Olá Bruno,
desculpa a demora.
Então, HTML e PHP não tem nada haver, de modo bem rasteiro.
O html, css, java script e o próprio design (photoshop, fireworks, ilustrator), vão criar as imagens e a parte "bonita" de um sistema para web. Porém, este sistema não te uma interação adequada com o usuário, apenas pouca coisa pode ser feita com o java script.
Nesta lacuna é que entra o PHP, ela é uma linguagem muito poderosa para programação web, não necessariamente sites, mas todos os sistemas web. O php é quem faz o tratamento dos das informações.
Porém, se entendi bem sua dúvida, você questiona sobre a interação entre tudo isso (PHP, HTML, Java Script, etc). O php ele precisa muitas vezes receber a informação para conseguir tratá-la, então o html entra nos dando os formulários, o java script nos ajuda sabendo, por exemplo, se cada campo do form está preenchido, e o php é quem recebe os dados, e trata ele, por exemplo, enviando para o banco de dados.
Além disso, o php é muito poderoso, ele faz diversas coisas em sistemas web. Mas, pelo visto, na faculdade, só vamos apreender até ai.
O PHP ele não é chamado, ele é interpretado. Nos servidores tem uma vasta quantidades de scripts que interpretam o que estiver dentro das tags php <?php --- ?> como uma linguagem de programação. Você tem que integrar isto dentro do html. A gente sem sempre faz isso na sala, pois os navegadores IE, Firefox, Google Crome, eles já intrepretam um arquivo .html ou .php como um "body". Então quase tudo lá dentro será interpretado como dentro de um html.
Acho que respondi mais ou menos.
Abraços.