Альтернативная настройка (спасибо АН за первый вариант) арсенала pandoc-markdown.
Установка
1. Качаем по ссылкам:
http://miktex.org/ http://johnmacfarlane.net/pandoc/ и
http://markdownpad.com/ 1) miktex - набор пакетов, для того, чтобы все работало. Смотрите на разрядность системы (32 или 64 в свойствах компьютера)
2) markdownpad2 - блокнот с подсветкой синтаксиса. Так же можно использовать просто блокнот, notepad++ (c соответствующей настройкой) или VIM (но это для настоящих мучачос=))
3) pandoc - конвертер.

2. Устанавливаем miktex. Обязательно при установке ставим "yes", чтобы пакеты сами докачивались.
3. Ставим pandoc и markdownpad в любой последовательности.
Можно работать.
Первый шаг
И так, вы уже все установили и с этого момента не терпится что-нибудь создать!
1. Создаем папку с коротким именем (tmp) как можно ближе к диску C. Это делается для того, чтобы не париться каждый раз в командной строке. Кстати, советую вынести ярлычок командной строки на панель задач.
2. Создаем текстовый файл в этой папке:.
а) открываем свои макпады
б) пишем следующий текст туда (обязательно на английском!):
% My first text in markdown
Hello, world!
в) сохраняем с расширением .md
3. Заходим в командную строку. Переходим в папку tmp следующим образом: "cd C:\tmp".
4. Пишем pandoc
1.md -o 1.pdf
Поздравляю! Вы создали свой первый pdf-документ с помощью pandoc (а может быть вообще первый pdf=))))
Мой рабочий экран выглядит примерно так:

Второй шаг
Теперь используем файлы, которые любезно предоставил АО и я подправил с учетом сквозняков по ссылке
1) !! Находясь в папке с файлами АО (в папке tmp, та которая близко с диску С)
Набираем в командной строке pandoc test.pdf --toc --latex-engine xelatex -V mainfont="Times New Roman"
-V monofont="APL385" -V fontsize="12pt" -o test.pdf
С удивлением смотрим в файл test.pdf.
2) Теперь, прочувствовав как неудобно писать в командной строке все эти буковы, пользуемся батником:
md2pdf text.md test.pdf
Все!
Желаю удачи! Все возникающие проблемы сюда. Может что-то не доходчиво пояснил.