Generar un nexus con TNT para caracteres continuos
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Julia Mariela Lo Medico
Apr 6, 2015, 1:59:45 PM4/6/15
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com
Hola a todos!
Necesito crear un archivo nexus para poder subir la matriz al TreeBase y tengo una matriz combinada con: ADN, caracteres continuos y caracteres discretos. Por esta razón no puedo usar Winclada para hacerlo. Es posible hacerlo directamente desde el TNT o necesariamente tengo que hacer con el Mezquite?
Muchas gracias.
Santiago Catalano
Apr 6, 2015, 2:12:13 PM4/6/15
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com
hola Julia,
el comando para exportar en formato nexus es export .
saludos
santiago
--
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Dr. Santiago A. Catalano
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Argentina
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Camilo Mattoni
Apr 6, 2015, 7:51:24 PM4/6/15
to tnt-tree-analysis-u...@googlegroups.com
Hola Julia,
TNT no puede exportar a nexus con datos continuos. Podes exportar solo datos discretos.
La tendrías que armar a mano. Primero remove el bolque de continuos, y exporta los discretos con el comando export en TNT. Después, en un editor de texto plano (notepad, gedit, etc.) arma el bloque de continuos en formato nexus. En nexus, el formato para caracteres continuos es así:
BEGIN CHARACTERS;
TITLE lo-que-sea;
DIMENSIONS NCHAR=6;
FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
CHARSTATELABELS
1 'snout-vent length',
2 mass,
3 foreleg,
4 hindleg,
5 tail,
6 lamellae ;
MATRIX
ahli 57.643 4.843 27.643 46.786 91.0 15.143
aliniger 55.9 4.69 23.7 34.8 92.25 22.5
alutaceus 35.333 0.633 12.667 27.083 92.0 17.167
angusticeps 48.2 1.9 16.6 26.0 64.9 19.5
bahorucoensis 43.933 1.667 17.933 36.2 111.444 19.5
Fijate en las matrices de ejemplo que vienen con Mesquite (de ahí saqué lo de arriba), que hay algunas con datos continuos y discretos.
Suerte,
Camilo
TNT no puede exportar a nexus con datos continuos. Podes exportar solo datos discretos.
La tendrías que armar a mano. Primero remove el bolque de continuos, y exporta los discretos con el comando export en TNT. Después, en un editor de texto plano (notepad, gedit, etc.) arma el bloque de continuos en formato nexus. En nexus, el formato para caracteres continuos es así:
BEGIN CHARACTERS;
TITLE lo-que-sea;
DIMENSIONS NCHAR=6;
FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
CHARSTATELABELS
1 'snout-vent length',
2 mass,
3 foreleg,
4 hindleg,
5 tail,
6 lamellae ;
MATRIX
ahli 57.643 4.843 27.643 46.786 91.0 15.143
aliniger 55.9 4.69 23.7 34.8 92.25 22.5
alutaceus 35.333 0.633 12.667 27.083 92.0 17.167
angusticeps 48.2 1.9 16.6 26.0 64.9 19.5
bahorucoensis 43.933 1.667 17.933 36.2 111.444 19.5
Fijate en las matrices de ejemplo que vienen con Mesquite (de ahí saqué lo de arriba), que hay algunas con datos continuos y discretos.
Suerte,
Camilo
El 06/04/15 a las 15:11, Santiago
Catalano escibió:
-- __________________________________________________ Camilo Mattoni Laboratorio de Biología Reproductiva y Evolución Instituto de Diversidad y Ecología Animal (IDEA, CONICET-UNC) Facultad de Ciencias Exactas, Fisicas y Naturales Universidad Nacional de Cordoba Av. Velez Sarsfield 299 5000 Cordoba ARGENTINA cmat...@efn.uncor.edu camilo...@gmail.com Phone: (54) 351 433-2090 (int. 241) __________________________________________________
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