Buenas, David:
Tal como tienes el codigo, lo que estas haciendo no es un ManyToMany, sino un OneToMany <- logrousuario-> ManyToOne... Sonata no lo va a interpretar directamente como un ManyToMany (que es lo que quieres).
Supongo (no se si podras comprobarlo) que si ejecutas tu codigo, lo unico que consigues (si añades un logro) es unicamente guardar la fecha (pero no la relacion en si mismo).
Sin embargo, en los admin de sonata tienes una serie de metodos que pueden ayudarte a esto. Entre ellos tienes el prePersist() y el preUpdate(). El primero se ejecuta ANTES de grabar el objeto, y el segundo ANTES de editarlo.
en el prePersist podrias mirar si has definido objetos de tipo logro, y si es asi, crear tu a mano la relación. Bien añadiendo al collection de Usuario los logros, o por una DQL directamente