Hombre es difícil elegir uno porque en realidad están todos muy inter-relacionados, tus nombres son malos porque no hay quien busque un nombre para un método con muchas responsabilidades, tus métodos son cada vez más largos porque al tener malos nombres puedes meter cualquier cosa dentro, lo mismo aplica a las clases que si las llamas XXXManager entonces puedes poner dentro lo que quieras :P. El mal nombrado también es causa de duplicación (hay duplicaciones más y menos evidentes) y la duplicación así mismo es causa de mal nombrado jeje porque tienes buscar dos nombres para la misma cosa o hacer tus nombres más laxos y menos enfocados.
Yo me quedo con lo decia J.B. rainsberger, lo más importante en un buen diseño es buscar buenos nombres y evitar toda duplicación, así que en ese mismo orden pero al reves, la raiz de los problemas suele provenir de un mal nombrado y de una duplicación a veces sangrante y a veces no tan evidente pero igual de dañina.