Comentários e documentação com Doxygen

[Frederico Pissarra]

Alterei um monte de comentários nos códigos para ficarem padronizados de acordo com as necessidades do Doxygen.

Adicionei o Doxyfile e os arquivos README.md e DOWNLOAD.md em doc/, bem como adicionei o alvo 'doxygen' no Makefile.

Ainda. tem mais alguns poucos bugfixes e merge com o branch cli-refinements.

[]s

Fred