Cuando empecé a utilizar MongoDB estuve mirando Mandango y lo rechacé por el mismo motivo que intuyes, ni el bundle ni el proyecto Mandango se actualizan lo suficiente, y por ejemplo no tienen los últimos cambios de mongodb.
Aparte, no sé si luego sería fácil de integrar con otros bundles que sí se integran con Doctrine.
Por lo tanto, tienes dos opciones, o te curras tú tu propio bundle que use Mandango (o haces un fork del que ya existe, para no partir de cero) y las integraciones que luego se requieran, o usas Doctrine, que no es la panacea, pero te olvidas de problemas de integración y de actualización (AUNQUE yo he tenido problemas con las últimas versiones, que no están todas sincronizadas, si al final usas Doctrine y tienes problemas con clases que no se encuentran y cosas así, dímelo y te digo qué versiones estoy utilizando yo).