Yo trnia el mismo problema trabajando con Debian lenny
El problema era que debian no lee los archivos ".htaccess" por
default, bueno no pude hacer que los leyera pero lo solucione al
crear el servidor virtual de apache de la siguiente manera:
cree el archivo "<mi proyecto>.conf " con lo siguiente
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# /etc/apache2/conf.d/<mi proyecto>.conf
ServerName 127.0.1.1
Alias /covia /home/user/<mi proyecto>/web
DocumentRoot /home/user/<mi proyecto>/web
<Directory /home/user/<mi proyecto>/web>
Options FollowSymLinks ExecCGI
DirectoryIndex index.php
AllowOverride None
Allow from all
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
# uncomment the following line, if you are having trouble
# getting no_script_name to work
RewriteBase /covia
# we skip all files with .something
#RewriteCond %{REQUEST_URI} \..+$
#RewriteCond %{REQUEST_URI} !\.html$
#RewriteRule .* - [L]
# we check if the .html version is here (caching)
RewriteRule ^$ index.html [QSA]
RewriteRule ^([^.]+)$ $1.html [QSA]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
# no, so we redirect to our front web controller
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>
</Directory>
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y no olvides activar las url limpias en debian
1. a2enmod rewrite
2. /etc/apache2# /etc/init.d/apache2 restart