) it will say which are the options by default.  If you want to change those options, write "aaa n1 n2 n3 n4 n5" indicating which values do you prefer for each of the variables.

Somebody asked me if I could add the final comparison of trees in the script.  Well, that's possible for sure.  If somebody want to try it, that's great !.  In that moment I couldn't save the values of tcomp and/or sprdistances into some variable, which was necessary to do a comparison.  Most probably, there was some way to do it, but I never imagined somebody else would be using the script after 10 years and just did it to accomplish my main objective.  After having all the trees in memory I just run "tcomp" and "sprdiff" between each pair of MPTs, save it as text and do the calculations in a spreadsheet.  The intention there was to detect which MPTs were overall most stable and, hence, more similar in average with the remaining ones. After that I did a consensus between this tree and the ones obtained in their neighbor values of K, to have a consensus as a balance between stability and informative (a complete polytomy will be the most stable but the least informative, while a completely resolved MPT obtained in just one K-value will be the opposite).

Finally in these years I detected a couple of reasons not to use the script

1) Datasets with... let say less than 50 or 60 terminal taxa. In these cases, the sample for homoplasy isn't that good, being the worst as the number of taxa is lower. In these cases, the script will select very low (strong) values of K.  In general I wouldn't recommend to use values lower than 3 even if the script suggests you that a K of 1.5 is the best in the world.

2) Combined datasets. In cases of entire partitions lacking information for some species, as usually happens with molecular data, the logic of the selection of K used by the script has some contradictions (that I should think better now).

Further discussions about the selection of analytical conditions (including extended implied weighting and values of K) for combined datasets are included in newer articles. I attach some of them here. I'm sorry for the self-reference but it's what we have... In the last one we explored a different approach to do the "final comparison" of the trees and the script we used to do the calculations is provided.  That script should be modified to the case of each one, and therefore I annotated it to help people willing to do it.

Cheers, Marcos

Olá a todos.

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