1) existe uma regra básica no processo legislativo (e expressamente disposta no Regimento Interno) que é o princípio da proporcionalidade. Os cargos, incluindo a Presidência das Comissões, são distribuídos de acordo com o tamanho das bancadas parlamentares de cada partido.
Então, as Presidências das Comissões são escolhidas por ordem de tamanho dos partidos na Casa. Por exemplo, na Câmara, PT e PMDB são os primeiros a escolher "suas" comissões. Geralmente, o maior partido tende a ficar com a Comissão de Justiça por ser a mais importante e assim por diante.
2) Uma vez que ficou decidido que partido ficará com qual comissão, o momento seguinte é definir-se dentro de cada partido quem será o Presidente da comissão respectiva.
3) Uma vez que isso é feito, tem-se a eleição na fase seguinte que tende a ser apenas uma ritual formal de consagração desse acordo geral entre os partidos. É claro que, como o voto é secreto (em urnas) e o parlamentar é soberano, cada deputado pode votar como quiser. Mas raramente há um descumprimento ao acordo que exige que os parlamentares da Comissão votem no indicado pelo partido para aquela presidencia.
De forma bem sintética, é mais ou menos assim.
abs
Cristiano Ferri