Hola, a mí me pasó lo mismo, lo solucioné borrando las tablas y volviendo a generar las tablas y cargando los datos
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Perdón, se me olvidó decir que hice un upgrade con el repositorio de dotdeb (para instalar la version 5.5 de mysql) y lanzar el fixtures con el --purge-with-truncate tambien da error (como el caso del ubuntu).Personalmente creo que va por algo de la version de la bbdd, que opinais?
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Por cierto, se me olvido decirlo: puedes ver lo que ejecuta el comando en el log que tienes en app/logs/dev.log (o prod.log, el que utilices de tu entorno). Ahi puedes ver que se ejecuta el truncate tabla a tabla (y no todo junto, como podriamos suponer inicialmente que "borraba" todas las tablas).
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